Wybory prezydenckie i parlamentarne w 1999 r. zostały uznane przez międzynarodowych obserwatorów za wolne i uczciwe. Udział kobiet i rdzennych wyborców był wyższy niż w niedawnej przeszłości, chociaż pozostały obawy dotyczące dostępności lokali wyborczych na obszarach wiejskich.
Oblężnicze zwycięstwo Alfonsa Portillo w połączeniu z większością Frontu Republikańskiego Gwatemali (FRG) w Kongresie sugerowało możliwość szybkiego podjęcia działań legislacyjnych. Jednak zgodnie z gwatemalską konstytucją z 1985 roku, uchwalenie wielu rodzajów ustaw wymaga dwóch trzecich głosów. Uchwalenie takich ustaw nie jest więc możliwe wyłącznie głosami FRG.
Równowaga polityczna została zakłócona w 2000 roku, kiedy pojawiły się zarzuty, że FRG nielegalnie zmieniła ustawy. Po przeprowadzeniu dochodzenia Sąd Najwyższy pozbawił tych, którzy byli w to zamieszani, w tym przewodniczącego Kongresu i szefa FRG Ríosa Montta, immunitetu legislacyjnego, aby mogli stanąć przed sądem w związku z zarzutami w tej sprawie. Mniej więcej w tym samym czasie w opozycji PAN doszło do wewnętrznego rozłamu i rozpadu na frakcje; to samo stało się w ANN. W rezultacie, reformy niezbędne do wprowadzenia pokoju czekają na działania legislacyjne.
Nowe przypadki łamania praw człowieka nadal malały, chociaż brutalne nękanie pracowników zajmujących się prawami człowieka stanowiło poważne wyzwanie dla władzy rządowej. Kolejnym poważnym wyzwaniem jest przestępczość pospolita, spotęgowana przez dziedzictwo przemocy i czujnej sprawiedliwości. Bezkarność pozostaje poważnym problemem, przede wszystkim dlatego, że instytucje demokratyczne, w tym te odpowiedzialne za wymiar sprawiedliwości, rozwinęły jedynie ograniczoną zdolność do radzenia sobie z tym dziedzictwem. Rząd stwierdził, że będzie potrzebował do 2002 roku, aby osiągnąć cel zwiększenia obciążeń podatkowych (na poziomie około 10% PKB, obecnie najniższy w regionie) do 12% PKB.
Podczas wyścigu prezydenckiego, FRG zorganizowała to, co później będzie znane jako Czarny Czwartek (Jueves negro). FRG zorganizował swoich partyzantów z kraju i przyniósł je do miasta. FRG dała im transport, jedzenie, schronienie na noc i metrowe długie kije. Z tymi kijami uczestnicy biegali po ulicach, czyniąc spustoszenie w infrastrukturze publicznej. Podczas tego dnia został zabity dziennikarz Prensa Libre (wiodącej gazety).
Media, które mają tradycję bycia niezależnymi i wolnymi, wzięły to bardzo osobiście i przez następny miesiąc każdy nagłówek dotyczył tych wydarzeń, oraz udziału partii rządzącej w tym dniu terroru. FRG protestowała przeciwko decyzji TSE (Najwyższego Trybunału Wyborczego) o wykluczeniu z wyścigu kandydata FRG, Efraina Rios Monta. TSE argumentował, że jako formalny puczysta, miał on konstytucyjny zakaz zostania kiedykolwiek prezydentem. FRG argumentowała, że skoro wydarzenia, w których uczestniczył były generał, miały miejsce przed uchwaleniem konstytucji, to może on ubiegać się o urząd prezydencki. Common sense argued that if such a clause was not retroactive by nature it would have no point.
Since 2004 Óscar Berger of the GANA (a coalition of political parties rather than a single one) won the elections, it is important to note that this was the first government in the history of democratic Guatemala that did not have an overwhelming majority in Congress. Po objęciu przez niego urzędu w styczniu 2004 r. podano do publicznej wiadomości, że FRG dokonała dzikiego splądrowania rządu, posuwając się do kradzieży sprzętu komputerowego i przedmiotów o znaczeniu historycznym. Alfonso Portillo uciekł do Meksyku z imponującą sumą pieniędzy skradzionych z funduszy wojskowych, szpitala narodowego i urzędu skarbowego. Gwatemala złożyła formalny wniosek o deportację Portillo w celu postawienia mu zarzutów defraudacji, jednak Meksyk nigdy nie odwołał azylu dyplomatycznego, gdy został on przyznany danej osobie.
Chociaż konstytucja nic o tym nie mówi, wiceprezydent kieruje rządem jak premier, podczas gdy prezydent zajmuje się sprawami zagranicznymi, można to zaobserwować regularnie, gdyż wiceprezydent zastępuje prezydenta w wielu wydarzeniach, którym tradycyjnie przewodniczy prezydent Republiki.
Przestępczość osiągnęła oszałamiające rozmiary: około 200 morderstw miesięcznie i zaczyna wpływać na gospodarkę, ponieważ wiele firm woli opuścić kraj niż zmierzyć się z rosnącą korupcją i brakiem bezpieczeństwa. Jednym z istotnych problemów jest trwająca wojna gangów pomiędzy M18 (Mara Dieciocho) i MS (Mara Salvatrucha). Są to dwa rywalizujące ze sobą gangi uliczne, składające się z luźno powiązanych międzynarodowych organizacji franczyzowych, które sprawują władzę przypominającą nieco amerykańską mafię z lat trzydziestych i są na razie poza zasięgiem prawa. Posiadają terytorium pod swoją kontrolą i wymuszają od niego „podatki” (la renta).
Nie są jeszcze zaangażowani w zorganizowany handel na wysokim poziomie. Przemysł ten należy do innej klasy przestępczości zorganizowanej w Gwatemali, z meksykańskimi przemytnikami i najwyższymi rangą funkcjonariuszami policji gwatemalskiej regularnie trafiającymi na pierwsze strony gazet, którzy zostali przyłapani z setkami kilogramów kokainy.
Zjawisko mara powstało w Stanach Zjednoczonych w latach 80-tych, a konkretnie w Los Angeles, wśród uchodźców uciekających przed wojnami domowymi w Salwadorze i Gwatemali. Później wielu członków mara zostało deportowanych ze Stanów Zjednoczonych do krajów pochodzenia, a w latach 90. przyczyniło się to do rozprzestrzenienia tych dwóch gangów na terenie Stanów Zjednoczonych, Meksyku, Salwadoru, Gwatemali, Hondurasu, a nawet Włoch i Hiszpanii. W mieście Gwatemala znajduje się strefa „El Gallito”, która jest uznawana za pozostającą poza kontrolą rządu i należy do zamieszkujących ją lordów narkotykowych. Barrio „El Gallito” znajduje się w Strefie 3, 2 mile od Pałacu Narodowego, gdzie znajdują się biura rządu.
Handel narkotykami osiągnął w Gwatemali oszałamiające rozmiary, z korupcją sięgającą najwyższych stanowisk wielu gałęzi rządu. Różne narko-mafie walczą o kontrolę nad odległymi, północnymi regionami dżungli Petén, gdzie narkotyki, broń i ludzie przekraczają granicę z Meksykiem, zmierzając głównie do Stanów Zjednoczonych. Handel narkotykami jest bez wątpienia największym zagrożeniem dla wolności politycznej w Gwatemali dzisiaj.
Gwatemala jest nękana przez lincze, które poważnie skazują rekord kraju w zakresie praw człowieka jako naruszenie sprawiedliwego procesu sądowego.
Administracja Bergera została okrzyknięta w niektórych kręgach za jej pracę w decentralizacji. Gwatemala zawsze była silnie scentralizowanym państwem, a administracja starała się powstrzymać rosnącą przewagę stolicy. Na przykład, administracja zaangażowała się w mobilne gabinety, w których prezydent i wszyscy jego ministrowie udają się do kraju i zmieniają siedzibę władzy co jakiś czas, aby być „bliżej ludzi”.
Administracja boryka się z rosnącymi trudnościami finansowymi, potencjalnie częściowo z powodu 60% populacji uważanej za „biedną”, a zatem nie kwalifikującej się do opodatkowania. SAT (superintendence of tributary administration), służba skarbowa, jest zatem zobowiązana do opodatkowania klasy średniej, która zaczyna cierpieć pod ciężarem. SAT stała się rygorystyczna w stosowaniu prawa, żądając pełnej kary więzienia za uchylanie się od płacenia podatków.
We wrześniu 2006 roku PNC (cywilna policja narodowa), we wspólnej akcji z wojskiem narodowym, wzięła szturmem areszt Pavon, więzienie z 1500 więźniami, które do tego czasu nie było rekwirowane od 10 lat i które było centrum działalności przestępczej. Niektórzy więźniowie, strażnik szefa mafioso zarządzającego więzieniem i sam przywódca stawili opór siłom porządkowym z AK-47 i bronią ręczną, zostali zmasakrowani. W akcji wzięło udział około 3.000 piechoty i 4 czołgi. To był kamień milowy w historii Gwatemali i wykonane krajowych headlines.
2006 widział rozpad GANA w obliczu wyborów 2007. W listopadzie 2007 r., w drugiej turze wyborów prezydenckich, Álvaro Colom z UNE został wybrany na prezydenta, pokonując byłego generała Otto Perez Molinę z PP. W 2011 roku emerytowany generał Otto Pérez Molina z Partii Patriotycznej wygrał wybory prezydenckie w bezpośredniej walce z populistą Manuelem Baldizónem z partii LIDER. Pérez Molina objął urząd 14 stycznia 2012 r., a jego wiceprezydentem jest Roxana Baldetti.