Længe før briterne invaderede og overtog kontrollen med subkontinentet, havde muslimske hære erobret de bosatte befolkninger i det bølgende flade land, der strakte sig fra foden af Hindu Kush til byen Delhi og den indo-gangetiske slette og østpå til Bengalen. Den sidste og mest succesrige af de muslimske erobrere var mogul-dynastiet (1526-1857), som med tiden spredte sin autoritet over stort set hele subkontinentet. Den britiske overlegenhed faldt sammen med mogulernes nedgang, og efter en periode med europæiske succeser og mogulernes fiaskoer på slagmarken satte briterne en stopper for mogulernes magt. Den sidste mogulkejseren blev landsforvist efter det mislykkede indiske mytteri i 1857-58.
Mindre end tre årtier efter dette oprør blev den indiske nationalkongres dannet for at give politisk repræsentation til den indfødte befolkning i britisk Indien. Selv om medlemskab af kongressen var åbent for alle, overvandt de hinduistiske deltagere de muslimske medlemmer. Den All India Muslim League, der blev organiseret i 1906, havde til formål at give muslimer en stemme for at imødegå det, der dengang blev opfattet som hinduernes voksende indflydelse under det britiske styre. Mohammed Ali Jinnah, der tidligere var et fremtrædende muslimsk medlem af Kongressen, overtog ledelsen af ligaen efter sit brud med kongreslederen Mohandas K. Gandhi. Jinnah, der troede fuldt og fast på den angelsaksiske retsstat og var en nær samarbejdspartner til Iqbal, satte spørgsmålstegn ved det muslimske mindretals sikkerhed i et Indien domineret af en hovedsagelig hinduistisk autoritet. Jinnah og ligaen erklærede, at islam var truet af en genoplivet hinduistisk selvhævdelse og fremsatte en “to-nationsteori”, som hævdede, at indiske muslimer havde ret til – og derfor havde brug for – en separat, selvstyrende stat i et rekonstrueret subkontinent.
Den britiske hensigt om at give Indien selvstyre i overensstemmelse med det britiske parlamentariske demokrati fremgår tydeligt af Government of India Act fra 1935. Indtil da var spørgsmålet om, at hinduer og muslimer skulle deles om forvaltningen af Indien, generelt accepteret, selv om det også blev anerkendt, at hinduer i højere grad end muslimer havde tilpasset sig britiske skikke og den koloniale forvaltningsmåde. Desuden var hinduerne efter det mislykkede indiske mytteri mere ivrige efter at overtage britisk adfærd og britiske ideer, mens de indiske muslimer var de hårdest ramte af den britiske vrede. Mughal-imperiet blev formelt opløst i 1858, og dets sidste hersker blev forvist fra subkontinentet. Indiens muslimske befolkning, som troede, at de var blevet udvalgt til at blive straffet, var tilbageholdende med at indføre britisk adfærd eller drage fordel af de engelske uddannelsesmuligheder. Som følge af disse forskellige holdninger avancerede hinduerne under britisk styre på bekostning af deres muslimske modstykker, og da Storbritannien åbnede den offentlige tjeneste for den indfødte befolkning, monopoliserede hinduerne stort set stillingerne. Selv om indflydelsesrige muslimer som Sayyid Ahmad Khan erkendte den voksende magtubalance og opfordrede muslimer til at søge europæisk uddannelse og adgang til den koloniale embedsmandstjeneste, indså de også, at det var en umulig opgave at indhente de mere progressive og begunstigede hinduer.
Det var dette modsætningsforhold mellem en begyndende følelse af hinduernes overlegenhed og en vedvarende følelse blandt muslimer af underlegenhed, som All India Muslim League tog fat på i sit krav om at repræsentere Indiens muslimer. I modsætning til andre muslimske bevægelser i perioden artikulerede den muslimske liga følelserne hos de opmærksomme og samtidig mere moderate elementer blandt Indiens muslimske befolkning. Den Muslimske Liga, med Jinnah som talsmand, var også den foretrukne organisation set fra den britiske autoritets synspunkt. I modsætning til Gandhis praksis med civil ulydighed var advokaten Jinnah (som var advokat ved Lincoln’s Inn i London) mere tilbøjelig til at fremme retsstatsprincippet i sin søgen efter adskillelse fra det kejserlige styre. Jinnah var derfor mere åben over for en forhandlingsløsning, og hans første instinkt var faktisk at bevare Indiens enhed, om end med passende sikkerhedsforanstaltninger for det muslimske samfund. For Jinnah indebar Lahore-resolutionen (senere Pakistan) fra 1940, som krævede en eller flere uafhængige muslimske stater i Indien, i første omgang ikke, at den indiske union skulle opløses.
Den anden verdenskrig (1939-45) viste sig at være katalysator for en uventet ændring i den politiske magt. Under pres fra en række folkelige nationale bevægelser – især dem, der blev organiseret af Kongressen og ledet af Gandhi – blev de krigsvækkede briter tvunget til at overveje at opgive Indien. Som svar på Kongressens kampagne for, at Storbritannien skulle forlade Indien, sendte London en mission under ledelse af Sir Richard Stafford Cripps (Cripps-missionen) til New Delhi i begyndelsen af 1942 med løftet om, at Kongressens samarbejde i krigsindsatsen ville blive belønnet med større selvstyre og muligvis endda uafhængighed, når krigen var slut. Gandhi og de andre kongresledere kunne imidlertid ikke beroliges, og deres insisteren på, at Storbritannien skulle tillade en magtoverdragelse, mens krigen rasede, førte til en blindgyde og missionens fiasko.
I denne periode var den Jinnah-ledede Muslim League betydeligt mindre aggressiv i sit ønske om øjeblikkelig britisk tilbagetrækning. Forskellene mellem de to grupper gik ikke tabt for Storbritannien, og Tysklands og Japans endelige nederlag satte scenen for det drama, der resulterede i delingen af Britisk Indien og Pakistans uafhængighed. Den nye efterkrigsregering under Clement Attlee, som efterfulgte den konservative Winston Churchill-regering, var fast besluttet på at afslutte sin autoritet i Indien. En kabinetsmission under ledelse af William Pethick-Lawrence blev sendt af sted i 1946 for at drøfte og eventuelt arrangere mekanismerne for overdragelse af magten til indfødte hænder. Under drøftelserne måtte briterne kæmpe med to fremtrædende aktører: Gandhi og Kongressen og Jinnah og den muslimske liga. Jinnah arbejdede på at finde en passende formel, der tog hensyn til de gensidige og forskellige behov hos subkontinentets to store samfund. Da Pethick-Lawrence’ mission viste sig at være uegnet til at forsone parterne, var den sidste chance for en kompromisløsning tabt. Hver af de vigtigste aktører gav den anden part skylden for sammenbruddet i forhandlingerne, idet Jinnah insisterede på at realisere “to-nationer-teorien”. Målet var nu intet mindre end oprettelsen af et suverænt, uafhængigt Pakistan.