A nigériaiak a korábbi időkben szabadon hittek abban, ami és aki a legkedvesebb volt törzsüknek és önmaguknak. Ez a természetbe és az animizmusba vetett bizalom volt, amely úgy vetült ki, hogy erőt és értéket adott az adott imádónak. Az őshonos vallások hamarosan a nigériai társadalom fontos hagyományává váltak, és fenntartották az erkölcsi rendet. Ez a hagyományos imádat egy közvetítőn keresztül történt, aki csak véráldozat után adott kegyet.
A muszlimok megérkezése Nigériába véget vetett ezeknek az áldozatoknak, és az iszlám szilárdan meghonosodott Észak-Nigériában. A kereszténység bevezetése a brit misszionáriusok érkezésével kezdődött Nigéria középső és déli régióiban. Ma, bár szinte minden nigériai keresztény vagy muzulmán, sokan továbbra is keverik ezeket a hiteket az őshonos hiedelmekkel. A vallásgyakorlás e keveredése a nigériaiaknak a vallásszabadságba vetett hagyományos hitéből fakad.
Vallás Nigéria napjainkban
A Pew Forum által végzett 2010-es felmérés szerint Nigéria lakosságában közel azonos arányban élnek keresztények és muszlimok, és a lakosság kis százaléka követ más vallási meggyőződéseket, például őshonos hiteket, illetve egyáltalán nem tartozik semmilyen valláshoz. A muszlimok az ország lakosságának 48,8%-át, míg a keresztények 49,3%-át teszik ki. A fennmaradó 1,9% vagy őshonos vallásokat gyakorol, vagy nem kötődik semmilyen valláshoz.
Szunnita iszlám
Egy nemrégiben készült jelentés megállapította, hogy a szunnita iszlám hívei a nigériaiak mintegy 42,5%-át vallástársaik közé sorolják. Más jelentések arra a következtetésre jutottak, hogy az országban közel 60 millió szunnita muszlim él. A többség a maliki jogtudományi iskolához tartozik, míg egy kisebbség a shafi madhhabhoz. A szúfi testvériségeknek is jelentős számú szunnita muszlim a tagja.
Protestáns kereszténység
A protestáns kereszténység virágzik Nigériában, a lakosság mintegy 32,3%-át számlálja híveinek. A protestánsok főként a több felekezetű egyházakhoz tartozó jorubák körében koncentrálódnak. A Nigériai Baptista Konvenciónak közel 6 millió tagja van. A Nigériai Presbiteriánus Egyház mintegy 3,8 millió tagot számlál, míg a Nyugat-Afrikai Evangélikus Egyház közel 5 millió tagot számlál.
Római katolikus kereszténység
Noha a nigériai keresztények hagyományosan protestánsok, a római katolikus kereszténységhez való áttérés mára mintegy 10,9%-ra nőtt, és főként Igbolandban koncentrálódik. Nigériában van a legtöbb katolikus pap is egész Afrikában. Az országban vannak katolikus hagyományőrző egyházak is a Szent X. Pius Társaság és a Szent Péter Papi Testvériség formájában. Nigériában katolikus felügyelet alatt szemináriumok és egyetemek is léteznek.
Síita iszlám
A nigériai Sokoto államban virágzik a síita iszlám, melynek hívei az ország teljes lakosságának közel 6,0%-át teszik ki. Ez a becslés azonban változó, és úgy vélik, hogy a síita hitnek 2 és 4 millió közötti nigériai tagja van. Ibrahim Zakzaky muzulmán pap, a Nigériai Iszlám Mozgalom vezetője 1979-ben, még diákként vezette be a síita iszlámot az országban. Zakzakyt, mint aktivista típusú egyházi személyt, polgári engedetlenség miatt többször letartóztatták.
Ahmadi iszlám
Ahmadi iszlám Nigériában is jelen van, Nigéria lakosságának mintegy 1,5%-a a híve. A nigériai ifjúsági mozgalom egyik vezetője, Alhaji Jibril Martin vezette be az ahmadi iszlámot Nigériában az 1940-es években. Bár a helyi muszlim vezetők eretnekként ítélték el az Ahmadiyya mozgalmat. Később a mozgalom a nézeteltérések miatt kettészakadt. A második csoport a szunnita iszlámmal tartott.
A bennszülött vallások szerepe a mai Nigériában
A hagyományos vallások ma is léteznek és szerepet játszanak az emberek életében Nigériában. A kizárólag ezeket az őshonos vallásokat gyakorlók, valamint az egyéb vallásúak, ateisták és nem hívők az ország teljes lakosságának mintegy 6,8%-át teszik ki. A hagyományos vallások gyakran az őslakos nigériai király székhelyéhez kötődnek. Ez az ország erkölcsöt és etikát befolyásoló hátországbeli közösségek feletti királyi uralom legitimitásának megerősítése. Életmódként az emberek és a föld termékenységéhez kapcsolódik. Gazdasági kapcsolata a turizmusban is fontos a szezonális karneválokkal, amelyek turistákat vonzanak Nigériába.