Långt innan britterna invaderade och tog kontroll över subkontinenten hade muslimska arméer erövrat de bofasta befolkningarna i det böljande, platta landet som sträckte sig från Hindukushs utlöpare till staden Delhi och den indogangetiska slätten och österut till Bengalen. Den sista och mest framgångsrika av de muslimska erövrarna var moguldynastin (1526-1857), som så småningom spred sin auktoritet över praktiskt taget hela subkontinenten. Den brittiska överlägsenheten sammanföll med mogulernas nedgång, och efter en period av europeiska framgångar och mogulernas misslyckanden på slagfältet satte britterna stopp för mogulernas makt. Den sista mogulkejsaren landsförvisades efter det misslyckade indiska myteriet 1857-58.
Mindre än tre decennier efter denna revolt bildades Indian National Congress för att ge politisk representation åt Brittiska Indiens ursprungsbefolkning. Även om medlemskapet i kongressen var öppet för alla, överväldigade de hinduiska deltagarna de muslimska medlemmarna. All India Muslim League, som organiserades 1906, syftade till att ge muslimerna en röst för att motverka vad som då uppfattades som hinduernas växande inflytande under det brittiska styret. Mohammed Ali Jinnah, tidigare en framstående muslimsk medlem av kongressen, tog över ledningen av förbundet efter sin brytning med kongressledaren Mohandas K. Gandhi. Jinnah, som var en stark anhängare av den anglosaxiska rättsstaten och en nära medarbetare till Iqbal, ifrågasatte den muslimska minoritetens säkerhet i ett Indien som i huvudsak dominerades av en hinduisk auktoritet. Jinnah och ligan förklarade att islam hotades av en återupplivad hinduisk självhävdelse och lade fram en ”tvånationsteori” som hävdade att indiska muslimer hade rätt till – och därför krävde – en separat, självstyrande stat i en återskapad subkontinent.
Britternas avsikt att ge Indien självstyre enligt den brittiska parlamentariska demokratins principer framgår tydligt av Government of India Act från 1935. Fram till dess var frågan om att hinduer och muslimer skulle dela på styret av Indien allmänt accepterad, även om det också erkändes att hinduer i högre grad än muslimer hade anpassat sig till brittiska seder och det koloniala förvaltningssättet. Efter det misslyckade indiska myteriet var hinduerna dessutom mer ivriga att anta brittiska beteenden och idéer, medan de indiska muslimerna fick utstå den brittiska vreden. Mogulriket upplöstes formellt 1858 och dess sista härskare förvisades från subkontinenten. Indiens muslimska befolkning, som trodde att de hade valts ut för bestraffning, var ovillig att anta brittiska seder och bruk eller dra nytta av de engelska utbildningsmöjligheterna. Till följd av dessa olika positioner avancerade hinduerna under det brittiska styret på bekostnad av sina muslimska motsvarigheter, och när Storbritannien öppnade den offentliga förvaltningen för den inhemska befolkningen monopoliserade hinduerna praktiskt taget tjänsterna. Även om inflytelserika muslimer som Sayyid Ahmad Khan insåg den växande maktobalansen och uppmuntrade muslimerna att söka sig till europeisk utbildning och komma in i den koloniala statsförvaltningen, insåg de också att det var en omöjlig uppgift att komma ikapp de mer progressiva och gynnade hinduerna.
Det var detta motsatsförhållande mellan en framväxande känsla av hinduisk överlägsenhet och en ihållande känsla av underlägsenhet bland muslimerna som All India Muslim League tog itu med när det gjorde anspråk på att representera Indiens muslimer. Till skillnad från andra muslimska rörelser under perioden artikulerade det muslimska förbundet känslorna hos de uppmärksamma och samtidigt mer moderata elementen bland Indiens muslimska befolkning. Muslimska förbundet, med Jinnah som talesman, var också den föredragna organisationen ur den brittiska auktoritetens synvinkel. Till skillnad från Gandhis metoder för civil olydnad var advokaten Jinnah (som var advokat vid Lincoln’s Inn i London) mer benägen att främja rättsstatsprincipen när han försökte separera sig från det kejserliga styret. Jinnah var därför mer öppen för en förhandlingslösning, och hans första instinkt var faktiskt att bevara Indiens enhet, om än med lämpliga skyddsåtgärder för den muslimska gemenskapen. För Jinnah innebar Lahore-resolutionen (senare Pakistan) från 1940, som krävde en eller flera oberoende muslimska stater i Indien, först inte att den indiska unionen skulle brytas upp.
Andra världskriget (1939-45) visade sig vara en katalysator för en oväntad förändring av den politiska makten. Under trycket från en rad olika folkliga nationella rörelser – särskilt de som organiserades av kongressen och leddes av Gandhi – tvingades de krigssvagade britterna att överväga att överge Indien. Som svar på kongressens kampanj för att Storbritannien skulle lämna Indien skickade London i början av 1942 ett uppdrag under ledning av Sir Richard Stafford Cripps (Cripps-uppdraget) till New Delhi med löftet att kongressens samarbete i krigsarbetet skulle belönas med större självstyre och möjligen till och med självständighet när kriget var slut. Gandhi och de andra kongressledarna kunde dock inte lugnas, och deras insisterande på att Storbritannien skulle tillåta en maktöverföring medan kriget rasade ledde till ett dödläge och till att uppdraget misslyckades.
Under denna period var det Jinnah-ledda Muslimska förbundet betydligt mindre aggressivt när det gällde att kräva ett omedelbart brittiskt tillbakadragande. Skillnaderna mellan de två grupperna gick inte förlorade för Storbritannien, och Tysklands och Japans slutliga nederlag lade grunden för det drama som resulterade i delningen av Brittiska Indien och Pakistans självständighet. Clement Attlees nya Labourpartiregering efter kriget, som efterträdde den konservativa Winston Churchill-regeringen, var fast besluten att avsluta sin auktoritet i Indien. Ett kabinettsuppdrag under ledning av William Pethick-Lawrence skickades 1946 för att diskutera och eventuellt ordna mekanismerna för att överföra makten till inhemska händer. Under överläggningarna hade britterna att brottas med två framträdande aktörer: Gandhi och kongressen och Jinnah och det muslimska förbundet. Jinnah ansträngde sig för att hitta en lämplig formel som tog hänsyn till de ömsesidiga och olika behoven hos subkontinentens två största befolkningsgrupper. När Pethick-Lawrences uppdrag visade sig vara olämpligt för uppgiften att försona parterna gick den sista chansen till en kompromisslösning förlorad. Var och en av de viktigaste aktörerna skyllde på den andra parten för att förhandlingarna bröt samman, och Jinnah insisterade på att förverkliga ”tvånationsteorin”. Målet var nu inget mindre än skapandet av ett suveränt, oberoende Pakistan.