În Statele Unite, președinția lui O’Mahony asupra Frăției Fenian a fost tot mai mult contestată de William R. Roberts. Ambele facțiuni feniene strângeau bani prin emiterea de obligațiuni în numele „Republicii irlandeze”, care erau cumpărate de credincioși în speranța că vor fi onorate atunci când Irlanda va fi „O națiune din nou”. Aceste obligațiuni urmau să fie răscumpărate „la șase luni după recunoașterea independenței Irlandei”. Sute de mii de imigranți irlandezi au subscris.
Cantități mari de arme au fost cumpărate, iar facțiunea Roberts a făcut pregătiri în mod deschis pentru o serie coordonată de raiduri în Canada, pe care guvernul Statelor Unite nu a luat nicio măsură majoră pentru a le împiedica. Mulți membri ai administrației americane nu au fost indispuși față de această mișcare din cauza faptului că Marea Britanie nu a sprijinit Uniunea în timpul războiului civil. „Secretarul de război” al lui Roberts era generalul T. W. Sweeny, care a fost radiat de pe lista armatei americane din ianuarie 1866 până în noiembrie 1866 pentru a-i permite să organizeze raidurile. Scopul acestor raiduri era de a pune stăpânire pe rețeaua de transport din Canada, în ideea că astfel îi vor forța pe britanici să schimbe libertatea Irlandei cu posesia provinciei lor Canada. Înainte de invazie, fenienii au primit unele informații de la susținători cu idei similare din Canada, dar nu au primit sprijin din partea tuturor irlandezilor catolici de acolo, care vedeau invaziile ca pe o amenințare la adresa suveranității canadiene în curs de apariție.
În aprilie 1866, sub comanda lui John O’Mahony, o bandă de peste 700 de membri ai Frăției Feniane a sosit pe țărmul Maine, vizavi de insulă, cu intenția de a confisca Campobello de la britanici. Navele de război britanice din Halifax, Noua Scoția, au ajuns rapid la fața locului și o forță militară i-a dispersat pe feniani. Această acțiune a servit la întărirea ideii de protecție pentru New Brunswick prin unirea cu coloniile britanice nord-americane din Noua Scoție, Canada de Est și Canada de Vest în cadrul Confederației pentru a forma Dominionul Canadei.
Comandamentul expediției din Buffalo, New York, a fost încredințat de Roberts colonelului John O’Neill, care a traversat râul Niagara (Niagara este granița internațională) în fruntea a cel puțin 800 (cifra lui O’Neill; de obicei, în sursele canadiene se raportează până la 1.500) de oameni în noaptea și dimineața zilei de 31 mai/1 iunie 1866, și a capturat pentru scurt timp Fort Erie, învingând o forță canadiană la Ridgeway. Mulți dintre acești oameni, inclusiv O’Neill, erau veterani înrăiți în luptă din Războiul Civil American. În cele din urmă, invazia a fost întreruptă de întreruperea ulterioară de către autoritățile americane a liniilor de aprovizionare ale fenianiștilor peste râul Niagara și de arestarea întăririlor feniani care încercau să treacă râul în Canada. Este puțin probabil că, cu o forță atât de mică, aceștia și-ar fi atins vreodată obiectivul.
Alte încercări de invazie ale fenianiștilor au avut loc pe parcursul săptămânii următoare în Valea Sfântului Lawrence. Deoarece multe dintre arme fuseseră între timp confiscate de armata americană, relativ puțini dintre acești oameni s-au implicat efectiv în lupte. A existat chiar un mic raid fenian asupra unei clădiri de depozitare care a reușit să recupereze câteva arme care fuseseră confiscate de armata americană. Multe dintre ele au fost în cele din urmă returnate oricum de către ofițeri simpatizanți.
Pentru a-i scoate pe feniani din zonă, atât din St. Lawrence, cât și din Buffalo, guvernul american a cumpărat bilete de tren pentru ca fenianii să se întoarcă la casele lor dacă indivizii implicați promiteau că nu vor mai invada alte țări din Statele Unite. Multe dintre arme au fost returnate mai târziu dacă persoana care le revendica putea depune o garanție că nu vor fi folosite pentru a invada din nou Canada, deși este posibil ca unele să fi fost folosite în raidurile care au urmat.
În decembrie 1867, O’Neill a devenit președintele facțiunii Roberts a Frăției Feniane, care în anul următor a organizat o mare convenție în Philadelphia, la care au participat peste 400 de delegați acreditați corespunzător, în timp ce 6.000 de soldați feniani, înarmați și în uniformă, au defilat pe străzi. În cadrul acestei convenții, a fost concepută a doua invazie a Canadei. Vestea exploziei de la Clerkenwell a fost un stimulent puternic pentru o politică viguroasă. Henri Le Caron, care, în timp ce acționa ca agent secret al guvernului britanic, deținea funcția de „inspector general al Armatei Republicane Irlandeze”, afirmă că a distribuit cincisprezece mii de suporturi de arme și aproape trei milioane de cartușe în grija numeroșilor oameni de încredere staționați între Ogdensburg, New York și St. Albans, Vermont, în vederea pregătirii raidului preconizat. Acesta a avut loc în aprilie 1870 și s-a dovedit a fi un eșec la fel de rapid și complet ca și tentativa din 1866. Fenerienii de sub comanda lui O’Neill au trecut granița canadiană în apropiere de Franklin, Vermont, dar au fost dispersați de o singură salvă a voluntarilor canadieni. O’Neill însuși a fost arestat cu promptitudine de către autoritățile americane care acționau la ordinul președintelui Ulysses S. Grant.
După ce a demisionat din funcția de președinte al Frăției Feneiene, John O’Neill a încercat fără succes un raid nesancționat în 1871, unind forțele susținătorilor săi feniani rămași cu membrii exilați ai Rebeliunii Râului Roșu. Gruparea care a făcut raidul a trecut granița în Manitoba la Pembina, în Dakota Territory, și a intrat în posesia punctului comercial al Hudson’s Bay Company din partea canadiană. Soldații americani de la fortul din Pembina, cu permisiunea oficialului canadian Gilbert McMicken, au trecut granița în Canada și i-au arestat pe atacatorii fenieni fără a opune rezistență.
Menințarea feniană a stârnit apeluri pentru confederația canadiană. Confederația era în lucru de ani de zile, dar a fost pusă în aplicare abia în 1867, anul următor primelor raiduri. În 1868, un simpatizant fenian l-a asasinat în Ottawa pe politicianul irlandezo-canadian Thomas D’Arcy McGee pentru că a condamnat raidurile.
Teama de un atac fenian a afectat Lower Mainland din Columbia Britanică în anii 1880, deoarece Frăția Fenian se organiza activ în Washington și Oregon, dar raidurile nu s-au materializat niciodată de fapt . La inaugurarea liniei principale a căii ferate Canadian Pacific Railway în 1885, fotografiile făcute cu această ocazie arată trei mari nave de război britanice așezate în port, chiar lângă capul de linie și docurile sale. Prezența lor a fost cauzată în mod explicit de amenințarea unui atac fenian sau de terorism, la fel ca și numărul mare de trupe din primul tren.
.