Se investigaron los efectos directos e indirectos (mediados por factores biológicos) de la endogamia sobre la mortalidad prerreproductiva (muerte antes de los 20 años) en un estudio de casos y controles realizado en los Amish de la Vieja Orden del Condado de Lancaster, Pennsylvania. Se compararon 211 casos de muerte prerreproductiva entre 1969 y 1980 y 213 controles vivos para determinar las diferencias en los coeficientes de endogamia, las malformaciones congénitas, el peso al nacer, la edad gestacional, las complicaciones en el parto y otros factores demográficos, obtenidos mediante la vinculación de los casos y los controles con los registros vitales y el registro genealógico amish que se remonta a la década de 1700. Los coeficientes de endogamia (F) de los casos y los controles se calcularon mediante el método de rastreo de ancestros comunes en los pedigríes multigeneracionales. La endogamia estrecha (F mayor o igual a 1/64) fue un factor de riesgo significativo para la mortalidad prerreproductiva; odds ratio = 1,55. Utilizando el modelo logarítmico-lineal, se descubrió que el efecto de la consanguinidad estrecha sobre la mortalidad estaba mediado por tres mecanismos casuales indirectos: Independientemente de la condición de caso-control, la endogamia estaba significativamente relacionada con las malformaciones congénitas (registradas al nacer), el retraso del crecimiento intrauterino (peso al nacer inferior al 10º percentil para la edad gestacional) y la ocurrencia de otras muertes en la hermandad. A su vez, cada uno de estos factores estaba relacionado de forma independiente con la mortalidad, independientemente de la consanguinidad. No se mantuvo ningún efecto directo significativo de la endogamia tras el ajuste por estos factores. No hubo efectos de la endogamia en la prematuridad (menos de 37 semanas) ni en las complicaciones del parto. Este estudio sugiere que la endogamia aumenta el riesgo de mortalidad prerreproductiva al incrementar el riesgo de retraso del crecimiento intrauterino y de malformaciones congénitas, pero no de prematuridad. El modelo log-lineal proporciona un enfoque útil para el análisis de los factores de riesgo directos e indirectos mediante mecanismos biológicos.