En del af det nuværende selskabs vinmarker kan spores tilbage til vinhuset Eshcol, et bibelsk ord for “frodig drueklase”. Det oprindelige Eschol-vinhus blev bestilt af James og George Goodman og bygget i 1886 af en skotsk søkaptajn ved navn Hamden McIntyre. Den oprindelige ejendom var på 280 acres, hvoraf 40 acres var beplantet med vinmarker. McIntyre konstruerede det som et gravitationsstrømssystem: en hestetrukket spil bragte druerne op på tredje sal i den treetagers bygning til knusning; gravitationen bragte saften op på anden sal til gæring, og til sidst gik vinen ned på første sal til lagring. Vinmarkerne overlevede forbuddet i USA ved at producere druer til fremstilling af sakramental vin. I 1940 blev vinmarkerne og vinhuset taget ud af brug. Eschol-bygningen led omfattende strukturelle skader i forbindelse med jordskælvet i 2014 i South Napa. Vingårdsbygningen blev restaureret efter jordskælvsskaderne efter over to års reparationer og forbedringer.
Egene Trefethen købte efter sin pensionering efter en succesfuld karriere hos Kaiser Industries sammen med sin kone Katie Eshcol i 1968 sammen med seks tilstødende ejendomme for at skabe Trefethen Vineyards. På det tidspunkt begyndte man at genbeplante vinmarkerne og restaurere den historiske vingårdsbygning. Trefethens restaureringsindsats blev anerkendt i 1988 af indenrigsministeriet, som optog vineriet i National Register of Historic Places som det eneste bevarede trævinhus fra det 19. århundrede i Napa County med tyngdekraftsflow. Vingården er også kendt for en omfattende have, som Katie har anlagt. Den har været omtalt i mange publikationer og har været en destination for mange haveentusiaster, siden den blev anlagt.
Eugene Trefethen døde i 1996, og Katie Trefethen døde i 2007.