Jan Baptista van Helmont s-a născut dintr-o familie nobilă la Bruxelles în ianuarie 1579. A studiat clasicii la Universitatea din Louvain până în 1594, dar nu a acceptat o diplomă, deoarece considera onorurile academice o simplă vanitate. A studiat, de asemenea, aspecte ale magiei și ale filozofiei mistice în cadrul unor cursuri ținute de profesorii iezuiți la școala lor recent înființată la Louvain, iar apoi s-a orientat spre studiul unor scriitori spirituali mistici precum Thomas à Kempis. Nemulțumit de toate aceste studii, s-a îndreptat spre medicină. În noua sa întreprindere a fost inspirat de zelul religios și de dorința de a fi în slujba societății.
După ce și-a obținut licența de a practica, Van Helmont a fost invitat să țină cursuri de chirurgie la Universitatea din Louvain. Cu toate acestea, el a contractat un caz de scabie și a constatat că tratamentul ortodox prin purgative aspre era debilitant și ineficient. În cele din urmă s-a vindecat cu ajutorul remediilor minerale paraceleste, dar între timp, dezamăgit de știința medicală a vremii, Van Helmont și-a abandonat cariera medicală și, timp de 10 ani, a călătorit prin Europa. S-a căsătorit cu o nobilă bogată, Margaret van Ranst, în 1609 și s-a stabilit pe o moșie în Vilvorde, lângă Bruxelles, pentru a se dedica filosofiei chimice.
După publicarea tratatului său despre vindecarea magnetică a rănilor, care era îndreptat împotriva unui iezuit, Van Helmont a intrat în atenția Inchiziției. O acuzație a fost adusă împotriva sa, iar această afacere a aruncat o umbră asupra restului vieții sale, care s-a încheiat la 30 decembrie 1644; a fost achitat abia la 2 ani după moartea sa. Este posibil ca această circumstanță să-l fi făcut să fie reticent în a publica prea multe în timpul vieții sale. Fiul său, Franciscus Mercurius, i-a publicat postum lucrările în 1648 sub titlul Ortus medicinae (Originile medicinei).
Van Helmont a trăit exact în acea epocă a secolului al XVII-lea în care se forja metoda științifică modernă bazată pe observație și experiment, dar până atunci știința nu era identificată în mod unic sau exclusiv cu această abordare. Pentru Van Helmont, cunoașterea era un dar divin de la Dumnezeu: nu exista o singură cale de a înțelege creația; omul trebuia să utilizeze toate mijloacele pe care Dumnezeu i le-a dat, inclusiv studiul Scripturilor, rugăciunea, meditația, iluminarea mistică și observarea directă a naturii. La fel ca majoritatea paraclisienilor, Van Helmont nu avea încredere în modul dialectic de raționament pe care filosofii scolastici din Evul Mediu îl foloseau și în filosofia naturală a grecilor. Experiența, atât mistică cât și empirică, era calea spre cunoaștere, nu raționamentul verbal.
.