GENOME ANNOUNCEMENT
Staphylococcus hominis er et medlem af de koagulase-negative stafylokokker (CoNS). Blandt CoNS er S. hominis en almindelig art, der forekommer i kliniske prøver, og som normalt er isoleret fra axillae og glat hud på arme, ben og krop hos mennesker (3, 7). Ligesom andre CoNS forårsager S. hominis normalt ikke sygdom hos mennesker, men den anerkendes i stigende grad som et potentielt opportunistisk og nosokomielt patogen og kan lejlighedsvis forårsage infektion hos patienter med unormalt svagt immunforsvar (12). Det er blevet rapporteret, at den kan forårsage nogle potentielt livstruende infektioner, f.eks. infektiøs endokarditis (6). Der er også blevet rapporteret om et tilfælde af S. hominis endophthalmitis i forbindelse med en kapselhypopyon (4). Den stigende relevans af S. hominis for menneskers sundhed fik os til at bestemme genomsekvensen af S. hominis ZBW5, en multiresistent stamme isoleret fra en normal menneskelig hudprøve på vores hospital.
Hele-genom shotgun-sekventering blev udført med et Illumina Hiseq 2000-system med højt gennemløb (Illumina, Inc.) og gav 3279 Mb rå sekvens af høj kvalitet, svarende til mere end 1.400 gange genomdækning. I alt 47 contigs (500 til 375.603 baser) blev de novo-samlet ved hjælp af Velvet (14) med en N50-værdi på 211.593 bp. Den sammensatte genomsekvens blev analyseret ved hjælp af BLAST for at bestemme sekvensens identitet. Annotationen blev udført ved hjælp af Glimmer version 3.02 (2), tRNA-generne blev identificeret ved hjælp af tRNAscan-SE (9), rRNA-generne blev forudsagt ved hjælp af RNAmmer (8) og Tandem Repeats Finder 4.04 (1) for at finde 78 tandemrepeats i alle contigs. Desuden blev contigs søgt mod KEGG (5), COG (13) og NCBI NR proteindatabaser med henblik på annotation.
Kromosomet af ZBW5 havde en længde på 2.335.704 baser med et G+C-indhold på 31,4 %. Genomet indeholder 2.304 forudsagte protein-kodende åbne læserammer (ORF’er), der udgør 86 % af genomet, med en gennemsnitlig længde på 872 bp. Genomet koder for 39 tRNA-gener, et rRNA-lokus og fire kopier af 16S-23S-5S operoner. Ca. 71,5 % af alle kodningssekvenser (CDS’er) (i alt 1 894) blev tildelt klynger af ortologgrupper (COG’er), og 1 282 CDS’er kan annoteres i 1109 KEGG-ortologisystemet ved hjælp af KAAS (10).
S. hominis ZBW5 bar nogle forudsagte proteinkodende gener, der var involveret i antibiotikaresistens (såsom methicillin, erythromycin og tetracyclin) og multidrugspumper, som sandsynligvis er i stand til at modulere virulenspotentialet, hvilket er i overensstemmelse med andre CoNS (11). Der blev fundet en lang række gener relateret til formodede virulensfaktorer, adhæsion og invasion, hvilket er i overensstemmelse med S. hominis’ identitet som et opportunistisk patogen. En yderligere og dybtgående udforskning af genomsekvensen af S. hominis er nu i gang, hvilket vil danne grundlag for at belyse de molekylære principper for værtskolonisering og give indsigt i den genetiske baggrund for denne organismes patogenese.
Nukleotidsekvensens accessionsnumre: Dette Whole Genome Shotgun-projekt er blevet deponeret hos DDBJ/EMBL/GenBank under accession nr. AKGC000000000000. Den version, der er beskrevet i denne artikel, er den første version, AKGC01000000.