Antigenul T mare SV40, alți antigeni T mari ai poliomavirusurilor, proteinele E1a ale adenovirusului și proteinele oncogene E7 ale papilomavirusului uman au în comun un motiv structural care codifică un domeniu de legare a pRb de mare afinitate. Acest motiv este caracterizat de un reziduu Asp, Asn sau Thr urmat de trei aminoacizi invariabili, întrepătrunși cu aminoacizi neconservați (desemnați prin x, unde x nu poate fi un reziduu Lys sau Arg). O regiune încărcată negativ urmează frecvent la carboxi-terminalul domeniului de legare a pRb.
{Asp/Asn/Thr} – Leu – x – Cys – x – Glu – x – … {regiunea încărcată negativ}
Proprietățile hidrofobe și electrostatice sunt foarte bine conservate în acest motiv. De exemplu, un maxim local de hidrofobicitate apare în vecinătatea reziduului invariant Leu. O sarcină negativă netă apare pe o distanță de 3 reziduuri amino-terminale față de reziduul invariant Leu; în plus, nu se găsesc aminoacizi încărcați pozitiv (Lys sau Arg) în cadrul secvenței Leu – x – Cys – x – Glu, nici în pozițiile care flanchează imediat această secvență. Motivul de legare la pRb și regiunea cu sarcină negativă se potrivesc cu un segment din SV40 TAg care începe la reziduul 102 și se termină la reziduul 115, după cum se arată mai jos:
– Asn – Leu – Phe – Cys – Ser – Glu – Glu – Glu – Met – Pro – Ser – Ser – Ser – Asp – Asp – Glu –
Studiile funcționale ale proteinelor TAg care prezintă mutații în acest segment (pozițiile de aminoacizi de la 106 la 114, inclusiv) demonstrează că anumite mutații dăunătoare anulează activitatea de transformare malignă. De exemplu, mutația invariantului Glu de la poziția 107 în Lys-107 abolește complet activitatea de transformare. Mutațiile dăunătoare din acest segment (pozițiile de aminoacizi de la 105 la 114, inclusiv) afectează, de asemenea, legarea speciei proteice TAg mutante de pRb, ceea ce implică o corelație între activitatea de transformare și capacitatea TAg de a se lega de pRb. O analiză bioinformatică computerizată detaliată, precum și un studiu de cristalografie cu raze X, au demonstrat baza biofizică a interacțiunii dintre această regiune a TAg și pRb. Reziduurile TAg de la 103 la 109 formează o structură de buclă extinsă care se leagă strâns într-o canelură de suprafață a pRb. În structura cristalină, Leu-103 este poziționat astfel încât să realizeze contacte van der Waals cu lanțurile laterale hidrofobe ale Val-714 și Leu-769 din pRb. O serie de legături de hidrogen stabilizează, de asemenea, complexul TAg-pRb. De exemplu, lanțul lateral al lui Glu-107 formează legături de hidrogen prin acceptarea hidrogenilor de la grupările amidă ale lanțului principal Phe-721 și Lys-722 din pRb. Este de așteptat ca mutația lui Glu-107 în Lys-107 să ducă la pierderea acestor legături de hidrogen. Mai mult, lanțul lateral al lui Lys-107 ar avea probabil interacțiuni nefavorabile din punct de vedere energetic cu amida lui Phe-721 sau Lys-722, destabilizând complexul.
Dovezile experimentale solide confirmă faptul că aminoacizii încărcați pozitiv (Lys sau Arg) slăbesc semnificativ interacțiunea de legare cu pRB atunci când sunt poziționați în vecinătatea secvenței Leu – x – Cys – x – Glu. Acest lucru se datorează probabil faptului că suprafața de legare a pRb prezintă șase reziduuri de lizină, care vor avea tendința de a respinge reziduurile pozitive din interiorul sau din flancul secvenței Leu – x – Cys – x – x – Glu.
.