Nowoczesna wioska Montour Falls powstała w miejscu dawnej wioski Indian Seneca, Queanettquaga, nieformalnie znanej jako Catherine’s Town po wybitnym mieszkańcu i przywódcy Indian Seneca, królowej Catharine Montour. Ojciec królowej Catharine Montour (Peter Quebec) był wodzem Mohawków, a jej matka (Margaret Montour Hunter) córką wodza Oneida. Miała poślubić wodza Indian Seneca Thomasa Htitsona. Plemię Seneków królowej Catharine Montour było członkiem Konfederacji Irokezów. Podczas amerykańskiej wojny o niepodległość sankcjonowano odwet na plemionach Konfederacji Irokezów, które sprzymierzyły się z Wielką Brytanią. Słynna pobliska bitwa pod Newtown w stanie Nowy Jork (sierpień 1779) i marsz, który zniszczył Queanettquaga (i czterdzieści innych wiosek indiańskich w rejonie Finger Lakes) jest znany jako Wyprawa Sullivana-Clintona. Oprócz spalenia pałacu z bali królowej Catharine Montour, wycięto sady, zniszczono domy, wymordowano zwierzęta gospodarskie i zasolono pola uprawne. Mieszkańcy Catharine’s Town rozproszyli się do obszarów tak odległych jak Niagara i Kanada. Królowa Catharine Montour (ur. 1710, zm. 20 lutego 1804) jest upamiętniona kopcem nagrobnym znajdującym się na jej imienniczce Catharine Trail w granicach wsi Montour Falls.
W 1788 roku obszar ten zaczął być zasiedlany przez Europejczyków. W 1805 roku obszar ten był znany jako Mill’s Landing po lokalnym mieszkańcu George’u Millsie. (Pobliska wioska Millport, do obecnych czasów, jest również nazwana na cześć George’a Millsa). 1802 jest najwcześniejszą datą używaną do oznaczenia początku społeczności Montour Falls – jest to rok, w którym George Mills został mianowany poczmistrzem. Szacuje się, że społeczność w 1802 roku liczyła dwudziestu mieszkańców – i żadnych sklepów.
Zaczęty w 1827 roku i ukończony w 1833 roku, Chemung Canal został zbudowany przez Mills Landing w celu połączenia rzeki Chemung i jej działu wodnego z jeziorem Seneca. Mills Landing, później Havana, stała się ważnym ośrodkiem handlowym, biorąc pod uwagę jej położenie przy wlocie do jeziora Seneca. Na północnym krańcu jeziora, kolejny kanał połączył się z kanałem Erie, prowadząc zarówno do Wielkich Jezior, jak i do rzeki Hudson i portu w Nowym Jorku, co zwiększyło handel w regionie. Wioska pozostała niezamieszkana do 13 maja 1836 roku, kiedy to oficjalnie przyjęła nową nazwę Havana, New York. W 1854 roku Havana stała się pierwszą siedzibą nowo powstałego hrabstwa Schuyler. Do 1861 roku siedziba hrabstwa została przeniesiona do Watkins Glen.
Obecna nazwa Montour Falls została przyjęta dla wsi 20 marca 1895 roku. Miasto Montour jest również nazwane na cześć XVIII-wiecznej matriarchy plemienia Seneca, Catharine Montour.
Od 1850 do 1888 roku społeczność Havana produkująca wyroby garncarskie składała się z sześciu firm: Savage, Parsons & Co., Savage & Rogers, Brewer & Halm, S. T. Brewer, H. M. Whitman, J. M. Whitman i A. O. Whittemore.
Charles Cook, biznesmen, polityk (komisarz ds. kanału i senator stanowy), filantrop i wizjoner, jest uznawany za założyciela hrabstwa Schuyler (1854) i Havany w stanie Nowy Jork jako pierwszej siedziby hrabstwa; Akademia Cooka (pierwotnie People’s College) rozpoczęła budowę w 1858 roku. Dziś w tym samym obiekcie mieści się Nowojorska Państwowa Akademia Nauk Pożarniczych. Cook był również prezesem Chemung Canal Trust Bank – najstarszego nieprzerwanie działającego banku w regionie, którego początki sięgają 1835 roku. 20 listopada 1886 r. w akademii Cooka odbyło się nabożeństwo żałobne z udziałem gubernatora Davida Hilla i ponad 1000 obywateli, współpracowników i wielbicieli Cooka. Podczas nabożeństwa poświęcono popiersie Charlesa Cooka. Charles Cook nigdy nie ożenił się
W 1872 roku dwóch rodzimych inżynierów synów Havany, Nowy Jork, utworzyło firmę zajmującą się transportem materiałów, którą nazwali Shepard Niles. W 1902 roku zbudowali swój pierwszy ciężki żuraw i sprzedali go na całym świecie. Firma działa do dziś. Z ich strony internetowej: „Dźwigi i wciągniki Workhorse, które trwają praktycznie wiecznie – tego właśnie przemysł oczekuje od Shepard Niles. Nasze ręcznie budowane na zamówienie, wytrzymałe żurawie i wciągniki klasy D i E pomogły Ameryce stać się wiodącym krajem przemysłowym na świecie i zapewniły naszemu krajowi siłę napędową podczas dwóch wojen światowych.” Podczas gdy firma jest w toku, od jej przejęcia w 1989 roku, jej podstawowe operacje nie są już siedzibą w Montour Falls.
W 1934 roku National Bank of Montour Falls jest wymieniony w Federal Reserve Bank roster Second District. Narodowy Bank of Montour Falls (również 1934) jest bankiem emitującym banknoty Rezerwy Federalnej o nominale 10,00 USD (dziesięć dolarów).
Montour Falls jest dobrze znany z naturalnej atrakcji, jaką jest wodospad o wysokości 165 stóp znajdujący się po zachodniej stronie wioski. U podstawy wodospadu znajduje się znak „She-qua-ga”, transliteracja jego nazwy Seneca. Na moście nad wodospadem nazwa ta brzmi „Che-qua-ga”. Wiele historycznych nazw zostało zapisanych w różnej pisowni, zwłaszcza, że różne ludy próbowały je transliterować z jednego języka na drugi. Atrakcja ta znana jest również jako „Montour Falls”.
The Brick Tavern Stand, Montour Falls Historic District, and Montour Falls Union Grammar School are listed on the National Register of Historic Places.