Secvența genomului integral al Staphylococcus hominis, un agent patogen oportunist

ANUNȚ PRIVIND GENOMUL

Staphylococcus hominis este un membru al stafilococilor coagulazo-negativi (CoNS). Dintre CoNS, S. hominis este o specie frecvent întâlnită în probele clinice, izolată de obicei din axile și pielea glabra a brațelor, picioarelor și trunchiului oamenilor (3, 7). Ca și alte CoNS, S. hominis nu provoacă de obicei boli umane, dar este din ce în ce mai mult recunoscută ca agent patogen potențial oportunist și nosocomial și poate provoca ocazional infecții la pacienții cu un sistem imunitar anormal de slab (12). A fost raportată ca fiind cauza unor infecții care pot pune în pericol viața, cum ar fi endocardita infecțioasă (6). A fost raportat, de asemenea, un caz de endoftalmită cu S. hominis asociat cu un hipopion capsular (4). Relevanța din ce în ce mai mare a S. hominis pentru sănătatea umană ne-a determinat să determinăm secvența genomică a S. hominis ZBW5, o tulpină multirezistentă la mai multe medicamente, izolată dintr-o probă de piele umană normală în spitalul nostru.

Secvențierea shotgun a genomului întreg a fost realizată cu un sistem Illumina Hiseq 2000 de mare randament (Illumina, Inc.) și a produs 3279 Mb de secvență brută de înaltă calitate, corespunzând unei acoperiri genomice de peste 1.400 de ori. Un total de 47 de contig-uri (de la 500 la 375 603 baze) au fost asamblate de novo utilizând Velvet (14) cu o valoare N50 de 211 593 pb. Secvența asamblată a genomului a fost analizată cu ajutorul BLAST pentru a determina identitatea secvenței. Adnotarea a fost realizată prin utilizarea Glimmer versiunea 3.02 (2), genele ARNt au fost identificate prin tRNAscan-SE (9), genele ARNr au fost prezise prin RNAmmer (8) și Tandem Repeats Finder 4.04 (1) pentru a găsi 78 de repetări în tandem în toate contigurile. În plus, contigii au fost căutați în bazele de date KEGG (5), COG (13) și NCBI NR protein pentru adnotare.

Cromozomul ZBW5 avea o lungime de 2.335.704 baze, cu un conținut de G+C de 31,4%. Genomul conține 2.304 cadre deschise de citire (ORF) prezise care codifică proteine, care reprezintă 86% din genom, cu o lungime medie de 872 bp. Genomul codifică 39 de gene ARNt, un locus de ARNr și patru copii ale operonilor 16S-23S-5S. Aproximativ 71,5% din toate secvențele codificatoare (CDS) (un total de 1.894) au fost atribuite la grupuri de grupuri ortologice (COG), iar 1.282 CDS pot fi adnotate în sistemul de ortologie 1109 KEGG prin utilizarea KAAS (10).

S. hominis ZBW5 a purtat unele gene prezise care codifică proteine implicate în rezistența la antibiotice (cum ar fi meticilina, eritromicina și tetraciclina) și pompe multidrog, care sunt susceptibile de a fi capabile să moduleze potențialul de virulență, în concordanță cu alte CoNS (11). A fost găsită o gamă largă de gene legate de factori de virulență putativă, aderență și invazie, în concordanță cu identitatea S. hominis ca agent patogen oportunist. O explorare suplimentară și profundă a secvenței genomului lui S. hominis este acum în curs de desfășurare, care va oferi baza pentru a elucida principiile moleculare ale colonizării gazdei și pentru a înțelege fondul genetic al patogenezei acestui organism.

.