SV40 nagy TAg, más poliomavírusok nagy T antigénjei, az adenovírus E1a fehérjék és az onkogén humán papillomavírus E7 fehérjék közös szerkezeti motívummal rendelkeznek, amely egy nagy affinitású pRb-kötő domént kódol. Ezt a motívumot egy Asp-, Asn- vagy Thr-maradék jellemzi, amelyet három változatlan aminosav követ, nem konzervált aminosavakkal (x-szel jelölve, ahol az x nem lehet Lys- vagy Arg-maradék) megszakítva. A pRb-kötő domén karboxi-terminálisát gyakran egy negatív töltésű régió követi.
{Asp/Asn/Thr} – Leu – x – Cys – x – Glu – x – … {negatív töltésű régió}
A hidrofób és elektrosztatikus tulajdonságok erősen konzerváltak ebben a motívumban. Például egy lokális hidrofobicitási maximum az invariáns Leu-maradék közelében található. A nettó negatív töltés az invariáns Leu-maradéktól amino-terminálisan 3 maradékon belül jelentkezik; továbbá pozitív töltésű aminosavak (Lys vagy Arg) nem találhatók a Leu – x – Cys – x – Glu szekvencián belül, sem a szekvenciát közvetlenül kísérő pozíciókban. A pRb-kötő motívum és a negatív töltésű régió megegyezik az SV40 TAg egy olyan szegmensével, amely a 102. maradéktól kezdődik és a 115. maradékig tart, az alábbiak szerint:
– Asn – Leu – Phe – Cys – Ser – Glu – Glu – Glu – Met – Pro – Ser – Ser – Ser – Asp – Asp – Glu –
Az e szegmensben (106-tól 114-ig bezárólag) mutációkat tartalmazó TAg fehérjék funkcionális vizsgálata azt mutatja, hogy bizonyos káros mutációk megszüntetik a rosszindulatú transzformáló aktivitást. Például a 107-es pozícióban lévő változatlan Glu Lys-107-re történő mutációja teljesen megszünteti a transzformáló aktivitást. Az e szegmensen belüli káros mutációk (a 105-től 114-ig terjedő aminosavpozíciók) szintén rontják a mutáns TAg fehérjefajták pRb-hez való kötődését, ami összefüggést feltételez a transzformáló aktivitás és a TAg pRb-hez való kötődési képessége között. Egy részletes számítógépes bioinformatikai elemzés, valamint egy röntgenkrisztallográfiás vizsgálat kimutatta a TAg és a pRb e régiója közötti kölcsönhatás biofizikai alapjait. A TAg 103 és 109 közötti maradékai egy kiterjesztett hurokszerkezetet alkotnak, amely szorosan kötődik a pRb felszíni barázdájához. A kristályszerkezetben a Leu-103 úgy helyezkedik el, hogy van der Waals-kapcsolatot létesít a pRb Val-714 és Leu-769 hidrofób oldalláncával. Számos hidrogénkötés is stabilizálja a TAg-pRb komplexet. Például a Glu-107 oldallánca hidrogénkötéseket képez a pRb Phe-721 és Lys-722 főláncának amidcsoportjaitól hidrogéneket felvéve. A Glu-107 Lys-107-re történő mutációja várhatóan e hidrogénkötések elvesztését eredményezi. Továbbá a Lys-107 oldallánca valószínűleg energetikailag kedvezőtlen kölcsönhatásba lépne a Phe-721 vagy Lys-722 amidjával, destabilizálva a komplexet.
Kísérleti bizonyítékok erősítik, hogy a pozitív töltésű aminosavak (Lys vagy Arg) jelentősen gyengítik a pRB-vel való kötési kölcsönhatást, ha a Leu – x – Cys – x – Glu szekvencia közelében helyezkednek el. Ez valószínűleg annak köszönhető, hogy a pRb kötőfelülete hat lizinmaradványt tartalmaz, amelyek hajlamosak taszítani a Leu – x – Cys – x – Glu szekvencián belüli vagy azt kísérő pozitív reziduumokat.