Bonsai henviser ikke til en bestemt træart, men snarere til kunsten at dyrke træer i lavvandede potter og manipulere deres lemmer til æstetisk tiltalende former med ledninger og andre redskaber. Det er et japansk udtryk, der bogstaveligt talt kan oversættes til “træ i en bakke”, og kunstformen har længe været forbundet med dette land. Ifølge Bonsai Boy of New York er eksperterne dog enige om, at denne kunstart begyndte i Kina. Den blev oprindeligt praktiseret af buddhistiske munke, og gamle manuskripter og malerier bekræfter, at den stammer så langt tilbage som 600 e.Kr., men der er mange forskere, der mener, at kunstens rødder går så langt tilbage som 500 eller endda 1.000 f.Kr. Senere flyttede den østpå sammen med zenbuddhismen og optrådte for første gang i Japan i det 12. århundrede.
Ifølge Bonsai Outlet lå vuggen for dyrkning af bonsai-træer i Japan i Kanto-regionen, men et frygteligt jordskælv med en styrke på 8,3 hærgede regionen i 1923, og bonsai-branchen flyttede sine aktiviteter til Omiya-regionen lige uden for Tokyo. Industrien slog rod her, og kunsten blomstrer stadig den dag i dag. Selv om kunsten, som Bonsai Empire rapporterer, er blevet populæriseret og udviklet i andre lande som Italien, Holland og USA, er bonsai stadig tættere knyttet til Japan, og mange anser stadig japanske bonsai for at være af den bedste kvalitet.