Jakub II zaniepokoił się coraz bardziej niezależnymi drogami kolonii Nowej Anglii; on i inni brytyjscy urzędnicy byli szczególnie zdenerwowani otwartym lekceważeniem Aktów Nawigacyjnych. Ciągłe zagrożenie militarne ze strony Francuzów i ich indiańskich sprzymierzeńców w Ameryce Północnej było dodatkowym powodem do zacieśnienia kontroli nad koloniami. W 1686 roku cała Nowa Anglia została połączona w administracyjną fuzję, Dominium Nowej Anglii; dwa lata później dodano Nowy Jork i oba New Jersey. Utworzenie tej agencji było uważane w Wielkiej Brytanii za przemyślane posunięcie, a nie za środek karny. Zjednoczenie północnych kolonii dla celów obrony i kontroli administracyjnej było inaczej postrzegane w Ameryce. Koloniści wcześniej uczestniczyli w Konfederacji Nowej Anglii. Joseph Dudley służył krótko jako pierwszy prezydent Dominium, ale został zastąpiony przez Sir Edmunda Androsa. Doświadczonemu żołnierzowi i oddanemu służbie publicznej Androsowi brakowało jednak zdrowego rozsądku i umiejętności osobistych, by odnieść sukces na nowym stanowisku. Nieustannie wykonywał swoje rozkazy, likwidując lokalne zgromadzenia, nakładając podatki na kolonistów bez zgody ich przedstawicieli i energicznie próbując położyć kres przemytowi poprzez rygorystyczne egzekwowanie Aktów Nawigacyjnych.Massachusetts nie było jedyną kolonią, w której Dominium wywołało furorę. W 1687 roku Andros był tak rozgniewany brakiem współpracy Connecticut z nowym reżimem, że wraz z uzbrojonymi ludźmi próbował fizycznie przejąć prawa miejskie tej kolonii. Zgodnie z legendą, koloniści z Connecticut ukryli dokument w szczelinie starego dębu.* 
Dominium nie odniosło wielkiego sukcesu, głównie z powodu nieprzejednania kolonistów. Kupcy z Nowej Anglii od dawna uczynili z przemytu sposób na życie i z goryczą opierali się zmianom, które mogłyby wpłynąć na ich źródła dochodów. Wysiłki Androsa, by zjednoczyć kolonialne siły zbrojne, spełzły na niczym, ponieważ nie udało mu się zapewnić wystarczających funduszy i broni. Dominium zostało gwałtownie przerwane w 1689 roku, kiedy do kolonii dotarła wiadomość o usunięciu Jakuba II z tronu w chwalebnej rewolucji. Porażka Dominium Nowej Anglii tymczasowo zmieniła nastawienie wielu brytyjskich urzędników do amerykańskich kolonii. Pod koniec XVII i na początku XVIII wieku zapanował okres „zbawiennego zaniedbania”. Niektórzy przedstawiciele władzy uważali, że większą mądrością jest próba wspierania stosunków handlowych z koloniami niż wtrącanie się w ich sprawy rządowe. To zbawienne lekceważenie przyczyniło się do rozwoju samorządności w Ameryce. Koloniści ponownie podjęli kwestię zjednoczonych działań na Pierwszym Kongresie Kontynentalnym (1774) – ale ta integracja była decyzją amerykańską, a nie narzuconą przez kraj macierzysty.
*Dąb „Charter Oak” stał w posiadłości Wyllysów w Hartford, dopóki nie został ścięty przez wichurę w 1856 roku.