James II blev bekymret over de ny-engelske koloniernes stadig mere uafhængige adfærd; han og andre britiske embedsmænd var især oprørte over den åbne tilsidesættelse af navigationslovene. Den fortsatte militære trussel fra franskmændene og deres indianske allierede i Nordamerika var en yderligere grund til at skærpe kontrollen med kolonierne. I 1686 blev hele New England samlet i en administrativ fusion, Dominion of New England; to år senere blev New York og begge New Jerseys tilføjet. Oprettelsen af dette agentur blev i Storbritannien betragtet som et velovervejet træk og ikke som en straffeforanstaltning. At forene de nordlige kolonier med henblik på forsvar og administrativ kontrol blev opfattet anderledes i Amerika. Kolonisterne havde tidligere deltaget i New England Confederation. Joseph Dudley fungerede kortvarigt som den første præsident for Dominion, men blev erstattet af Sir Edmund Andros. Andros var en erfaren soldat og en engageret embedsmand, men han manglede ikke desto mindre den sunde fornuft og de personlige evner til at få succes i sin nye stilling. Han fulgte sine ordrer ihærdigt ved at nedlægge lokale forsamlinger, beskatte kolonisterne uden deres repræsentanters samt ved energisk at forsøge at gøre en ende på smugleriet gennem streng håndhævelse af Navigation Acts.Massachusetts var ikke den eneste koloni, hvor Dominion vakte furore. I 1687 blev Andros så vred over Connecticuts manglende samarbejde med det nye styre, at han sammen med bevæbnede mænd forsøgte at tage koloniens charter i fysisk besiddelse. Ifølge legenden gemte kolonisterne i Connecticut dokumentet i en spalte i et gammelt egetræ.* 
Dominionet oplevede kun ringe succes, hvilket i høj grad skyldtes koloniernes uforsonlighed. Handelsmænd i New England havde længe gjort smugleri til en levevej og gjorde bitter modstand mod ændringer, der kunne påvirke deres indtægtskilder. Andros’ bestræbelser på at forene koloniale militære reaktioner blev dødfødt på grund af hans manglende evne til at tilvejebringe meget i form af finansiering og våben. Dominionet kom brat til ophør i 1689, da der kom besked i kolonierne om, at Jakob II var blevet fjernet fra tronen i den glorværdige revolution, og den mislykkede Dominion of New England ændrede midlertidigt mange britiske embedsmænds holdning til de amerikanske kolonier. Der herskede en periode med “salutary neglect” i slutningen af det 17. og begyndelsen af det 18. århundrede. Nogle autoriteter mente, at det var mere klogt at forsøge at fremme handelsforbindelser med kolonierne end at blande sig i deres regeringsanliggender. Denne gavnlige ligegyldighed gjorde meget for at fremme væksten af selvstyre i Amerika. kolonisterne ville igen tage spørgsmålet om forenet handling op på den første kontinentalkongres (1774) – men denne integration var en amerikansk beslutning, ikke en påtvunget af moderlandet.
*”Charter Oak” stod på Wyllys ejendom i Hartford, indtil den blev fældet af en storm i 1856.