Hugh urodził się w zamku Avalon, na granicy Delfinatu z Sabaudią, jako syn Guillaume’a, seigneura Avalonu. Jego matka Anne de Theys zmarła, gdy miał osiem lat, a ponieważ jego ojciec był żołnierzem, jego edukacja odbywała się w szkole z internatem. Guillaume wycofał się ze świata do klasztoru augustianów w Villard-Benoît, niedaleko Grenoble, i zabrał ze sobą swojego syna Hugh.
W wieku piętnastu lat Hugh został nowicjuszem zakonnym, a w wieku dziewiętnastu lat otrzymał święcenia diakonatu. Około 1159 roku został wysłany na przeora pobliskiego klasztoru w Saint-Maximin, przypuszczalnie już jako kapłan. Z tej wspólnoty opuścił zakon benedyktynów i wstąpił do Grande Chartreuse, wówczas u szczytu sławy ze względu na surowość reguł i żarliwą pobożność członków. Tam został prokuratorem swojego nowego zakonu i pełnił tę funkcję do czasu, gdy w 1179 r. został wysłany na przeorat Witham Charterhouse w Somerset, pierwszego domu kartuzów w Anglii.
Henryk II angielski, w ramach pokuty za zamordowanie Tomasza Becketa, zamiast wyruszyć na krucjatę, jak obiecał w pierwszej skrusze, założył jakiś czas wcześniej dom kartuzów, który został zasiedlony przez mnichów sprowadzonych z Grande Chartreuse. Pojawiły się jednak trudności z postępem prac budowlanych i pierwszy przeor został przeniesiony na emeryturę, a drugi wkrótce zmarł. To było na specjalną prośbę króla angielskiego, że św Hugh, którego sława dotarła do niego przez jednego z szlachciców Maurienne, został przeorem.
Hugh znalazł mnichów w tragicznym położeniu, żyjących w chatach z bali i bez planów jeszcze zaawansowanych dla bardziej trwałego budynku klasztornego. Hugh wstawiał się u króla o królewski patronat i w końcu, prawdopodobnie 6 stycznia 1182 roku, Henryk wydał akt fundacji i nadania dla Witham Charterhouse. Jego pierwsza uwaga została skierowana na budowę domu. Przygotował swoje plany i przedłożył je do królewskiego zatwierdzenia, żądając od króla pełnej rekompensaty dla wszystkich lokatorów królewskich dóbr, którzy musieliby zostać wyeksmitowani, by zrobić miejsce dla budynku. Hugh przewodniczył nowemu domowi do 1186 roku i przyciągnął wielu do wspólnoty. Wśród częstych gości był król Henryk, ponieważ dom leżał w pobliżu granic królewskiego pościgu w Selwood Forest, ulubionego miejsca polowań. Hugh upomniał Henryka za utrzymywanie wakujących diecezji, aby zachować ich dochody dla królewskiej kancelarii.
W maju 1186 roku Henryk zwołał radę biskupów i baronów w opactwie Eynsham, aby obradować nad stanem Kościoła i obsadzeniem wakujących biskupstw, w tym Lincoln. W dniu 25 maja 1186 roku kapituła katedralna w Lincoln otrzymała rozkaz wyboru nowego biskupa i Hugh został wybrany. Hugh nalegał na drugie, prywatne wybory przez kanoników, bezpiecznie w ich kapitularzu w Lincoln, a nie w kaplicy królewskiej. Jego wybór został potwierdzony przez wynik.
Hugh został konsekrowany na biskupa Lincoln 21 września 1186 roku w Westminsterze. Niemal natychmiast ugruntował swoją niezależność od króla, ekskomunikując królewskiego leśniczego i odmawiając osadzenia jednego z dworskich nominatów Henryka na prebendarza Lincoln; złagodził gniew króla dyplomatycznym przemówieniem i taktownym wdziękiem. Po ekskomunice natknął się na króla na polowaniu i został powitany ponurym milczeniem. Czekał kilka minut, a król wołał o igłę, by zszyć skórzany bandaż na jego palcu. W końcu Hugh powiedział z delikatną kpiną: „Jak bardzo przypominasz mi swoich kuzynów z Falaise” (skąd pochodziła matka Wilhelma I, Herleva, córka garbarza). Na to Henryk po prostu wybuchnął śmiechem i pogodził się z losem. Jako biskup był wzorowy, stale przebywając lub podróżując po swojej diecezji, hojny w swojej dobroczynności, skrupulatny w swoich nominacjach. Podniósł jakość edukacji w szkole katedralnej. Hugh był również wybitny w próbach ochrony Żydów, których duża liczba mieszkała w Lincoln, w prześladowaniach jakich doznali na początku panowania Ryszarda I, i stłumił powszechną przemoc przeciwko nim – jak to miało miejsce później po śmierci Małego Świętego Hugh z Lincoln – w kilku miejscach.
Katedra w Lincoln została poważnie uszkodzona przez trzęsienie ziemi w 1185 r., a Hugh zabrał się do jej odbudowy i znacznego powiększenia w nowym stylu gotyckim; doczekał się jednak tylko dobrze rozpoczętego chóru. W 1194 roku rozbudował kościół św. Marii Magdaleny w Oksfordzie. Wraz z biskupem Herbertem z Salisbury, Hugh oparł się królewskiemu żądaniu 300 rycerzy za roczną służbę w jego francuskich wojnach; cały dochód z urzędów obu panów został następnie przejęty przez królewskich agentów.
Jako jeden z głównych biskupów Królestwa Anglii Hugh więcej niż raz przyjął rolę dyplomaty do Francji dla Ryszarda, a następnie dla króla Jana w 1199 roku, podróż, która zrujnowała jego zdrowie. W 1200 r. konsekrował kościół St Giles’ Church w Oksfordzie. Na zachodniej kolumnie wieży znajduje się krzyż składający się z przeplatających się okręgów, który, jak się uważa, upamiętnia to wydarzenie. Również na pamiątkę tej konsekracji ustanowiono Jarmark św. Gilesa, który trwa do dziś we wrześniu. Kilka miesięcy później, gdy uczestniczył w radzie narodowej w Londynie, został dotknięty nienazwaną dolegliwością i zmarł dwa miesiące później, 16 listopada 1200 roku. Został pochowany w katedrze w Lincoln.
Biskup Hugh był odpowiedzialny za budowę pierwszego (drewnianego) Pałacu Biskupiego w Buckden w Cambridgeshire, w połowie drogi między Lincoln a Londynem. Późniejsze dodatki do pałacu były bardziej znaczące, a w 1475 r. dodano wysoką ceglaną wieżę, chronioną murami i fosą oraz otoczoną zewnętrznym podzamczem. Była ona używana przez biskupów do 1842 roku. Pałac, obecnie znany jako Buckden Towers, jest własnością Klarysek i jest wykorzystywany jako ośrodek rekolekcyjny i konferencyjny. Na miejscu znajduje się kościół katolicki pod wezwaniem św. Hugh.