Alegerile prezidențiale și legislative din 1999 au fost considerate de observatorii internaționali ca fiind libere și corecte… Participarea femeilor și a alegătorilor indigeni a fost mai mare decât în trecutul recent, deși au rămas îngrijorări cu privire la accesibilitatea secțiilor de votare în zonele rurale.
Victoria zdrobitoare a lui Alfonso Portillo, combinată cu o majoritate a Frontului Republican Guatemalez (FRG) în Congres, a sugerat posibilități de acțiune legislativă rapidă. Cu toate acestea, conform Constituției guatemaleze din 1985, adoptarea multor tipuri de legislație necesită un vot de două treimi. Prin urmare, adoptarea unei astfel de legislații nu este posibilă doar cu voturile FRG.
Echilibrul politic a fost perturbat în 2000, când au apărut acuzații că FRG ar fi modificat ilegal legislația. În urma unei anchete, Curtea Supremă i-a lipsit pe cei implicați, inclusiv pe președintele Congresului și șeful FRG, Ríos Montt, de imunitatea legislativă pentru a face față acuzațiilor în acest caz. Aproximativ în același timp, opoziția PAN a suferit o scindare internă și s-a împărțit în facțiuni; același lucru s-a întâmplat și în cadrul RNA. Ca urmare, reformele esențiale pentru punerea în aplicare a păcii așteaptă acțiuni legislative.
Cazurile noi de încălcare a drepturilor omului au continuat să scadă, deși hărțuirea violentă a lucrătorilor din domeniul drepturilor omului a reprezentat o provocare serioasă pentru autoritatea guvernului. Criminalitatea comună, agravată de o moștenire de violență și justiție justițiară, reprezintă o altă provocare serioasă. Impunitatea rămâne o problemă majoră, în primul rând pentru că instituțiile democratice, inclusiv cele responsabile de administrarea justiției, au dezvoltat doar o capacitate limitată de a face față acestei moșteniri. Guvernul a declarat că va avea nevoie până în 2002 pentru a-și atinge obiectivul de creștere a poverii fiscale (la aproximativ 10% din PIB, în prezent cea mai mică din regiune) la 12% din PIB.
În timpul cursei prezidențiale, RFG a organizat ceea ce va fi cunoscut mai târziu sub numele de Joia neagră (Jueves negro). FRG și-a organizat partizanii din țară și i-a adus în oraș. FRG le-a oferit transport, mâncare, un adăpost pentru noapte și bastoane lungi de metru. Cu aceste bastoane, participanții au alergat pe străzi făcând ravagii în infrastructura publică. În timpul acestei zile, un jurnalist de la Prensa Libre (un ziar important) a fost ucis.
Media, care are o tradiție de a fi independentă și liberă, a luat-o foarte personal și, în următoarea lună, fiecare titlu a fost despre aceste evenimente și despre participarea partidului de guvernământ la această zi de teroare. FRG protesta împotriva hotărârii TSE (tribunalul electoral suprem) de a interzice intrarea în cursă a candidatului FRG, Efrain Rios Mont. TSE a argumentat că, în calitate de putschist oficial, constituția îi interzicea să devină vreodată președinte. FRG a susținut că, din moment ce evenimentele la care a participat fostul general erau anterioare constituției, acesta era eligibil pentru funcția prezidențială. Bunul simț a argumentat că, dacă o astfel de clauză nu ar fi retroactivă prin natura sa, ea nu ar avea niciun rost.
Din moment ce în 2004 Óscar Berger de la GANA (o coaliție de partide politice și nu unul singur) a câștigat alegerile, este important de remarcat că acesta a fost primul guvern din istoria Guatemalei democratice care nu a avut o majoritate covârșitoare în Congres. După ce a preluat mandatul în ianuarie 2004, a fost făcut public faptul că FRG a jefuit cu sălbăticie guvernul, mergând până la extrema de a fura echipamente informatice și obiecte de importanță istorică. Alfonso Portillo a fugit în Mexic cu o sumă impresionantă de bani furați din fondurile militare, de la spitalul național și de la serviciul fiscal. Guatemala a făcut o cerere oficială de expulzare a lui Portillo pentru a se confrunta cu acuzațiile de deturnare de fonduri, cu toate acestea, Mexicul nu a revocat niciodată azilul diplomatic odată ce acesta a fost acordat unei persoane.
Deși constituția nu spune nimic despre acest lucru, vicepreședintele conduce guvernul ca un prim-ministru, în timp ce președintele se ocupă de afacerile externe, acest lucru poate fi observat în mod regulat, deoarece vicepreședintele îi ține locul președintelui în multe evenimente care sunt în mod tradițional prezidate de președintele Republicii.
Criminalitatea a atins proporții amețitoare: aproximativ 200 de crime pe lună și începe să afecteze economia, deoarece multe companii preferă să părăsească țara decât să se confrunte cu corupția și insecuritatea în creștere. O problemă semnificativă este războiul continuu între bandele M18 (Mara Dieciocho) și MS (Mara Salvatrucha). Acestea sunt două bande de stradă rivale care cuprind organizații internaționale de franciză slab legate între ele, care dețin o putere oarecum asemănătoare cu cea a mafiei americane din anii 1930 și care, pentru moment, se află deasupra și dincolo de incidența legii. Ele dețin un teritoriu sub controlul lor și extorchează „taxe” (la renta) de pe urma acestuia.
Ele nu sunt încă implicate în traficul organizat la nivel înalt. Acea industrie face parte dintr-o clasă diferită de crimă organizată din Guatemala, contrabandiștii mexicani și oficialii de rang înalt ai poliției guatemaleze ajung în mod regulat pe prima pagină a ziarelor fiind prinși cu sute de kilograme de cocaină.
Fenomenul mara a luat naștere în Statele Unite în anii 1980, mai exact în Los Angeles, printre refugiații care fugeau de războaiele civile din El Salvador și Guatemala. Ulterior, mulți membri ai maras au fost deportați din Statele Unite în țările lor de origine, iar în anii 1990 acest lucru a contribuit la alimentarea răspândirii celor două bande în Statele Unite, Mexic, El Salvador, Guatemala, Honduras și chiar în Italia și Spania. Există o zonă din Guatemala City, „El Gallito”, care este recunoscută ca fiind în afara controlului guvernului, aceasta aparținând baronilor drogurilor care o locuiesc. Barrio „El Gallito” este situat în zona 3, la 3 km de Palatul Național, unde se află birourile guvernului.
Traficul de droguri a atins proporții amețitoare în Guatemala, corupția extinzându-se până la pozițiile de vârf ale multor ramuri ale guvernului. Diferite narco-mafii își dispută controlul asupra regiunilor îndepărtate din jungla nordică din Petén, unde drogurile, armele și oamenii trec cu toții granița în Mexic, majoritatea cu destinația Statele Unite. Traficul de droguri este, fără îndoială, cea mai mare amenințare la adresa libertății politice din Guatemala în prezent.
Guatemala este afectată de linșaje care pătează grav dosarul țării în ceea ce privește drepturile omului, fiind o încălcare a procesului legal.
Administrația Berger a fost salutată în unele cercuri pentru activitatea sa în materie de descentralizare. Guatemala a fost întotdeauna un stat puternic centralizat, iar administrația a încercat să oprească preeminența crescândă a capitalei. De exemplu, administrația s-a angajat în cabinete mobile, în care președintele și toți miniștrii săi vor merge în țară și vor schimba sediul puterii din când în când, pentru a fi „mai aproape de oameni”.
Administrația se confruntă cu dificultăți financiare din ce în ce mai mari, potențial în parte din cauza faptului că 60% din populație este considerată „săracă” și, prin urmare, neeligibilă pentru impozitare. Prin urmare, SAT (superintendența administrației tributare), serviciul de venituri, este obligat să impoziteze clasa de mijloc, care începe să sufere sub povară. SAT a devenit severă în aplicarea legii, urmărind pedepsele depline de încarcerare pentru evaziune fiscală.
În septembrie 2006, PNC (poliția națională civilă), într-o acțiune comună cu armata națională, a luat cu asalt centrul de detenție Pavon, o închisoare cu 1.500 de deținuți care, până la acea dată, nu fusese rechiziționată de 10 ani și care era un centru de activitate criminală. Câțiva deținuți, gardianul șefului mafiotului care conducea închisoarea și însuși liderul au rezistat asaltului forțelor de ordine cu AK-47 și pistoale, au fost masacrați. La acțiune au participat aproximativ 3.000 de infanteriști și 4 tancuri. Aceasta a fost o piatră de hotar în istoria Guatemalei și a ținut prima pagină a ziarelor naționale.
În 2006 a avut loc dezmembrarea GANA în vederea alegerilor din 2007. Aceasta s-a fracturat în mai multe partide, ceea ce a afectat capacitatea guvernului de a trece legile prin Congres.
În al doilea tur al alegerilor prezidențiale din noiembrie 2007, Álvaro Colom de la UNE a fost ales președinte, învingându-l pe fostul general Otto Perez Molina de la PP. Iar în 2011, generalul în retragere Otto Pérez Molina, din partea Partidului Patriotic, a câștigat alegerile prezidențiale într-un tur de scrutin împotriva populistului Manuel Baldizón, din partea partidului LIDER. Pérez Molina și-a preluat mandatul la 14 ianuarie 2012, iar vicepreședintele său este Roxana Baldetti.
.