Jan Baptysta van Helmont urodził się w styczniu 1579 roku w Brukseli w rodzinie szlacheckiej. Do 1594 roku studiował klasykę na Uniwersytecie w Louvain, ale nie przyjął dyplomu, ponieważ uważał akademickie zaszczyty za zwykłą próżność. Studiował również aspekty magii i filozofii mistycznej na kursach prowadzonych przez jezuickich nauczycieli w ich niedawno założonej szkole w Louvain, a następnie zwrócił się ku studiom nad takimi mistycznymi pisarzami duchowymi jak Tomasz à Kempis. Niezadowolony z tych wszystkich studiów, zwrócił się ku medycynie. W swoim nowym przedsięwzięciu inspirował się religijną gorliwością i pragnieniem służenia społeczeństwu.
Po uzyskaniu licencji na praktykę, Van Helmont został zaproszony do wykładania chirurgii na Uniwersytecie w Louvain. Jednakże zachorował na świerzb i stwierdził, że ortodoksyjne leczenie ostrymi środkami oczyszczającymi jest osłabiające i nieskuteczne. Ostatecznie został wyleczony za pomocą paracelsjańskich leków mineralnych, ale w międzyczasie, rozczarowany ówczesną medycyną, Van Helmont porzucił karierę medyczną i przez 10 lat podróżował po Europie. W 1609 roku ożenił się z bogatą szlachcianką, Małgorzatą van Ranst, i osiadł w posiadłości w Vilvorde koło Brukseli, aby poświęcić się filozofii chemicznej.
Po opublikowaniu swojego traktatu o magnetycznym leczeniu ran, który był skierowany przeciwko jezuicie, Van Helmont zwrócił na siebie uwagę Inkwizycji. Oskarżono go, a sprawa ta położyła się cieniem na resztę jego życia, które zakończyło się 30 grudnia 1644 r.; został uniewinniony dopiero 2 lata po śmierci. Być może ta okoliczność sprawiła, że za życia niechętnie publikował. Jego syn Franciscus Mercurius opublikował jego prace pośmiertnie w 1648 roku pod tytułem Ortus medicinae (Origins of Medicine).
Van Helmont żył dokładnie w tej epoce XVII wieku, kiedy wykuwała się nowoczesna metoda naukowa oparta na obserwacji i eksperymencie, ale jak dotąd nauka nie była utożsamiana ani jednoznacznie, ani wyłącznie z tym podejściem. Dla Van Helmonta wiedza była boskim darem Boga: nie było jednego sposobu na zrozumienie stworzenia; człowiek musiał wykorzystać wszystkie środki dane mu przez Boga, w tym studiowanie Pisma Świętego, modlitwę, medytację, mistyczne oświecenie i bezpośrednią obserwację przyrody. Podobnie jak większość Paracelsjan, Van Helmont nie ufał dialektycznemu sposobowi rozumowania stosowanemu przez scholastycznych filozofów średniowiecza i filozofii naturalnej Greków. Drogą do wiedzy było doświadczenie, zarówno mistyczne, jak i empiryczne, a nie rozumowanie werbalne.