James al II-lea a devenit îngrijorat de căile din ce în ce mai independente ale coloniilor din Noua Anglie; el și alți oficiali britanici au fost deosebit de supărați de sfidarea deschisă a Actelor de navigație. Amenințarea militară continuă pe care o reprezentau francezii și aliații lor indieni din America de Nord a fost un motiv în plus pentru a înăspri controlul asupra coloniilor. În 1686, toată Noua Anglie a fost unită în cadrul unei fuziuni administrative, Dominionul Noii Anglii; doi ani mai târziu, au fost adăugate New York și ambele New Jerseys. Crearea acestei agenții a fost privită în Marea Britanie ca o mișcare chibzuită și nu ca o măsură punitivă. Unificarea coloniilor nordice în scopuri de apărare și control administrativ a fost privită diferit în America. Coloniștii participaseră anterior la Confederația New England.Joseph Dudley a ocupat pentru scurt timp funcția de prim președinte al Dominionului, dar a fost înlocuit de Sir Edmund Andros. Un soldat experimentat și un funcționar public dedicat, Andros nu avea totuși bunul simț și abilitățile personale necesare pentru a avea succes în noua sa poziție. El și-a urmat cu asiduitate ordinele, desființând adunările locale, taxând coloniștii fără consimțământul reprezentanților lor și încercând energic să pună capăt contrabandei prin aplicarea strictă a Legilor de navigație.Massachusetts nu a fost singura colonie în care Dominionul a stârnit furori. În 1687, Andros a fost atât de înfuriat de faptul că Connecticut nu a cooperat cu noul regim, încât el și servitorii săi înarmați au încercat să intre în posesia fizică a cartei coloniei. Potrivit legendei, coloniștii din Connecticut au ascuns documentul într-o crăpătură a unui stejar bătrân.* 
Dominionul a avut un succes redus, în mare parte din cauza intransigenței coloniale. Negustorii din Noua Anglie făcuseră de mult timp din contrabandă un mod de viață și se împotriveau cu înverșunare schimbărilor care le-ar fi putut afecta sursele de venit. Eforturile lui Andros de a unifica răspunsurile militare coloniale au fost încă născute din cauza eșecului său de a oferi prea mult în ceea ce privește finanțarea și armele. Dominionul s-a oprit brusc în 1689, când în colonii a sosit vestea înlăturării lui Iacob al II-lea de pe tron în cadrul Revoluției Glorioase. eșecul Dominionului Noii Anglii a schimbat temporar atitudinea multor oficiali britanici față de coloniile americane. La sfârșitul secolului al XVII-lea și începutul secolului al XVIII-lea a predominat o perioadă de „neglijență salutară”. Unele autorități credeau că era mai înțelept să încerce să încurajeze relațiile comerciale cu coloniile decât să se amestece în afacerile lor guvernamentale. Această nepăsare benefică a contribuit mult la dezvoltarea autoguvernării în America. coloniștii aveau să abordeze din nou problema acțiunii unificate la Primul Congres Continental (1774) – dar această integrare a fost o decizie americană, nu una impusă de către țara-mamă.
*”Stejarul Cartei” a stat pe proprietatea Wyllys din Hartford până când a fost doborât de o furtună de vânt în 1856.