Satul Montour Falls din zilele noastre este dezvoltat pe locul unui fost sat indian Seneca, Queanettquaga, cunoscut neoficial sub numele de Catherine’s Town, după numele unui important locuitor și lider indian Seneca, regina Catharine Montour. Tatăl reginei Catharine Montour (Peter Quebec) a fost un șef Mohawk, iar mama sa (Margaret Montour Hunter) a fost fiica unui șef Oneida. Ea se va căsători cu șeful indienilor Seneca Thomas Htitson. Tribul Seneca al reginei Catharine Montour a fost membru al Confederației Irocheze. În timpul Războiului de Independență al Americii au fost sancționate represaliile împotriva triburilor din Confederația Irocheză care se aliaseră cu Marea Britanie. Infama bătălie din apropiere de la Newtown, New York (august 1779) și marșul care a devastat Queanettquaga (și alte patruzeci de sate amerindiene din regiunea Finger Lakes) sunt cunoscute sub numele de Expediția Sullivan-Clinton. Pe lângă incendierea palatului de bușteni al reginei Catharine Montour, au fost tăiate livezi, casele au fost distruse, animalele au fost ucise și terenurile de cultură au fost sărate. Locuitorii din Catharine’s Town s-au dispersat în zone atât de îndepărtate precum Niagara și Canada. Regina Catharine Montour (n. 1710, decedată la 20 februarie 1804) este comemorată printr-o movilă funerară situată pe traseul care îi poartă numele, Catharine Trail, în limitele satului Montour Falls.
Până în 1788, zona a început să fie colonizată de americani de origine europeană. În 1805, zona era cunoscută sub numele de Mill’s Landing, după numele rezidentului local George Mills. (Satul Millport, aflat în apropiere, până în zilele noastre, este de asemenea numit după George Mills). 1802 este cea mai veche dată folosită în mod obișnuit pentru a marca începutul comunității din Montour Falls – este anul în care George Mills a fost numit șef de post. Se estimează că, în 1802, comunitatea era formată din douăzeci de locuitori – și niciun magazin.
Începând în 1827 și finalizat în 1833, canalul Chemung a fost construit prin Mills Landing pentru a conecta râul Chemung și bazinul său hidrografic la lacul Seneca. Mills Landing, mai târziu Havana, avea să devină important din punct de vedere comercial, având în vedere că se afla la capătul de navigație al intrării în Seneca Lake. La capătul nordic al lacului, un alt canal s-a conectat la canalul Erie, conducând atât la Marile Lacuri, cât și la râul Hudson și la portul New York City, pentru a spori schimburile și comerțul în regiune. Satul a rămas neîncorporat până la 13 mai 1836, când a adoptat în mod oficial un nou nume pentru a deveni Havana, New York. Satul Havana a fost desemnat primul sediu de comitat al nou formatului comitat Schuyler în 1854. Până în 1861, sediul comitatului avea să fie mutat la Watkins Glen.
Numele actual de Montour Falls a fost adoptat pentru sat la 20 martie 1895. Orașul Montour este, de asemenea, numit după matriarhul tribului nativ american Seneca din secolul al XVIII-lea, Catharine Montour.
Între 1850 și 1888, comunitatea de fabricare a ceramicii de gresie Havana din zonă cuprindea șase firme: Savage, Parsons & Co., Savage & Rogers, Brewer & Halm, S. T. Brewer, H. M. Whitman, J. M. Whitman și A. O. Whittemore.
Charles Cook, om de afaceri, politician (comisar de canal și senator de stat), filantrop și vizionar, este creditat cu înființarea comitatului Schuyler (1854) și a orașului Havana, New York, ca primul său sediu de comitat; Academia Cook (inițial Colegiul Popular) a început să fie construită în 1858. Astăzi, aceeași clădire găzduiește Academia de Științe ale Focului din statul New York. Cook a fost, de asemenea, președinte al Chemung Canal Trust Bank – cea mai veche bancă din regiune care funcționează fără întrerupere, datând din 1835. La 20 noiembrie 1886, la o slujbă de omagiere organizată la Academia Cook au participat guvernatorul David Hill și peste 1.000 de cetățeni, asociați și admiratori ai lui Cook. Un bust al lui Charles Cook a fost dedicat în cadrul ceremoniei de omagiere. Charles Cook nu s-a căsătorit niciodată.
În 1872, doi ingineri fii nativi din Havana, New York, au format o companie de manipulare a materialelor pe care au numit-o Shepard Niles. În 1902 au construit prima lor macara de mare capacitate și au vândut-o în întreaga lume. Compania este încă în activitate și astăzi. De pe site-ul lor web: „Macarale și trolii Workhorse care durează practic la nesfârșit – asta așteaptă industria de la Shepard Niles. Macaralele și troliile noastre personalizate, construite manual, de clasă D și E, construite la comandă, au ajutat America să devină cea mai importantă națiune industrială din lume și au propulsat țara noastră prin două războaie mondiale.” În timp ce compania este în curs de desfășurare, de la achiziția sa din 1989, operațiunile sale principale nu mai sunt domiciliate în Montour Falls.
În 1934, Banca Națională din Montour Falls este listată în lista Băncii Rezervelor Federale a celui de-al doilea district. National Bank of Montour Falls (tot în 1934) este banca emitentă pe o bancnotă de 10,00 dolari americani (zece dolari) a Rezervei Federale.
Montour Falls este bine cunoscut pentru atracția naturală a unei cascade de 165 de picioare situată în partea de vest a satului. La baza cascadei se află un semn etichetat „She-qua-ga”, o transliterare a numelui său Seneca. Pe un pod de deasupra cascadei, numele este scris „Che-qua-ga”. Multe nume istorice au fost înregistrate sub o mare varietate de ortografii, mai ales că diverse popoare au încercat să le transliterneze dintr-o limbă în alta. Această atracție este cunoscută și sub numele de „Montour Falls”.
The Brick Tavern Stand, Montour Falls Historic District și Montour Falls Union Grammar School sunt incluse în Registrul Național al Locurilor Istorice.
.