I det meste af det 20. århundrede var Panama et konstitutionelt demokrati. Et kup i 1968 bragte imidlertid militæret til magten. I løbet af 1980’erne overtog den panamanske general Manuel Noriega kontrollen over regeringen. Efter at diplomatisk og økonomisk pres ikke formåede at fjerne Noriega, brugte USA’s præsident George Bush amerikanske tropper til at fjerne diktatoren fra magten og genoprette demokratiet i 1991 i en militær operation kendt som “Just Cause”.
Panama er nu et forfatningsmæssigt repræsentativt demokrati. Regeringen er opdelt i 3 grene: den udøvende, den lovgivende og den dømmende magt. Den udøvende magt ledes af en valgt præsident, der både fungerer som statsoverhoved og regeringschef. Præsidenten vælges for en femårig periode og udpeger det nationale kabinet. Der er også to valgte vicepræsidenter, som også har en femårig embedsperiode. Den lovgivende gren af regeringen består af en lovgivende forsamling med et enkelt kammer. Den har 71 medlemmer, der vælges for fem år ad gangen. Den retslige gren består af en national højesteret, 5 overordnede domstole og 3 appeldomstole. Retsvæsenet er plaget af korruption og ineffektivitet.
Det største politiske parti i Panama er det Demokratiske Revolutionære Parti (PRD). PRD er konservativt i økonomiske spørgsmål og appellerer hovedsageligt til landets unge og fattige byboere. Arnulfista-partiet (PA) er partiet for landets nuværende præsident, og dets base er blandt Panamas landbefolkning. Folkeblokken er en koalition af tidligere kristelige demokrater og erhvervsvenlige grupper, ligesom den nationalliberale republikanske bevægelse og Demokratisk forandring. Disse partier appellerer til middel- og overklassen og har tendens til at have stærke bånd til erhvervslivet.
I 1997 var regeringens budget på 2,4 mia. dollar, og den havde indtægter på 2,4 mia. dollar. Regeringsudgifterne tegner sig for omkring 30 procent af landets BNP. I 1999 oversteg Panamas officielle udlandsgæld 7 milliarder USD. I øjeblikket er der over 50 forskellige former for skatter og afgifter, men der er planer om reformer, der skal reducere antallet til 10. Disse reformer har til formål at forenkle skattelovgivningen for at øge effektiviteten og gøre skattesystemet mere erhvervsvenligt med nedsættelse af visse former for selskabsskat. Den maksimale personlige indkomstskat er på 33 %, og den maksimale selskabsskat er på 30 %. Regeringens skatteopkrævningssystem er meget ineffektivt, og opkrævningsgraden for visse former for skatter ligger under 50 %.
På grund af landets historie med militærets indblanding i regeringen vedtog landet i 1994 en forfatningsændring, der afskaffede militæret. Sikkerheden er nu i hænderne på den nationale politistyrke, kystvagten og en national luftfartsvæsen. I 1997 brugte regeringen 1,9 % af landets BNP på sikkerhed eller ca. 132 mio. Omkring 150.000 mennesker arbejder for regeringen i en eller anden form.
I løbet af 1990’erne var regeringen i gang med en række programmer for at liberalisere økonomien. Den gennemførte reformer inden for bankvæsen, arbejdsmarkedsregulering og skatter. I 1996 vedtog regeringen de første antimonopollove. Med denne lovgivning blev der oprettet 4 særlige handelsdomstole til at behandle sager vedrørende patent-, varemærke- og antitrustsager. Der blev også oprettet et forbrugerbeskyttelsesagentur, der er kendt som Kommissionen for fri konkurrence og forbrugeranliggender. De nye love pålægger bøder til virksomheder, der udøver en praksis, der er skadelig for forbrugerne, herunder salg af udløbne produkter og prisfastsættelse. Der er dog stadig en række problemer i den panamanske erhvervslovgivning. Der findes f.eks. ingen konkurslovgivning, der giver virksomheder mulighed for at omstrukturere sig selv i stedet for at gå konkurs.
En række virksomheder, der tidligere var statsejede, blev privatiseret. Det drejer sig bl.a. om havnene Cristobal og Balboa, landets telekommunikationsselskab INTEL, elproduktionsanlæg og et cementfirma. Desuden har regeringen privatiseret landets 17 kasinoer og spilleautomatvirksomheder. Planerne om at privatisere el- og vandforsyningsselskaberne blev stoppet af en ny regering i 1999. Da landet bruger den amerikanske dollar, kan det ikke kontrollere sin pengepolitik .