Exemplarisk teori kontrasteras ofta mot prototypisk teori, som föreslår en annan metod för kategorisering. Vi använder både exemplar- och prototypmetoden när vi gör kategoribedömningar, och de arbetar ofta tillsammans för att ge den mest korrekta slutsatsen. Nyligen har antagandet av både prototyper och exemplarbaserade representationer och kategorisering implementerats i ett kognitivt inspirerat artificiellt system som kallas DUAL PECCS (Dual Prototypes and Exemplars based Conceptual Categorization System) som på grund av denna integrering har utökat kategoriseringsmöjligheterna hos klassiska kategoriseringsmodeller. De två teorierna liknar varandra genom att de betonar betydelsen av likhet vid kategorisering: endast genom att likna en prototyp eller ett exemplar kan ett nytt stimulus placeras i en kategori. De bygger också båda på samma allmänna kognitiva process: vi upplever ett nytt stimulus, ett begrepp i minnet utlöses, vi gör en bedömning av likheten och drar en kategoriseringsslutsats. De två teorierna skiljer sig dock åt vad gäller detaljerna i de två teorierna. Prototypteorin föreslår att ett nytt stimulus jämförs med en enda prototyp i en kategori, medan exemplarteorin föreslår att ett nytt stimulus jämförs med flera kända exemplar i en kategori. Medan en prototyp är ett abstrakt genomsnitt av medlemmarna i en kategori, är ett exemplar en faktisk medlem av en kategori, hämtad från minnet. Medan prototyper är ekonomiska – vilket innebär att de är bättre lämpade för snabba bedömningar – är exemplar mindre ekonomiska. Å andra sidan är prototyper mindre flexibla än exemplar: exemplar kan lättare förklara atypiska kategorimedlemmar, t.ex. att en pingvin ingår i kategorin ”fåglar”, eftersom ett exemplar inte gör ett genomsnitt av en kategoris egenskaper på samma sätt som en prototyp. Exemplar kan förklara variabla kategorier, dvs. kategorier med mindre utmärkande egenskaper, t.ex. ”spel”, mycket bättre än prototyper, som förlitar sig på typiska egenskaper för att avgöra medlemskap. En annan skillnad, som forskningen tyder på, är att exemplar är mer benägna att användas än prototyper efter lång erfarenhet av ett begrepp.
Kategoriseringsprocessen för att identifiera vilken typ av djur en hund är kan användas för att ge ett exempel på användningen av exemplarteorin. Alla egenskaper hos hunden skulle tas i beaktande och jämföras, separat, med andra djur som individen har stött på tidigare. Individen skulle så småningom dra slutsatsen att djuret är en hund eftersom det har alla de egenskaper som tidigare förknippats med ett exempel på en hund. Individen skulle kunna komma fram till denna slutsats med hjälp av prototypteorin om hunden såg genomsnittlig ut, men vad händer om hunden bara har tre ben och inte skäller? Här skulle prototypteorin kanske inte tillåta individen att dra slutsatsen att djuret är en hund eftersom det inte har prototypiska drag, men exemplarteorin skulle ta hänsyn till tidigare exempel på hundar som inte skäller eller hundar som har skador och därför saknar lemmar. Exemplarbaserade kategoriseringsmetoder går noggrant igenom alla påträffade exempel i en viss kategori för att möjliggöra en korrekt kategorisering.
Kontradiktoriska uttalanden har gjorts om exaktheten hos exemplarteorin för kategorisering när den jämförs med prototypteorin. I en studie vid Arizona State University drogs t.ex. slutsatsen att exemplarteorin är mest exakt med minimal erfarenhet av kategorier och att prototypteorin är mer exakt i takt med att erfarenheten utvecklas. En annan studie visar dock bevis för att den exemplarbaserade metoden är mer exakt när man blir mer bekant med en kategori eftersom kunskapen om medlemmarna är större än vad som kan representeras av en enda prototyp. Det är uppenbart att det finns vissa situationer där den exemplarbaserade metoden är mest korrekt och andra där den kanske inte är den mest korrekta. Med detta sagt är det uppenbart att hjärnan naturligt använder en kombination av kategoriseringsmetoder i vardagen.
En studie gjord vid University of Oregon visade att prototypiska medelvärden är mer benägna att glömmas bort än många specifika exempel. Att enbart förlita sig på prototyper ger inte utrymme för adekvata överväganden medan det kan vara ineffektivt att enbart förlita sig på exempel. Exemplarisk teori är mer flexibel än prototypisk teori men mindre ekonomisk, en kombination av de två balanserar flexibiliteten med effektiviteten. Erfarenhet av olika exempel ger ett genomsnitt av en ständigt föränderlig, mer exakt prototyp – det är inte så att exemplarisk teori och prototypteori konkurrerar mot varandra utan att de arbetar tillsammans, i tandem.