SV40 duży TAg, inne poliomawirusowe duże antygeny T, białka E1a adenowirusów i onkogenne białka E7 ludzkiego wirusa brodawczaka mają wspólny motyw strukturalny, który koduje domenę wiążącą pRb o wysokim powinowactwie. Motyw ten charakteryzuje się obecnością reszt Asp, Asn lub Thr, po których następują trzy niezmienne aminokwasy, przeplatane aminokwasami niezachowanymi (oznaczonymi przez x, gdzie x nie może być resztami Lys lub Arg). Ujemnie naładowany region często występuje na karboksy-końcu domeny wiążącej pRb.
{Asp/Asn/Thr} – Leu – x – Cys – x – Glu – x – … {negatywnie naładowany region}
Właściwości hydrofobowe i elektrostatyczne są silnie konserwowane w tym motywie. Na przykład, lokalne maksimum hydrofobowości występuje w pobliżu niezmiennej reszty Leu. Ujemny ładunek netto występuje w obrębie 3 reszt amino-końcowych do niezmiennej reszty Leu; ponadto, dodatnio naładowane aminokwasy (Lys lub Arg) nie występują w sekwencji Leu – x – Cys – x – Glu, ani w pozycjach bezpośrednio flankujących tę sekwencję. Motyw wiążący pRb i ujemnie naładowany region pasują do segmentu SV40 TAg rozpoczynającego się od reszty 102 i kończącego się na reszcie 115, jak pokazano poniżej:
– Asn – Leu – Phe – Cys – Ser – Glu – Glu – Met – Pro – Ser – Ser – Asp – Asp – Glu –
Badania funkcjonalne białek TAg noszących mutacje w tym segmencie (pozycje aminokwasowe 106 do 114, włącznie) wykazują, że niektóre szkodliwe mutacje znoszą aktywność transformacji złośliwej. Na przykład, mutacja niezmiennego Glu w pozycji 107 na Lys-107 całkowicie znosi aktywność transformującą. Mutacje delecyjne w obrębie tego segmentu (pozycje aminokwasowe 105 do 114, włącznie) również upośledzają wiązanie zmutowanych białek TAg do pRb, sugerując korelację pomiędzy aktywnością transformującą a zdolnością TAg do wiązania pRb. Szczegółowa komputerowa analiza bioinformatyczna, jak również badania krystalografii rentgenowskiej, wykazały biofizyczne podstawy interakcji pomiędzy tym regionem TAg i pRb. Reszty TAg od 103 do 109 tworzą strukturę wydłużonej pętli, która ściśle wiąże się w powierzchniowym rowku pRb. W strukturze krystalicznej Leu-103 jest tak umiejscowiony, że tworzy kontakty van der Waalsa z hydrofobowymi łańcuchami bocznymi Val-714 i Leu-769 w pRb. Szereg wiązań wodorowych również stabilizuje kompleks TAg-pRb. Na przykład, łańcuch boczny Glu-107 tworzy wiązania wodorowe, przyjmując hydrogeny od grup amidowych łańcucha głównego Phe-721 i Lys-722 w pRb. Oczekuje się, że mutacja Glu-107 na Lys-107 spowoduje utratę tych wiązań wodorowych. Ponadto, łańcuch boczny Lys-107 prawdopodobnie miałby energetycznie niekorzystne interakcje z amidem Phe-721 lub Lys-722, destabilizując kompleks.
Silne dowody eksperymentalne potwierdzają, że dodatnio naładowane aminokwasy (Lys lub Arg) znacznie osłabiają interakcję wiążącą z pRB, gdy są umieszczone w pobliżu sekwencji Leu – x – Cys – x – Glu. Jest to prawdopodobnie spowodowane faktem, że powierzchnia wiążąca pRb zawiera sześć reszt lizyny, które będą miały tendencję do odpychania dodatnich reszt w obrębie lub flankując sekwencję Leu – x – Cys – x – Glu.
.