Lyon Countys Fort Churchill blev grundlagt i juli 1860 under den kritiske periode med konflikter mellem indianere og nyankomne bosættere. Kaptajn Joseph Stewart, der for nylig havde været i Fort Alcatraz, havde ledet styrker fra Californien for at kæmpe i den anden fase af Pyramid Lake-krigen. Han fik derefter ordre til at etablere et fort for at beskytte de transkontinentale handels- og transportruter, der strakte sig gennem det vestlige Great Basin. Stewart grundlagde efterfølgende Fort Churchill på den nordlige bred af Carson-floden for at beskytte en af de vigtigere kommunikationslinjer. Stedet lå inden for rækkevidde af Carson City, Dayton og det nyligt udviklede Comstock-minedistrikt. Selvom garnisonen kun oplevede få aktioner, sikrede den en føderal tilstedeværelse i en kritisk periode, der omfattede borgerkrigen.
Anlægget blev opkaldt efter general Sylvester Churchill, generalinspektør i den amerikanske hær. Fort Churchill var den første føderale militærinstallation i det område, der skulle blive Nevada, og det var den mest udførlige af sin art i staten i det nittende århundrede. Antallet af soldater svingede i løbet af 1860’erne, men de var normalt ikke mere end to hundrede. Komplekset bestod af over tyve bygninger. Den afroamerikanske kunstner Grafton Brown udgav et af de eneste tidlige billeder af fortet, et fugleperspektiv fra 1863. Den amerikanske hær forlod fortet i 1869.
Da Fort Churchills bygninger var lavet af adobe, var de sårbare over for erosion efter nedlæggelsen. I begyndelsen af det 20. århundrede var komplekset i forfald. Sagebrush Chapter of the Daughters of the American Revolution fik fortet i 1925 og påbegyndte en begrænset restaurering. Civilian Conservation Corps, et New Deal-program under den store depression, gennemførte et større restaureringsprogram fra 1935 til 1936.
Siden 1957 har Fort Churchill fungeret som en statspark. Der er behov for løbende reparationer for at bevare de stående ruiner. National Park Service anerkender stedet som et nationalt historisk landmærke.