Den moderne by Montour Falls ligger på stedet for en tidligere Seneca-indianerlandsby, Queanettquaga, uformelt kendt som Catherine’s Town efter en fremtrædende Seneca-indianerinde, dronning Catharine Montour, som boede i byen og var leder. Dronning Catharine Montours far (Peter Quebec) var en mohawkhøvding, og hendes mor (Margaret Montour Hunter) var datter af en oneidahøvding. Hun skulle gifte sig med Seneca-indianerhøvding Thomas Htitson. Dronning Catharine Montours Seneca-stamme var medlem af Iroquois-konføderationen. Under USA’s uafhængighedskrig blev repressalier sanktioneret mod stammer fra Iroquois-konføderationen, som havde allieret sig med Storbritannien. Det berygtede nærliggende slag ved Newtown, New York (august 1779) og den march, der ødelagde Queanettquaga (og fyrre andre indianske landsbyer ved Finger Lakes), er kendt som Sullivan-Clinton-ekspeditionen. Ud over at brænde dronning Catharine Montours bjælkepalads nedbrændte man frugtplantager, ødelagde huse, myrdede husdyr og saltede dyrkede marker. Indbyggerne i Catharine’s Town spredte sig til områder så langt væk som Niagara og Canada. Dronning Catharine Montour (f. 1710, død 20. februar 1804) er mindet ved en gravhøj, der ligger på hendes navnebror Catharine Trail inden for Montour Falls bygrænse.
I 1788 begyndte området at blive bebygget af europæiske amerikanere. I 1805 blev området kendt som Mill’s Landing efter den lokale beboer George Mills. (Den nærliggende landsby Millport er til nutid også opkaldt efter George Mills). 1802 er den tidligste dato, der almindeligvis bruges til at markere begyndelsen af Montour Falls-samfundet – det er det år, hvor George Mills blev udnævnt til postmester. Det anslås, at samfundet i 1802 bestod af 20 indbyggere – og ingen butikker.
Med begyndelsen i 1827 og afslutningen i 1833 blev Chemung-kanalen bygget gennem Mills Landing for at forbinde Chemung-floden og dens afvandingsområde med Seneca-søen. Mills Landing, senere Havana, ville blive kommercielt betydningsfuldt på grund af sin beliggenhed som hovedpunkt for sejladsen i Seneca Lake-inløbet. I den nordlige ende af søen blev endnu en kanal forbundet med Erie-kanalen, der både førte til de store søer og til Hudson-floden og havnen i New York City, for at øge handelen og erhvervslivet i regionen. Landsbyen forblev uindlemmet indtil den 13. maj 1836, hvor den officielt vedtog et nyt navn og blev Havana, New York. Landsbyen Havana blev udpeget som det første amtsbysted i det nyoprettede Schuyler County i 1854. I 1861 ville amtssædet blive flyttet til Watkins Glen.
Det nuværende navn Montour Falls blev vedtaget for landsbyen den 20. marts 1895. Byen Montour er også opkaldt efter den indianske Seneca-stammens matriark fra det 18. århundrede, Catharine Montour.
Fra 1850 til 1888 bestod områdets Havana-produktionssamfund af stentøj af stentøj af seks virksomheder: Savage, Parsons & Co.., Savage & Rogers, Brewer & Halm, S. T. Brewer, H. M. Whitman, J. M. Whitman og A. O. Whittemore.
Charles Cook, forretningsmand, politiker (kanalkommissær og statssenator), filantrop og visionær, er krediteret for oprettelsen af Schuyler County (1854) og Havana, New York som dets første amtsby; Cook Academy (oprindeligt People’s College) begyndte opførelsen i 1858. I dag er samme bygning hjemsted for New York State Academy of Fire Science. Cook var også præsident for Chemung Canal Trust Bank – den ældste bank i regionen, der var i drift siden 1835. Den 20. november 1886 blev der afholdt en hyldestgudstjeneste på Cook Academy med deltagelse af guvernør David Hill og mere end 1.000 borgere, medarbejdere og beundrere af Cook. En buste af Charles Cook blev indviet ved hyldestgudstjenesten. Charles Cook blev aldrig gift.
I 1872 dannede to indfødte ingeniører fra Havana, New York, et materialehåndteringsfirma, som de kaldte Shepard Niles. I 1902 byggede de deres første tunge kran og solgte den over hele verden. Virksomheden er stadig i drift i dag. Fra deres websted: “Arbejdshestekraner og hejseværk, der holder næsten evigt – det er, hvad industrien forventer af Shepard Niles. Vores specialfremstillede håndbyggede, kraftige kraner og hejseværker i klasse D og E hjalp Amerika med at blive verdens førende industrination og drev vores land gennem to verdenskrige.” Selv om virksomheden fortsætter, er dens primære aktiviteter siden overtagelsen i 1989 ikke længere hjemmehørende i Montour Falls.
I 1934 er National Bank of Montour Falls opført i Federal Reserve Bank roster Second District. National Bank of Montour Falls (også 1934) er den udstedende bank på en US $10.00 (ti-dollar) Federal Reserve-seddel.
Montour Falls er kendt for den naturlige attraktion i form af et 165 fod højt vandfald, der ligger på vestsiden af landsbyen. Ved foden af vandfaldet er der et skilt med betegnelsen “She-qua-ga”, en translitteration af dets Seneca-navn. På en bro over vandfaldet staves navnet som “Che-qua-ga”. Mange historiske navne er blevet registreret under en lang række forskellige stavemåder, især fordi forskellige folk har forsøgt at translitterere dem fra et sprog til et andet. Denne attraktion er også kendt som “Montour Falls”.
The Brick Tavern Stand, Montour Falls Historic District og Montour Falls Union Grammar School er opført i National Register of Historic Places.