GENOME ANNOUNCEMENT
A Staphylococcus hominis a koaguláz-negatív staphylococcusok (CoNS) közé tartozik. A CoNS-ek között a S. hominis gyakori, klinikai mintákban előforduló faj, amelyet általában az emberek hónaljából és a karok, lábak és törzs kopasz bőréből izolálnak (3, 7). A többi CoNS-hez hasonlóan az S. hominis általában nem okoz emberi megbetegedést, de egyre inkább felismerik, hogy potenciálisan opportunista és nosocomiális kórokozó, és alkalmanként fertőzést okozhat kórosan gyenge immunrendszerrel rendelkező betegeknél (12). Jelentették, hogy néhány potenciálisan életveszélyes fertőzést, például fertőző endokarditiszt okoz (6). Jelentettek egy esetet S. hominis endophthalmitisről is, amelyhez kapszuláris hypopyon társult (4). A S. hominis növekvő jelentősége az emberi egészség szempontjából arra ösztönzött bennünket, hogy meghatározzuk a S. hominis ZBW5, egy kórházunkban egy normál emberi bőrmintából izolált, multidrog-rezisztens törzs genomszekvenciáját.
A teljes genom shotgun szekvenálást nagy áteresztőképességű Illumina Hiseq 2000 rendszerrel (Illumina, Inc.) végeztük, és 3279 Mb magas minőségű nyers szekvenciát eredményezett, ami több mint 1400-szoros genomfedettségnek felel meg. Összesen 47 kontigot (500-375 603 bázis) állítottunk össze de novo a Velvet (14) segítségével, 211 593 bp N50 értékkel. Az összerakott genomszekvenciát BLAST segítségével elemeztük a szekvencia azonosságának megállapítása érdekében. Az annotációt a Glimmer 3.02-es verziójával (2) végeztük, a tRNS-géneket a tRNAscan-SE (9) segítségével azonosítottuk, az rRNS-géneket az RNAmmer (8) és a Tandem Repeats Finder 4.04 (1) segítségével jósoltuk, hogy minden kontigban 78 tandem ismétlődést találjunk. Ezenkívül a kontigokat a KEGG (5), a COG (13) és az NCBI NR fehérje adatbázisokban kerestük annotáció céljából.
A ZBW5 kromoszómája 2 335 704 bázis hosszú volt, 31,4%-os G+C tartalommal. A genom 2 304 előre jelzett fehérjekódoló nyitott olvasókeretet (ORF) tartalmaz, amelyek a genom 86%-át teszik ki, átlagos hosszuk 872 bp. A genom 39 tRNS-gént, egy rRNS-lokuszt és a 16S-23S-5S operonok négy példányát kódolja. A kódoló szekvenciák (CDS-ek) mintegy 71,5%-át (összesen 1894-et) ortológ csoportok (COG-k) klasztereihez rendeltük, és 1282 CDS-t a KAAS (10) segítségével az 1109 KEGG ortológiai rendszerbe lehet bejegyezni.
S. hominis ZBW5 hordozott néhány előre jelzett, antibiotikum-rezisztenciában (például meticillin, eritromicin és tetraciklin) és multidrog-pumpákban szerepet játszó fehérjekódoló gént, amelyek valószínűleg képesek a virulenciapotenciál modulálására, összhangban más CoNS-ekkel (11). Az S. hominis opportunista patogénnek tekinthető S. hominis identitásával összhangban a feltételezett virulenciafaktorokhoz, az adhézióhoz és az invázióhoz kapcsolódó gének széles skáláját találtuk. A S. hominis genomszekvenciájának további és mélyreható feltárása jelenleg folyamatban van, ami megalapozza a gazdaszervezet kolonizációjának molekuláris elveinek tisztázását és betekintést nyújt e szervezet patogenezisének genetikai hátterébe.
Nukleotidszekvencia hozzáférési számok: Ez a Whole Genome Shotgun projekt a DDBJ/EMBL/GenBankban került letétbe a DDBJ/EMBL/GenBank hozzáférési szám alatt. AKGC00000000. Az ebben a tanulmányban leírt változat az első változat, az AKGC01000000.