Præsident- og parlamentsvalget i 1999 blev af internationale observatører anset for at have været frit og retfærdigt.. Deltagelsen af kvinder og indfødte vælgere var højere end i den seneste tid, selv om der fortsat var bekymringer med hensyn til adgangen til valgstederne i landdistrikterne.
Alfonso Portillos jordskredssejr kombineret med et flertal for Guatemalas republikanske front (FRG) i Kongressen tydede på muligheder for hurtig lovgivningsmæssig handling. I henhold til den guatemalanske forfatning fra 1985 kræver vedtagelsen af mange former for lovgivning imidlertid en to tredjedeles afstemning. Det er derfor ikke muligt at vedtage sådanne love med FRG-stemmer alene.
Den politiske balance blev brudt i 2000, da der kom beskyldninger frem om, at FRG ulovligt havde ændret lovgivningen. Efter en undersøgelse fratog højesteret de involverede, herunder kongrespræsidenten og FRG-chefen Ríos Montt, deres lovgivningsmæssige immunitet for at blive stillet for retten i sagen. På nogenlunde samme tidspunkt blev oppositionen i PAN splittet internt og brød op i fraktioner; det samme skete i ANN. Som følge heraf afventer reformer, der er afgørende for gennemførelsen af freden, lovgivningsmæssig handling.
Nye tilfælde af menneskerettighedskrænkelser fortsatte med at falde, selv om voldelig chikane af menneskerettighedsarbejdere udgjorde en alvorlig udfordring for regeringens autoritet. Almindelig kriminalitet, der er forværret af en arv af vold og selvtægtsjustits, udgør en anden alvorlig udfordring. Straffrihed er fortsat et stort problem, primært fordi de demokratiske institutioner, herunder de institutioner, der er ansvarlige for retsplejen, kun har udviklet en begrænset kapacitet til at håndtere denne arv. Regeringen har erklæret, at det vil tage indtil 2002 at nå målet om at øge skattebyrden (på ca. 10% af BNP, hvilket i øjeblikket er det laveste i regionen) til 12% af BNP.
Under præsidentvalget organiserede FRG det, der senere blev kendt som den sorte torsdag (Jueves negro). FRG organiserede sine partisaner fra landet og bragte dem til byen. FRG gav dem transport, mad, et ly for natten og meter lange pinde. Med disse stokke løb deltagerne gennem gaderne og forvoldte ødelæggelser i den offentlige infrastruktur. I løbet af denne dag blev en journalist fra Prensa Libre (en førende avis) dræbt.
Medierne, som har tradition for at være uafhængige og frie, tog det meget personligt, og i den næste måned handlede alle overskrifter om disse begivenheder og om det regerende partis deltagelse i denne terrordag. FRG protesterede mod TSE’s (den øverste valgdomstol) afgørelse om at udelukke FRG-kandidaten Efrain Rios Mont fra valget. TSE hævdede, at han som formelt putschist ifølge forfatningen var udelukket fra nogensinde at blive præsident. FRG hævdede, at eftersom de begivenheder, som den tidligere general deltog i, lå før forfatningen, var han berettiget til præsidentembedet. Den sunde fornuft argumenterede for, at hvis en sådan klausul ikke havde tilbagevirkende kraft af natur, ville den ikke have nogen mening.
Da Óscar Berger fra GANA (en koalition af politiske partier snarere end et enkelt parti) vandt valget i 2004, er det vigtigt at bemærke, at dette var den første regering i det demokratiske Guatemalas historie, som ikke havde et overvældende flertal i Kongressen. Efter at han tiltrådte i januar 2004 blev det offentliggjort, at FRG havde gennemrodet regeringen i stor stil og var gået så vidt som til at stjæle computerudstyr og genstande af historisk betydning. Alfonso Portillo flygtede til Mexico med en imponerende mængde penge stjålet fra militære midler, det nationale hospital og skattevæsenet. Guatemala fremsatte en formel anmodning om udvisning af Portillo for at få ham anklaget for underslæb, men Mexico har aldrig tilbagekaldt diplomatisk asyl, når det først er givet til en person.
Og selv om forfatningen ikke siger noget om det, leder vicepræsidenten regeringen som en premierminister, mens præsidenten tager sig af udenrigsanliggender, hvilket kan ses regelmæssigt, da vicepræsidenten træder ind i stedet for præsidenten ved mange begivenheder, der traditionelt ledes af republikkens præsident.
Kriminaliteten har nået svimlende proportioner: omkring 200 mord om måneden, og det er begyndt at påvirke økonomien, da mange virksomheder foretrækker at forlade landet frem for at stå over for den voksende korruption og usikkerhed. Et væsentligt problem er den igangværende bandekrig mellem M18 (Mara Dieciocho) og MS (Mara Salvatrucha). Det er to rivaliserende gadebander, der består af løst forbundne internationale franchiseorganisationer, som udøver en magt, der minder lidt om den amerikanske mafia i 1930’erne, og som i øjeblikket er hævet over og uden for lovens rækkevidde. De har et område under deres kontrol og afpresser “skatter” (la renta) fra det.
De er endnu ikke involveret i organiseret handel på højt niveau. Denne industri hører til en anden klasse af organiseret kriminalitet i Guatemala, hvor mexicanske smuglere og højtstående guatemalanske politifolk jævnligt skaber overskrifter ved at blive taget med hundredvis af kilo kokain.
Mara-fænomenet opstod i USA i 1980’erne, nærmere bestemt i Los Angeles, blandt flygtninge, der flygtede fra borgerkrige i El Salvador og Guatemala. Senere blev mange medlemmer af mara’erne deporteret fra USA til deres oprindelseslande, og i løbet af 1990’erne har dette været med til at give næring til udbredelsen af de to bander i hele USA, Mexico, El Salvador, Guatemala, Honduras og endda Italien og Spanien. Der er en zone i Guatemala City, “El Gallito”, som er anerkendt som værende uden for regeringens kontrol, den tilhører de narkobaroner, der bebor den. Barrio “El Gallito” ligger i zone 3, 3 km fra Nationalpaladset, hvor regeringens kontorer er placeret.
Drugssmugling har nået svimlende proportioner i Guatemala, og korruptionen strækker sig til topposter i mange af regeringens grene. Forskellige narko-mafiaer kæmper om kontrollen med de fjerntliggende nordlige jungleområder i Petén, hvor narkotika, våben og mennesker alle krydser grænsen til Mexico, for det meste på vej til USA. Narkotikahandelen er utvivlsomt den største trussel mod den politiske frihed i Guatemala i dag.
Guatemala er plaget af lynchninger, der i alvorlig grad pletter landets menneskerettighedssituation som en krænkelse af den retmæssige procedure.
Men Berger-regeringen er i visse kredse blevet hyldet for sit arbejde med dekoncentreringen. Guatemala har altid været en stærkt centraliseret stat, og administrationen forsøgte at sætte en stopper for hovedstadens voksende overlegenhed. For eksempel har administrationen engageret sig i mobile kabinetter, hvor præsidenten og alle hans ministre tager ud i landet og skifter magtens hjemsted med jævne mellemrum for at være “tættere på folket”.
Administrationen står over for voksende økonomiske vanskeligheder, hvilket muligvis til dels skyldes, at 60 % af befolkningen betragtes som “fattige” og derfor ikke er berettiget til beskatning. SAT (superintendance of tributary administration), skattevæsenet, er derfor forpligtet til at beskatte middelklassen, som er begyndt at lide under byrden. SAT er blevet streng i sin anvendelse af loven og kræver fuld straf i form af fængselsstraf for skatteunddragelse.
I september 2006 tog PNC (det civile nationale politi) i en fælles aktion med det nationale militær Pavon-fangelejren med storm, et fængsel med 1 500 indsatte, som indtil da ikke var blevet rekvireret i 10 år, og som var et knudepunkt for kriminelle aktiviteter. Nogle indsatte, vagten for lederen af den mafioso, der ledede fængslet, og lederen selv gjorde modstand mod lovstyrkernes angreb med AK-47 og håndvåben, men de blev massakreret. Omkring 3.000 infanterister og 4 kampvogne deltog i aktionen. Dette var en milepæl i Guatemalas historie og skabte nationale overskrifter.
2006 blev GANA splittet op med henblik på valget i 2007. Den splittede sig op i mange partier, hvilket skadede regeringens evne til at få lovgivning igennem kongressen.
I anden runde af præsidentvalget i november 2007 blev Álvaro Colom fra UNE valgt til præsident og besejrede eksgeneral Otto Perez Molina fra PP. Og i 2011 vandt den pensionerede general Otto Pérez Molina fra Det Patriotiske Parti præsidentvalget i en anden runde mod populisten Manuel Baldizón fra LIDER-partiet. Pérez Molina tiltrådte sit embede den 14. januar 2012, og hans vicepræsident er Roxana Baldetti.