1781-ben Hahnemann falusi orvosként vállalt állást a szászországi Mansfeld rézbányászati körzetében. Hamarosan feleségül vette Johanna Henriette Kuchlert, és végül tizenegy gyermekük született. Miután felhagyott az orvosi praxissal, és miközben tudományos és orvosi szakkönyvek fordítójaként dolgozott, Hahnemann hosszú évekig utazgatott Szászországban, különböző városokban és falvakban tartózkodott különböző hosszúságú ideig, soha nem lakott messze az Elba folyótól, és különböző időpontokban Drezdában, Torgauban, Lipcsében és Köthenben (Anhalt) telepedett le, mielőtt végül 1835 júniusában Párizsba költözött.
A homeopátia megalkotása
Hahnemann elégedetlen volt a korabeli orvostudomány állapotával, és különösen az olyan gyakorlatokat ellenezte, mint a véreztetés. Azt állította, hogy az általa tanult orvoslás néha többet ártott a betegnek, mint használt:
A kötelességtudatom nem könnyen engedné meg, hogy szenvedő testvéreim ismeretlen kóros állapotát ezekkel az ismeretlen gyógyszerekkel kezeljem. A gondolat, hogy ily módon gyilkossá vagy gonosztevővé válok embertársaim életével szemben, a legszörnyűbb volt számomra, annyira szörnyű és nyugtalanító, hogy házaséletem első éveiben teljesen felhagytam a praxisommal, és kizárólag a kémiával és az írással foglalkoztam.”
Miután 1784 körül feladta praxisát, Hahnemann elsősorban íróként és műfordítóként kereste kenyerét, miközben elhatározta, hogy az orvostudomány állítólagos hibáinak okait is kutatja. William Cullen A Treatise on the Materia Medica című művének fordítása közben Hahnemann találkozott azzal az állítással, hogy a cinchona, egy perui fa kérge, fanyarsága miatt hatékony a malária kezelésében. Hahnemann úgy vélte, hogy más összehúzó hatású anyagok nem hatásosak a malária ellen, és elkezdte kutatni a cinchona emberi szervezetre gyakorolt hatását önalkalmazással. Megállapította, hogy a szer saját magánál maláriaszerű tüneteket vált ki, és arra a következtetésre jutott, hogy bármely egészséges embernél is ezt tenné. Ez arra késztette, hogy felállítson egy gyógyító elvet: “ami egy egészséges embernél egy tünetegyüttest képes előidézni, az egy hasonló tünetegyüttest mutató beteg embert is képes kezelni”. Ez az elv – a hasonló gyógyítja a hasonlót – lett az alapja annak a gyógyászati szemléletnek, amelynek a homeopátia nevet adta. A homeopátia kifejezést először a Hufeland’s Journalban 1807-ben megjelent Indications of the Homeopathic Application of Medicines in Ordinary Practice című esszéjében használta.
A homeopátia fejlődése
A bécsi orvos, Anton von Störck munkásságát követve Hahnemann a szereket az egészséges egyénre gyakorolt hatásuk alapján vizsgálta, feltételezve (ahogy von Störck is állította), hogy azok ugyanazokat a betegségeket gyógyíthatják, amelyeket okoztak. Kutatásai alapján egyetértett von Störckkel abban, hogy a bevitt anyagok mérgező hatásai gyakran nagyjából párhuzamosak bizonyos betegségállapotokkal, és az orvosi irodalomban található mérgezések történelmi eseteinek feltárása tovább sugallta a “hasonlatosságok” általánosíthatóbb gyógyászati “törvényét”. Később módszereket dolgozott ki az általa vizsgált gyógyszerek hígítására, hogy enyhítse azok toxikus hatásait. Azt állította, hogy ezek a hígítások, amikor a hígítás és szukcesszió (erőteljes rázás) alkalmazásával, a “potencírozás” technikája szerint készültek, még mindig hatásosak voltak a betegek ugyanazon tüneteinek enyhítésére. A dóziscsökkentéssel kapcsolatos szisztematikusabb kísérletei valójában 1800-01 körül kezdődtek, amikor a “hasonlók törvénye” alapján elkezdte használni az Ipecacuanha-t a köhögés és a Belladonna-t a skarlát kezelésére.
A homeopátiás megközelítésről először egy német nyelvű orvosi folyóiratban publikált cikket 1796-ban. Egy sor további esszé után 1810-ben adta ki “A gyógyítás racionális művészetének Organonja” című művét, amelyet az évek során négy további kiadás követett “A gyógyítás művészetének Organonja” címmel, amely az első szisztematikus értekezés, és amely tartalmazza a témával kapcsolatos összes részletes útmutatását. Az Organon 6., életében kiadatlan, 1842 februárjában készült kiadása csak sok évvel a halála után jelent meg. Ez egy 5. Organonból állt, amely kiterjedt kézzel írt megjegyzéseket tartalmazott. Az Organont széles körben a Hufeland’s Journalban 1806-ban megjelent “The Medicine of Experience” című esszéjének átalakított formájának tekintik. Az Organonról Robert Ellis Dudgeon azt állítja, hogy az “a “Medicine of Experience” felerősítése és kiterjesztése volt, nagyobb gondossággal kidolgozva, és a hippokratészi írások mintájára módszertani és aforisztikusabb formába öntve”.”
A betegségek kávéelmélete
Samuel Hahnemann mellszobra David d’Angers francia szobrászművész alkotása (1837).
A XIX. század eleje körül Hahnemann kidolgozott egy elméletet, amelyet Az eredeti megfigyelések alapján a kávé hatásáról című 1803-as esszéjében fejtett ki, miszerint számos betegséget a kávé okoz. Hahnemann később elvetette a kávéelméletet annak az elméletnek a javára, hogy a betegségeket a Psora okozza, de megjegyezték, hogy a Hahnemann által a kávénak tulajdonított betegségek listája hasonló volt a Psora által okozott betegségek listájához.