Klasyfikacja W najszerszym opisie lycophytes, grupa ta obejmuje wymarłe zosterophylls, jak również extant (żywe) lycophytes i ich najbliższych wymarłych krewnych. Nazwy i rangi używane dla tej grupy różnią się znacznie. Niektóre źródła używają nazwy „Lycopodiophyta” lub krótszej „Lycophyta”, aby objąć zosterofile, jak również wymarłe lykofity i ich najbliższych wymarłych krewnych, podczas gdy inne używają tych nazw, aby wykluczyć zosterofile. Nazwa „Lycopodiophytina” jest również używana w znaczeniu inkluzywnym. Angielskie nazwy, takie jak „lycophyte”, „lycopodiophyte” czy „lycopod”, są podobnie niejednoznaczne i mogą odnosić się do szeroko pojętej grupy lub tylko do wymarłych lykofitów i ich najbliższych wymarłych krewnych. Klasyfikacja konsensusowa opracowana przez Pteridophyte Phylogeny Group w 2016 roku (PPG I) umieszcza wszystkie wymarłe (żyjące) lykofity w klasie Lycopodiopsida. Istnieje około 1 290 do 1 340 takich gatunków. Więcej informacji na temat klasyfikacji wymarłych lykofitów, patrz .
Fylogeneza Główne badanie kladystyczne roślin lądowych zostało opublikowane w 1997 roku przez Kenricka i Crane’a. W 2004 roku Crane i in. opublikowali kilka uproszczonych kladogramów, opartych na kilku rysunkach z Kenricka i Crane’a (1997). Ich kladogram dla likofitów jest odtworzony poniżej (z niektórymi gałęziami połączonymi w „grupy bazalne” w celu zmniejszenia rozmiaru diagramu). W tym ujęciu „zosterofile” tworzą grupę parafiletyczną, od form takich jak Hicklingia, które mają nagie łodygi, do form takich jak Sawdonia i Nothia, których łodygi pokryte są nienaczynionymi kolcami lub wyrostkami. Rodzaj Renalia ilustruje problemy związane z klasyfikacją wczesnych roślin lądowych. Posiada cechy zarówno nielikofitowych rhyniofitów – raczej terminalne niż boczne sporangia – jak i zosterofili – nerkowate sporangia otwierające się wzdłuż dystalnego brzegu. Zupełnie inny pogląd prezentują w swojej analizie z 2013 roku Hao i Xue. Preferowany przez nich kladogram pokazuje zosterofile i związane z nimi rodzaje bazalnie zarówno do likopodiopsydów, jak i eufilofitów, tak że nie ma kladu odpowiadającego szeroko zdefiniowanej grupie likofitów używanej przez innych autorów.
Niektóre wymarłe rzędy likofitów zaliczają się do tej samej grupy, co wymarłe rzędy. Różne źródła podają różną liczbę i nazwy wymarłych rzędów. Poniższy filogram przedstawia prawdopodobne relacje między niektórymi z proponowanych rzędów Lycopodiopsida.
