Należał do załogi aprowizacyjnej statku RMS Titanic podczas jego dziewiczej i ostatniej podróży w kwietniu 1912 roku. Był na pokładzie statku podczas jego podróży dostawczej z Belfastu do Southampton. Ponownie zaciągnął się na statek w Southampton w dniu 4 kwietnia 1912 r. Pełniąc funkcję głównego piekarza, Joughin otrzymywał miesięczne wynagrodzenie w wysokości 12 funtów (równowartość 1500 funtów dzisiaj, po uwzględnieniu inflacji) i miał pod sobą trzynastu piekarzy.
Gdy statek uderzył w górę lodową wieczorem 14 kwietnia, o godzinie 23:40, Joughin był po służbie i znajdował się na swojej pryczy. Według jego zeznań, poczuł wstrząs spowodowany kolizją i natychmiast wstał. Z górnych pokładów dochodziły wieści, że oficerowie przygotowują łodzie ratunkowe do spuszczenia na wodę, a Joughin wysłał swoich trzynastu ludzi na pokład szalupowy z prowiantem do łodzi ratunkowych: po cztery bochenki chleba, około czterdziestu funtów chleba każdy. Joughin przez pewien czas pozostawał z tyłu, ale potem poszedł za nimi, docierając do pokładu łodzi około 00:30.
Dołączył do głównego oficera Henry’ego Wilde’a przy łodzi ratunkowej nr 10. Joughin, wraz ze stewardami i innymi marynarzami, pomógł kobietom i dzieciom przejść do łodzi ratunkowej, choć po chwili kobiety na pokładzie uciekły z łodzi, twierdząc, że na pokładzie Titanica są bezpieczniejsze. Główny piekarz udał się następnie na pokład A i siłą wyniósł kobiety i dzieci, wrzucając je do łodzi ratunkowej.
Mimo, że został wyznaczony na kapitana szalupy nr 10, nie wszedł na jej pokład; była już obsadzona przez dwóch marynarzy i stewarda. Zszedł na dół po odpłynięciu szalupy nr 10 i „wypił kroplę likieru” (półlitrowy kufel likieru, jak dalej precyzował) w swojej kwaterze. Następnie ponownie wszedł na górę po spotkaniu ze „starym doktorem” (prawdopodobnie dr Williamem O’Loughlinem, całkiem możliwe, że był to ostatni raz, kiedy ktokolwiek go widział). Kiedy dotarł na Boat Deck, wszystkie łodzie zostały już spuszczone, więc zszedł na promenadę A Deck i wyrzucił za burtę około pięćdziesięciu leżaków, aby można było ich użyć jako środków ratunkowych.
Joughin poszedł następnie do spiżarni pokładowej na A Deck, aby napić się wody, a kiedy tam był, usłyszał głośny huk, „jakby część statku się załamała”. Opuścił spiżarnię i dołączył do tłumu biegnącego na rufę w kierunku pokładu poop. Kiedy przechodził przez pokład studzienny, statek nagle przechylił się na lewą burtę i, jak twierdzi, rzucił wszystkimi znajdującymi się w studzience oprócz niego. Joughin wspiął się na prawą burtę pokładu poopowego, chwytając się poręczy bezpieczeństwa, dzięki czemu znalazł się po zewnętrznej stronie statku, gdy ten poszedł na dno. Gdy statek w końcu zatonął, Joughin zjechał nim jak windą, nie zanurzając głowy pod wodę (według jego słów, jego głowa „mogła się zmoczyć, ale nic więcej”). Był tym samym ostatnim ocalałym, który opuścił RMS Titanic.
Według jego własnych zeznań, wciąż wiosłował i dreptał w wodzie przez około dwie godziny. Przyznał również, że prawie nie odczuwał zimna, najprawdopodobniej dzięki wypitemu alkoholowi. (Duże ilości alkoholu na ogół zmniejszają ryzyko hipotermii). Kiedy nastał dzień, zauważył wywróconą łódź Collapsible B, na której burcie stał drugi oficer Charles Lightoller i około dwudziestu pięciu mężczyzn. Joughin powoli popłynął w jej kierunku, ale nie było dla niego miejsca. Jednak pewien mężczyzna, kucharz Isaac Maynard, rozpoznał go i chwycił za rękę, podczas gdy Chief Baker trzymał się burty łodzi, z nogami i stopami wciąż w wodzie. Pojawiła się inna łódź ratunkowa, do której Joughin dopłynął i został przyjęty, gdzie pozostał do czasu wejścia na pokład statku RMS Carpathia, który przybył im na ratunek. Został uratowany z morza tylko ze spuchniętymi stopami.
.