James II blev orolig för de nyengelska koloniernas alltmer självständiga sätt; han och andra brittiska ämbetsmän var särskilt upprörda över det öppna åsidosättandet av navigationslagarna. Det fortsatta militära hotet från fransmännen och deras indianska allierade i Nordamerika var ytterligare en anledning att skärpa kontrollen över kolonierna. År 1686 förenades hela Nya England i en administrativ sammanslagning, Dominion of New England; två år senare lades New York och båda New Jersey till. Denna myndighets inrättande betraktades i Storbritannien som ett genomtänkt drag och inte som en straffåtgärd. Att förena de nordliga kolonierna i försvarssyfte och för administrativ kontroll betraktades annorlunda i Amerika. Kolonisterna hade tidigare deltagit i New England Confederation. Joseph Dudley tjänstgjorde kort som Dominions första president, men ersattes av Sir Edmund Andros. Andros var en erfaren soldat och hängiven tjänsteman, men saknade ändå det sunda förnuftet och de personliga färdigheterna för att bli framgångsrik i sin nya position. Han följde sina order ihärdigt genom att avsluta lokala församlingar, beskatta kolonisterna utan deras representanters samtycke och försökte kraftfullt att få slut på smugglingen genom strikt tillämpning av Navigation Acts.Massachusetts var inte den enda koloni där Dominion orsakade uppståndelse. År 1687 blev Andros så upprörd över att Connecticut inte samarbetade med den nya regimen att han och beväpnade anhängare försökte ta kolonins stadgar i fysisk besittning. Enligt legenden gömde Connecticutkolonisterna dokumentet i en spricka i en gammal ek.* 
Dominionen upplevde liten framgång, vilket till stor del berodde på koloniernas omedgörlighet. Köpmännen i New England hade länge gjort smuggling till en livsstil och gjorde bittert motstånd mot förändringar som kunde påverka deras inkomstkällor. Andros försök att ena koloniala militära reaktioner var dödfödda på grund av att han misslyckades med att tillhandahålla mycket i form av finansiering och vapen. Dominion kom till ett abrupt slut 1689, när det kom ett meddelande till kolonierna om att Jakob II hade avlägsnats från tronen i den ärofyllda revolutionen. 1689 förändrade misslyckandet med Dominion of New England tillfälligt många brittiska ämbetsmäns attityd till de amerikanska kolonierna. En period av ”salutary neglect” rådde i slutet av 1600-talet och början av 1700-talet. Vissa makthavare ansåg att det var klokare att försöka uppmuntra handelsförbindelser med kolonierna än att lägga sig i deras regeringsangelägenheter. Denna välgörande nonchalans gjorde mycket för att främja framväxten av självstyre i Amerika.Kolonisterna skulle återigen ta upp frågan om ett enat agerande vid den första kontinentalkongressen (1774) – men den integrationen var ett amerikanskt beslut, inte ett påtvingat av moderlandet.
*”Charter Oak” stod på Wyllys egendom i Hartford tills den fälldes av en vindstorm 1856.