Na długo przed inwazją Brytyjczyków i przejęciem przez nich kontroli nad subkontynentem, armie muzułmańskie podbiły ludność osiadłą na pofałdowanym, płaskim terenie, który rozciągał się od podnóża Hindukuszu do miasta Delhi i równiny Indo-Gangetycznej oraz na wschód do Bengalu. Ostatnim i najbardziej udanym z muzułmańskich zdobywców była dynastia Mughal (1526-1857), która ostatecznie rozciągnęła swoją władzę na praktycznie cały subkontynent. Brytyjska przewaga zbiegła się w czasie z upadkiem dynastii Mughal, a po okresie europejskich sukcesów i mughalskich porażek na polu bitwy, Brytyjczycy położyli kres potędze Mughal. Ostatni cesarz Mogołów został wygnany po nieudanym buncie indyjskim w latach 1857-58.
Mniej niż trzy dekady po tym buncie powstał Indyjski Kongres Narodowy, który miał dać polityczną reprezentację rdzennym mieszkańcom brytyjskich Indii. Chociaż członkostwo w Kongresie było otwarte dla wszystkich, hinduscy uczestnicy przytłoczyli muzułmańskich członków. All India Muslim League, zorganizowana w 1906 roku, miała na celu zapewnienie muzułmanom głosu, aby przeciwstawić się temu, co było wówczas postrzegane jako rosnący wpływ hindusów pod brytyjskim panowaniem. Mohammed Ali Jinnah, wcześniej prominentny muzułmański członek Kongresu, objął przywództwo Ligi po zerwaniu z liderem Kongresu Mohandasem K. Gandhim. Mocno wierzący w anglosaskie rządy prawa i bliski współpracownik Iqbala, Jinnah kwestionował bezpieczeństwo muzułmańskiej mniejszości w Indiach zdominowanych przez zasadniczo hinduską władzę. Deklarując, że islam jest zagrożony przez odrodzoną hinduską asertywność, Jinnah i Liga przedstawili „teorię dwóch narodów”, która twierdziła, że indyjscy muzułmanie mają prawo do – i dlatego wymagali – oddzielnego, samorządnego państwa w zrekonstruowanym subkontynencie.
Brytyjski zamiar przyznania Indiom samorządu zgodnie z zasadami brytyjskiej demokracji parlamentarnej jest oczywisty w Ustawie o Rządzie Indii z 1935 roku. Do tego czasu kwestia hindusów i muzułmanów dzielących się w zarządzaniu Indiami była ogólnie do przyjęcia, chociaż uznano również, że hindusi bardziej niż muzułmanie dostosowali się do brytyjskich zwyczajów i kolonialnego sposobu administrowania. Ponadto, po nieudanym buncie hindusów, byli bardziej chętni do przyjęcia brytyjskich zachowań i pomysłów, podczas gdy hinduscy muzułmanie ponieśli ciężar brytyjskiego gniewu. Imperium Mughal zostało formalnie rozwiązane w 1858 roku, a jego ostatni władca został wygnany z subkontynentu. Wierząc, że zostali wybrani za karę, muzułmańska ludność Indii niechętnie przyjmowała brytyjskie zwyczaje czy korzystała z angielskich możliwości edukacyjnych. W konsekwencji tych odmiennych pozycji, hindusi awansowali pod rządami brytyjskimi kosztem swoich muzułmańskich odpowiedników, a kiedy Wielka Brytania otworzyła służbę cywilną dla rodzimej ludności, hindusi praktycznie zmonopolizowali stanowiska. Chociaż wpływowi muzułmanie, tacy jak Sayyid Ahmad Khan rozpoznał rosnącą nierównowagę sił i zachęcał muzułmanów do poszukiwania europejskiej edukacji i wejścia do kolonialnej służby cywilnej, zdawali sobie również sprawę, że dogonienie bardziej postępowych i uprzywilejowanych hindusów było zadaniem niemożliwym do wykonania.
To było to zestawienie wyłaniającego się poczucia wyższości hinduskiej i trwałego poczucia wśród muzułmanów niższości, że All India Muslim League adresowane w jego roszczenia do reprezentowania muzułmanów Indii. W odróżnieniu od innych ruchów muzułmańskich tego okresu, Liga Muzułmańska artykułowała nastroje uważnych i jednocześnie bardziej umiarkowanych elementów wśród indyjskiej populacji muzułmańskiej. Liga Muzułmańska, której rzecznikiem był Jinnah, była również organizacją preferowaną z punktu widzenia władzy brytyjskiej. W przeciwieństwie do praktyk nieposłuszeństwa obywatelskiego Gandhiego, prawnik Jinnah (który został powołany do adwokatury w Lincoln’s Inn w Londynie) był bardziej skłonny promować rządy prawa w dążeniu do oddzielenia się od rządów imperialnych. Jinnah był zatem bardziej otwarty na wynegocjowaną ugodę i rzeczywiście jego pierwszym instynktem było zachowanie jedności Indii, aczkolwiek z odpowiednimi zabezpieczeniami dla społeczności muzułmańskiej. Dla Jinnaha Rezolucja z Lahore (późniejszy Pakistan) z 1940 roku, która wzywała do utworzenia niezależnego państwa lub państw muzułmańskich w Indiach, początkowo nie oznaczała rozpadu unii indyjskiej.
II wojna światowa (1939-45) okazała się katalizatorem nieoczekiwanej zmiany sił politycznych. Pod presją różnych popularnych ruchów narodowych – zwłaszcza tych zorganizowanych przez Kongres i kierowanych przez Gandhiego – osłabieni wojną Brytyjczycy zostali zmuszeni do rozważenia możliwości opuszczenia Indii. W odpowiedzi na kampanię Kongresu, by Wielka Brytania zrezygnowała z Indii, Londyn wysłał na początku 1942 roku do New Delhi misję pod przewodnictwem sir Richarda Stafforda Crippsa (Misja Crippsa) z obietnicą, że współpraca Kongresu w wysiłku wojennym zostanie nagrodzona większą samodzielnością, a być może nawet niepodległością po zakończeniu wojny. Gandhi i inni przywódcy Kongresu nie dali się jednak ułagodzić, a ich nalegania, by Wielka Brytania pozwoliła na przekazanie władzy, podczas gdy wojna szalała, doprowadziły do impasu i niepowodzenia misji.
W tym okresie kierowana przez Jinnaha Liga Muzułmańska była znacznie mniej agresywna w dążeniu do natychmiastowego wycofania się Brytyjczyków. Różnice między tymi dwiema grupami nie były stracone dla Wielkiej Brytanii, a ostateczna klęska Niemiec i Japonii ustawiła scenę dla dramatu, który doprowadził do podziału brytyjskich Indii i niepodległości Pakistanu. Nowy powojenny rząd Partii Pracy Clementa Attlee, który zastąpił konserwatywny rząd Winstona Churchilla, był zdecydowany zakończyć swoją władzę w Indiach. W 1946 r. wysłano misję gabinetową pod przewodnictwem Williama Pethicka-Lawrence’a w celu omówienia i ewentualnego ustalenia mechanizmów przekazania władzy w ręce tubylców. Przez cały czas obrad Brytyjczycy musieli zmagać się z dwoma znaczącymi graczami: Gandhiego i Kongresu oraz Jinnaha i Ligi Muzułmańskiej. Jinnah starał się znaleźć odpowiednią formułę, która zaspokajałaby wzajemne i różne potrzeby dwóch głównych społeczności subkontynentu. Kiedy misja Pethicka-Lawrence’a okazała się niewystarczająca do pogodzenia stron, ostatnia szansa na kompromisowe rozwiązanie została zaprzepaszczona. Każdy z głównych aktorów obwiniał drugiego za załamanie się negocjacji, przy czym Jinnah nalegał na realizację „teorii dwóch narodów”. Celem było teraz nic innego, jak stworzenie suwerennego, niepodległego Pakistanu.