A Wat Arun helyén már az Ayutthaya Királyság idején is állt buddhista templom. Akkoriban Wat Makok néven ismerték, Bang Makok falu után, ahol épült. (Makok a Spondias pinnata növény thai neve.) Damrong Rajanubhab herceg történész szerint a templomot Narai király (1656-1688) uralkodása idején francia térképeken ábrázolták. A templomot Taksin király nevezte át Wat Chaengre, amikor Ayutthaya eleste után a templom közelében létrehozta új fővárosát, Thonburit. Úgy tartják, hogy Taksin megfogadta, hogy helyreállítja a templomot, miután hajnalban elhaladt mellette. A templomban a Smaragd Buddha képét őrizték, mielőtt 1785-ben áthelyezték a folyó keleti partján lévő Wat Phra Kaew-ba. A templom Taksin uralkodása alatt a királyi palota területén állt, mielőtt utódja, I. Rama áthelyezte a palotát a folyó másik partjára. Elhagyatottan állt II Rama király (1809-1824) uralkodásáig, aki helyreállíttatta a templomot és a fő pagodát 70 m magasra emeltette, majd a munkálatokat III Rama király (1824-1851) uralkodása alatt fejezték be.
A templomot Chulalongkorn király (V. Rama, 1868-1910) uralkodása alatt és 1980-ban, Bangkok alapításának kétszázadik évfordulóját megelőzően jelentős felújításokon vetették alá. A prangon 2013 és 2017 között végezték a legkiterjedtebb restaurálási munkálatokat, amelyek során jelentős számú törött csempét cseréltek ki, és mészvakolatot használtak számos felület újrafestéséhez (a korábbi restaurálások során használt cement helyett). A munkálatok 2017-es befejezéséhez közeledve az eredményekről készült fényképek némi kritikát váltottak ki a templom új megjelenése miatt, amely a korábbi állapothoz képest fehérre meszeltnek tűnt. A Képzőművészeti Osztály megvédte a munkát, mondván, hogy azt gondosan elvégezték, hogy a templom eredeti megjelenését tükrözze.