I 1826 valgte en forsamling Bernardino Rivadavia som præsident for de forenede provinser i Río de la Plata. Denne handling vakte provinsernes vrede, og borgerkrig var resultatet. Støtten til en stærk, centraliseret argentinsk regering var baseret i Buenos Aires og gav anledning til to modsatrettede grupper. De velhavende og veluddannede fra det unitariske parti, såsom Sarmiento, gik ind for en centraliseret regering. I opposition til dem stod føderalisterne, som hovedsageligt var baseret i landområderne og havde en tendens til at afvise de europæiske sædeligheder. De talte personer som Manuel Dorrego og Juan Facundo Quiroga blandt deres rækker og gik ind for en løs føderation med mere autonomi for de enkelte provinser.
Opfattelsen af Rivadavias regering var delt mellem de to ideologier. For unitarianere som Sarmiento var Rivadavias præsidentperiode en positiv oplevelse. Han oprettede et universitet med europæisk bemanding og støttede et offentligt uddannelsesprogram for mandlige børn i landdistrikterne. Han støttede også teater- og operagrupper, forlag og et museum. Disse bidrag blev betragtet som civiliserende påvirkninger af unitaristerne, men de forstyrrede den føderalistiske valgkreds. Almindelige arbejdere fik deres løn underlagt et regeringsloft, og gauchos blev arresteret af Rivadavia for vagabondering og tvunget til at arbejde på offentlige projekter, som regel uden løn.
I 1827 blev unitaristerne udfordret af føderalistiske kræfter. Efter Rivadavias afgang blev Manuel Dorrego indsat som guvernør for Buenos Aires-provinsen. Han sluttede hurtigt fred med Brasilien, men da han vendte tilbage til Argentina, blev han styrtet og henrettet af den unitariske general Juan Lavalle, som overtog Dorregos plads. Lavalle varede dog heller ikke længe som guvernør: han blev snart væltet af militser bestående hovedsagelig af gauchoer under ledelse af Rosas og Estanislao López. Ved udgangen af 1829 var den gamle lovgivende forsamling, som Lavalle havde opløst, på plads igen og havde udnævnt Rosas til guvernør i Buenos Aires.
Den første gang Sarmiento blev tvunget til at forlade hjemmet var hos sin onkel, José de Oro, i 1827, på grund af hans militære aktiviteter. José de Oro var en præst, som havde kæmpet i slaget ved Chacabuco under general San Martín. Sammen tog Sarmiento og de Oro til San Francisco del Monte i naboprovinsen San Luis. Han tilbragte meget af sin tid hos sin onkel med at lære og begyndte at undervise på den eneste skole i byen. Senere samme år skrev hans mor til ham og bad ham om at komme hjem. Sarmiento nægtede, men fik kun et svar fra sin far om, at han kom for at hente ham. Hans far havde overtalt guvernøren i San Juan til at sende Sarmiento til Buenos Aires for at studere på kollegiet for moralske videnskaber (Colegio de Ciencias Morales).
Snart efter Sarmientos hjemkomst brød provinsen San Juan ud i borgerkrig, og Facundo Quiroga invaderede Sarmientos by. Som historikeren William Katra beskriver denne “traumatiske oplevelse”:
I en alder af seksten år stod han foran den butik, han passede, og så Facundo Quiroga og omkring seks hundrede beridne montonera-ryttere ind i San Juan. De udgjorde en foruroligende tilstedeværelse . Dette syn, med dets overvældende negative associationer, efterlod et uudsletteligt indtryk på hans spirende bevidsthed. For den letpåvirkelige unge mand var Quirogas opstigning til hovedperson i provinsens affærer lig med den inkarnerede ondskabens voldtægt af det civiliserede samfund.
Sarmiento, der ikke kunne gå i skole i Buenos Aires på grund af den politiske uro, valgte at kæmpe mod Quiroga. Han sluttede sig til og kæmpede i den unitariske hær, blot for at blive sat i husarrest, da San Juan til sidst blev overtaget af Quiroga efter slaget ved Pilar. Han blev senere løsladt, blot for at slutte sig til general Paz’ styrker, en af de vigtigste unitære figurer.
Første eksil i ChileRediger
Kampene og krigen blev snart genoptaget, men en efter en besejrede Quiroga general Paz’ vigtigste allierede, herunder guvernøren i San Juan, og i 1831 flygtede Sarmiento til Chile. Han vendte ikke tilbage til Argentina i fem år. På det tidspunkt var Chile kendt for sin gode offentlige forvaltning, sin forfatningsmæssige organisation og den sjældne frihed til at kritisere regimet. Efter Sarmientos mening havde Chile “sikkerhed for ejendomsretten, opretholdelse af orden og med begge dele kærlighed til arbejdet og den iværksætterånd, der forårsager udviklingen af rigdom og velstand.”
Som en form for ytringsfrihed begyndte Sarmiento at skrive politiske kommentarer. Ud over at skrive begyndte han også at undervise i Los Andes. På grund af sin innovative undervisningsstil kom han i konflikt med provinsens guvernør. Han grundlagde sin egen skole i Pocuro som et svar på guvernøren. I løbet af denne tid forelskede Sarmiento sig og fik en uægte datter ved navn Ana Faustina, som Sarmiento ikke anerkendte, før hun giftede sig.
San Juan og anden og tredje eksil i ChileRediger
I 1836 vendte Sarmiento tilbage til San Juan, alvorligt syg af tyfus; hans familie og venner troede, at han ville dø ved sin tilbagevenden, men han kom sig og etablerede et anti-føderalistisk tidsskrift kaldet El Zonda. Regeringen i San Juan brød sig ikke om Sarmientos kritik og censurerede tidsskriftet ved at pålægge en uoverkommelig afgift på hvert køb. Sarmiento blev tvunget til at indstille udgivelsen af bladet i 1840. Han grundlagde også en skole for piger i denne periode kaldet Santa Rosa High School, som var en forberedelsesskole. Ud over skolen grundlagde han et litterært selskab.
Det er omkring denne tid, at Sarmiento blev associeret med den såkaldte “generation af 1837”. Dette var en gruppe aktivister, der bl.a. omfattede Esteban Echeverría, Juan Bautista Alberdi og Bartolomé Mitre, som brugte en stor del af 1830’erne til 1880’erne på først at agiterer for og derefter at skabe sociale forandringer, idet de gik ind for republikanisme, frihandel, ytringsfrihed og materielle fremskridt. Selv om Sarmiento med base i San Juan var fraværende fra den oprindelige oprettelse af denne gruppe, skrev han i 1838 til Alberdi og bad om dennes råd; og med tiden skulle han blive gruppens mest ivrige tilhænger.
I 1840 blev Sarmiento, efter at være blevet arresteret og anklaget for sammensværgelse, tvunget i eksil i Chile igen. Det var på vej til Chile, at han i badet i Zonda skrev graffitien “On ne tue point les idées”, en hændelse, som senere skulle tjene som forord til hans bog Facundo. Da Samiento var på den anden side af Andesbjergene, begyndte han i 1841 at skrive for avisen El Mercurio i Valparaíso og arbejdede som udgiver af Crónica Contemporánea de Latino América (“Samtidens latinamerikanske krønike”). I 1842 blev Sarmiento udnævnt til direktør for den første normalskole i Sydamerika; samme år grundlagde han også avisen El Progreso. I denne periode sendte han sin familie fra San Juan til Chile. I 1843 udgav Sarmiento Mi Defensa (“Mit forsvar”), samtidig med at han fortsatte med at undervise. Og i maj 1845 begyndte El Progreso at udgive den første udgave af hans mest kendte værk, Facundo, i serieform; i juli udkom Facundo i bogform.
Mellem 1845 og 1847 rejste Sarmiento på vegne af den chilenske regering gennem dele af Sydamerika til Uruguay, Brasilien, til Europa, Frankrig, Spanien, Algeriet, Italien, Armenien, Schweiz, England, til Cuba og til Nordamerika, USA og Canada, for at undersøge de forskellige uddannelsessystemer og uddannelses- og kommunikationsniveauer. På baggrund af sine rejser skrev han bogen Viajes por Europa, África, y América, som blev udgivet i 1849.
I 1848 rejste Sarmiento frivilligt til Chile endnu en gang. Samme år mødte han enken Benita Martínez Pastoriza, giftede sig med hende og adopterede hendes søn, Domingo Fidel, eller Dominguito, som skulle blive dræbt i kamp under Treforbundskrigen ved Curupaytí i 1866. Sarmiento fortsatte med at udøve ideen om pressefrihed og startede to nye tidsskrifter med titlerne henholdsvis La Tribuna og La Crónica, som angreb Juan Manuel de Rosas kraftigt. Under dette ophold i Chile blev Sarmiento i sine essays mere og mere stærkt imod Juan Manuel de Rosas. Den argentinske regering forsøgte at få Sarmiento udleveret fra Chile til Argentina, men den chilenske regering nægtede at udlevere ham.
I 1850 udgav han både Argirópolis og Recuerdos de Provincia (Erindringer om en provinsiel fortid). I 1852 blev Rosas’ regime endelig styrtet. Sarmiento blev involveret i debatterne om landets nye forfatning.
Tilbage til ArgentinaRediger
I 1854 besøgte Sarmiento kortvarigt Mendoza, lige på den anden side af grænsen til Chile i det vestlige Argentina, men han blev arresteret og fængslet. Da han blev løsladt, rejste han tilbage til Chile. Men i 1855 gjorde han en ende på det, der nu var hans “selvvalgte” eksil i Chile: han ankom til Buenos Aires, hvor han snart blev chefredaktør for avisen El Nacional. Han blev også udnævnt til byrådsmedlem i 1856, og i 1857 blev han medlem af provinsens senat, en stilling han beklædte indtil 1861.
Det var i 1861, kort efter at Mitre var blevet Argentinas præsident, at Sarmiento forlod Buenos Aires og vendte tilbage til San Juan, hvor han blev valgt til guvernør, en post, han overtog i 1862. Det var på det tidspunkt, at han vedtog loven om offentlig uddannelse, som gjorde det obligatorisk for børn at gå i grundskole. Loven gav mulighed for at åbne en række institutioner, herunder gymnasier, militærskoler og en pigeskole. Mens han var guvernør, udviklede han veje og infrastruktur, byggede offentlige bygninger og hospitaler, tilskyndede til landbrug og gav tilladelse til minedrift. Han genoptog sin stilling som redaktør af El Zonda. I 1863 kæmpede Sarmiento mod caudilloens magt i La Rioja og kom i konflikt med indenrigsministeren i general Mitres regering, Guillermo Rawson. Sarmiento trådte tilbage som guvernør i San Juan for at blive befuldmægtiget minister i USA, hvortil han blev sendt i 1865, kort efter mordet på præsident Abraham Lincoln. Sarmiento blev berørt af historien om Lincoln og endte med at skrive sin bog Vida de Lincoln. Det var på denne rejse, at Sarmiento modtog en æresgrad fra University of Michigan. En buste af ham stod i Modern Languages Building på University of Michigan, indtil flere protester fra studerende fik den fjernet. De studerende opsatte plaketter og malede busten rød for at repræsentere kontroverserne omkring hans politik over for de indfødte folk i Argentina. Der står stadig en statue af Sarmiento på Brown University. Under denne rejse blev han bedt om at stille op til præsidentvalget igen. Han vandt og tiltrådte embedet den 12. oktober 1868.