Racen er udviklet i bjergene i Serra da Estrela, i det nuværende Portugal. Estrela bjerghunden er en af de ældste racer i Portugal. De tidligste Estrela-forfædre var hyrdevagthunde i Serra da Estrela. Der findes ingen skriftlige optegnelser om deres historie.
Livet ændrede sig kun lidt for folk og hunde i regionen, selv ind i det 20. århundrede. Regionens isolation betød, at racen var relativt ukendt uden for den indtil begyndelsen af 1900-tallet, og selv da blev de for det meste ignoreret på de tidlige hundeudstillinger. Portugiserne beundrede udenlandske racer meget mere end deres egne racer. Hyrderne kastrerede ofte deres hunde for at forhindre dem i at forlade deres flokke for at parre sig. Disse faktorer havde en negativ indvirkning på Estrela-hunden. Så fra 1908 til 1919 blev der afholdt særlige udstillinger, kaldet concursos, for at fremme og bevare Estrela-racen i regionen. I denne periode blev der gjort forsøg på at oprette et register (som der ikke er nogen bevarede optegnelser om). Disse udstillinger omfattede også særlige arbejdsprøver for dyrepassere. Prøven bestod i, at en ejer/hyrde førte sin hund ind på en stor mark med mange fåreflokke. Hunden blev observeret af dommerne for at se, hvordan den reagerede, da den kom ind på marken, og da hyrden blev beordret til at flytte flokken, hvilket uundgåeligt gav efterslæb. Det blev forventet, at hunden skulle bevæge sig fra sin vagtplads for at bringe efternølerne tilbage og derefter indtage en lederstilling i spidsen for flokken.
Den første, foreløbige, registrerede racestandard blev offentliggjort i 1922. Denne standard afspejlede kun de funktionelle træk, der naturligt fandtes hos de bedste hunde på det pågældende tidspunkt, selv om den nævnte, at det at have dådyrkløer afspejlede en “perfekt” hund. Den karakteristiske krogede hale og de tilbagevendte (roserede) ører, som senere blev en del af den officielle standard, blev ikke nævnt i denne foreløbige standard.
Den første officielle racestandard blev skrevet i 1933. Denne standard forsøgte at differentiere Estrela som en særskilt race. Dette førte til, at den krogede hale og de dobbelte dæklove blev et krav. Alle farver blev tilladt. Standarden har undergået små finjusteringer siden da. F.eks. blev dæklovene valgfrie i 1955, og de tilladte farver er blevet begrænset et par gange for at opnå dagens nuværende sæt.
For Anden Verdenskrig var Estrela-opdrætterne stadig primært hyrder og landmænd i regionen. Da de for det meste var analfabeter, gjorde de ikke noget forsøg på at følge den officielle racestandard, hvis de overhovedet vidste, at der fandtes en sådan. Men i begyndelsen af 1950’erne vendte interessen for racen tilbage, og de årlige concursos blev genindført. Hensigten var igen at stimulere interessen blandt Serras indbyggere og at tilskynde dem til at overholde den officielle standard. I denne periode var den langhårede variant mest populær på udstillinger, men “udstillingshunde” repræsenterede (og gør det stadig) kun en lille del af Estrela-populationen i Portugal. Mange af arbejdshundene var (og er) korthårede.
Tidligt i 1970’erne var interessen stærkt aftagende. Der var en vis bekymring for racens degeneration og endda dens mulige udryddelse. Men den portugisiske revolution i 1974 var med til at redde Estrela-racen. Den førte til ændringer både i hundeudstillinger i Portugal og i de portugisiske hunderacer. Før revolutionen havde hundeudstillinger i vid udstrækning været et tidsfordriv for de velhavende, der foretrak ikke-portugisiske racer som statussymboler. Nu kunne de arbejdende mennesker udstille de indfødte hunde, som de foretrak, og det gjorde de også. Med revolutionen fulgte også en stigning i kriminaliteten og dermed en større interesse for vagthunde.
Der findes ingen optegnelser om Estrela-hunden uden for Portugal før 1972. Selv om nogle utvivlsomt forlod landet, blev de sandsynligvis krydset sammen, uden at der blev gjort en indsats for at bevare racen. I 1972 og 1973 blev der importeret par til USA. Andre blev sandsynligvis importeret til USA siden da, men det var først i 1998, at den første hund med papir blev importeret til USA. Det Forenede Kongerige var det første land, der etablerede racen uden for Portugal i 1972. I dag findes Estrela-hunden i mange lande.
I dag er Estrela-bjerghunden tro mod sin vogteriske arv. Den er stadig en arbejdshund, der bevogter flokke i sit hjemland Portugal og andre steder (de portugisiske marinesoldater har endda brugt dem som patruljehunde). Den er også et ideelt familiedyr på grund af sin årvågenhed, loyalitet, intelligens og sit instinkt til at opfostre unger; alt sammen egenskaber, som den havde brug for i sine tidligste dage.