SV40 large TAg, andre polyomavirus large T antigener, adenovirus E1a-proteiner og onkogene humane papillomavirus E7-proteiner deler et strukturelt motiv, der koder for et pRb-bindingsdomæne med høj affinitet. Dette motiv er karakteriseret ved en Asp-, Asn- eller Thr-rest efterfulgt af tre invariante aminosyrer, afbrudt af ikke-konserverede aminosyrer (betegnet med x, hvor x ikke kan være en Lys- eller Arg-rest). Et negativt ladet område følger ofte carboxy-terminalt til det pRb-bindende domæne.
{Asp/Asn/Thr} – Leu – x – Cys – x – Glu – x – … {negativt ladet område}
Hydrofobiske og elektrostatiske egenskaber er stærkt konserverede i dette motiv. Der forekommer f.eks. et lokalt hydrofobicitetsmaksimum i nærheden af den invariante Leu-rest. Der forekommer en negativ nettoladning inden for 3 rester amino-terminalt for den invariante Leu-rest; desuden findes der ikke positivt ladede aminosyrer (Lys eller Arg) inden for Leu – x – Cys – x – Glu-sekvensen eller i de positioner, der umiddelbart flankerer denne sekvens. Det pRb-bindende motiv og det negativt ladede område svarer til et segment af SV40 TAg, der begynder ved rest 102 og slutter ved rest 115 som vist nedenfor:
– Asn – Leu – Phe – Cys – Ser – Glu – Glu – Glu – Glu – Met – Pro – Ser – Ser – Ser – Asp – Asp – Asp – Glu –
Funktionelle undersøgelser af TAg-proteiner med mutationer inden for dette segment (aminosyrepositioner 106 til og med 114) viser, at visse skadelige mutationer ophæver den maligne transformerende aktivitet. F.eks. ophæver mutation af den invariante Glu i position 107 til Lys-107 fuldstændig den transformerende aktivitet. Skadelige mutationer inden for dette segment (aminosyrepositioner 105 til og med 114) forringer også bindingen af den mutante TAg-proteinart til pRb, hvilket antyder en korrelation mellem transformationsaktivitet og TAg’s evne til at binde pRb. En detaljeret computerbaseret bioinformatisk analyse samt en røntgenkrystallografisk undersøgelse har påvist det biofysiske grundlag for interaktionen mellem dette område af TAg og pRb. TAg-resterne 103 til 109 danner en udvidet loop-struktur, der binder tæt i en overfladegrube af pRb. I krystalstrukturen er Leu-103 placeret således, at den danner van der Waals-kontakt med de hydrofobiske sidekæder Val-714 og Leu-769 i pRb. En række hydrogenbindinger stabiliserer også TAg-pRb-komplekset. F.eks. danner Glu-107’s sidekæde hydrogenbindinger ved at acceptere hydrogener fra hovedkædens amidgrupper af Phe-721 og Lys-722 i pRb. Mutation af Glu-107 til Lys-107 forventes at resultere i tab af disse hydrogenbindinger. Desuden vil sidekæden af Lys-107 sandsynligvis have energimæssigt ugunstige interaktioner med amidet af Phe-721 eller Lys-722, hvilket destabiliserer komplekset.
Stærke eksperimentelle beviser bekræfter, at positivt ladede aminosyrer (Lys eller Arg) svækker bindingsinteraktionen med pRB betydeligt, når de er placeret i nærheden af Leu – x – Cys – x – Glu-sekvensen. Dette skyldes sandsynligvis, at bindingsfladen på pRb har seks lysinrester, som vil have en tendens til at frastøde positive rester inden for eller flankerende Leu – x – Cys – x – Glu-sekvensen.