Eksemplarisk teori står ofte i kontrast til prototypeteori, som foreslår en anden metode til kategorisering. Vi bruger både eksemplar- og prototypemetoden, når vi foretager kategoribedømmelser, og de arbejder ofte sammen for at nå frem til den mest præcise konklusion. For nylig er vedtagelsen af både prototyper og eksemplarer baserede repræsentationer og kategorisering blevet implementeret i et kognitivt inspireret kunstigt system kaldet DUAL PECCS (Dual Prototypes and Exemplars based Conceptual Categorization System), der på grund af denne integration har udvidet kategoriseringsmulighederne i klassiske kategoriseringsmodeller. De to teorier ligner hinanden på den måde, at de understreger vigtigheden af lighed i kategorisering: Kun ved at ligne en prototype eller et eksemplar kan en ny stimulus placeres i en kategori. De bygger også begge på den samme generelle kognitive proces: vi oplever en ny stimulus, et begreb i hukommelsen udløses, vi foretager en vurdering af ligheden og drager en kategoriseringskonklusion. De to teorier er imidlertid forskellige med hensyn til de specifikke detaljer. Prototypeteorien antyder, at en ny stimulus sammenlignes med en enkelt prototype i en kategori, mens eksemplarteorien antyder, at en ny stimulus sammenlignes med flere kendte eksemplarer i en kategori. Mens en prototype er et abstrakt gennemsnit af medlemmerne af en kategori, er et eksemplar et faktisk medlem af en kategori, som er hentet fra hukommelsen. Mens prototyper er økonomiske – det vil sige, at de er mere befordrende for hurtige vurderinger – er eksemplarer det i mindre grad. På den anden side er prototyper mindre fleksible end eksemplarer: eksemplarer kan lettere redegøre for atypiske kategorimedlemmer, f.eks. at en pingvin er en del af kategorien “fugle”, fordi et eksemplar ikke udregner en kategoris karakteristika i gennemsnit, som en prototype gør. Eksemplarer kan i langt højere grad end prototyper, som er afhængige af typiske karakteristika til at afgøre medlemskab, give mening til variable kategorier – kategorier med mindre karakteristika – såsom “spil”. En anden forskel, som forskning tyder på, er, at eksemplarer er mere tilbøjelige til at blive brugt end prototyper efter lang erfaring med et koncept.
Kategoriseringsprocessen til at identificere, hvilken type dyr en hund er, kan bruges til at give et eksempel på brugen af eksemplarisk teori. Alle hundens egenskaber ville blive taget i betragtning og sammenlignet, hver for sig, med andre dyr, som individet har mødt før. Individet vil i sidste ende konkludere, at dyret er en hund, da det har alle de træk, der tidligere har været forbundet med et eksempel på en hund. Individet kunne nå frem til denne konklusion ved hjælp af prototypeteorien, hvis hunden så gennemsnitlig ud, men hvad sker der, hvis hunden kun har tre ben og ikke gøer? Her ville prototypeteorien måske ikke give individet mulighed for at konkludere, at dyret er en hund, fordi det ikke har prototypiske træk, men eksemplarisk teori ville tage hensyn til tidligere eksempler på hunde, der ikke gøer, eller hunde, der har skader og derfor mangler lemmer. Eksemplar-baserede kategoriseringstilgange gennemgår omhyggeligt alle mødte eksempler i en given kategori for at muliggøre en præcis kategorisering.
Der er blevet fremsat modstridende udsagn om nøjagtigheden af eksemplarteorien til kategorisering, når den sammenlignes med prototypeteorien. For eksempel konkluderede en undersøgelse ved Arizona State University, at eksemplarteorien er mest præcis med minimal kategorioplevelse, og at prototypeteorien er mere præcis, efterhånden som erfaringen udvikles, efterhånden som prototypeteorien er mere præcis. En anden undersøgelse viser imidlertid beviser, at den eksemplariske tilgang er mere præcis, efterhånden som man bliver mere fortrolig med en kategori, fordi kendskabet til medlemmerne er større end det, der kan repræsenteres af en enkelt prototype. Det er klart, at der er nogle situationer, hvor den eksemplarbaserede tilgang er mest præcis, og andre, hvor den måske ikke er den mest præcise. Når dette er sagt, er det tydeligt, at hjernen naturligt bruger en kombination af kategoriseringstilgange i hverdagen.
En undersøgelse foretaget på University of Oregon viste, at prototypiske gennemsnit er mere tilbøjelige til at blive glemt end mange specifikke eksempler. Hvis man kun stoler på prototyper, er det ikke muligt at tage tilstrækkeligt hensyn, mens det kan være ineffektivt kun at stole på eksempler. Eksemplarisk teori er mere fleksibel end prototypeteori, men mindre økonomisk, en kombination af de to balancerer fleksibiliteten med effektiviteten. Erfaring med forskellige eksempler danner et gennemsnit af en stadig skiftende, mere præcis prototype – det er ikke sådan, at eksemplarisk teori og prototypeteori konkurrerer mod hinanden, men at de arbejder sammen, i tandem.