I USA utmanades O’Mahonys ordförandeskap över Fenian Brotherhood alltmer av William R. Roberts. Båda de fenianska fraktionerna samlade in pengar genom att utfärda obligationer i ”Irländska republikens” namn, som köptes av de trogna i förhoppning om att de skulle bli hedrade när Irland skulle bli ”A Nation Once Again”. Dessa obligationer skulle lösas in ”sex månader efter erkännandet av Irlands självständighet”. Hundratusentals irländska invandrare tecknade sig.
Stora mängder vapen köptes in, och förberedelser gjordes öppet av Roberts fraktion för en koordinerad serie razzior i Kanada, som USA:s regering inte tog några större steg för att förhindra. Många i den amerikanska administrationen var inte indispositiva för rörelsen på grund av Storbritanniens underlåtenhet att stödja unionen under inbördeskriget. Roberts ”krigssekreterare” var general T. W. Sweeny, som ströks från den amerikanska armélistan från januari 1866 till november 1866 för att han skulle kunna organisera räderna. Syftet med dessa räder var att lägga beslag på transportnätet i Kanada, med tanken att detta skulle tvinga britterna att byta Irlands frihet mot besittning av deras provins Kanada. Före invasionen hade fenianerna fått vissa underrättelser från likasinnade anhängare inom Kanada, men fick inte stöd från alla irländska katoliker där som såg invasionerna som ett hot mot den framväxande kanadensiska suveräniteten.
I april 1866 anlände ett band med mer än 700 medlemmar av Fenian Brotherhood under John O’Mahonys befäl till Maine-kusten mittemot ön med avsikten att erövra Campobello från britterna. Brittiska krigsfartyg från Halifax i Nova Scotia var snabbt på plats och en militär styrka skingrade fenianerna. Denna handling tjänade till att förstärka idén om att skydda New Brunswick genom att gå samman med de brittiska nordamerikanska kolonierna Nova Scotia, Canada East och Canada West i konfederation för att bilda Dominion of Canada.
Kommandot för expeditionen i Buffalo, New York, anförtroddes av Roberts åt överste John O’Neill, som korsade Niagarafloden (Niagara är den internationella gränsen) i spetsen för minst 800 (O’Neills siffra; vanligen rapporteras upp till 1 500 i kanadensiska källor) män natten och morgonen mellan den 31 maj och den 1 juni 1866, och som kortvarigt intog Fort Erie, varvid han besegrade en kanadensisk styrka vid Ridgeway. Många av dessa män, inklusive O’Neill, var stridshärdade veteraner från det amerikanska inbördeskriget. I slutändan hade invasionen brutits genom att de amerikanska myndigheterna senare avbröt de fenianska försörjningslinjerna över Niagarafloden och arresterade fenianska förstärkningar som försökte ta sig över floden till Kanada. Det är osannolikt att de med en så liten styrka någonsin skulle ha nått sitt mål.
Andra fenianska invasionsförsök inträffade under den följande veckan i St Lawrence-dalen. Eftersom många av vapnen under tiden hade konfiskerats av den amerikanska armén var det relativt få av dessa män som faktiskt blev inblandade i striderna. Det skedde till och med en liten feniansk räd mot en lagerbyggnad där man lyckades få tillbaka några vapen som hade beslagtagits av den amerikanska armén. Många återlämnades så småningom ändå av sympatiska officerare.
För att få bort fenianerna från området, både i St Lawrence och Buffalo, köpte den amerikanska regeringen tågbiljetter så att fenianerna kunde återvända till sina hem om de inblandade individerna lovade att inte invadera några fler länder från USA. Många av vapnen återlämnades senare om den person som gjorde anspråk på dem kunde ställa en garanti för att de inte skulle användas för att invadera Kanada igen, även om en del möjligen användes i de räder som följde.
I december 1867 blev O’Neill ordförande för Roberts fraktion av Fenian Brotherhood, som året därpå höll ett stort konvent i Philadelphia med över 400 korrekt ackrediterade delegater, medan 6 000 fenianska soldater, beväpnade och i uniform, tågade runt på gatorna. Vid detta konvent utformades den andra invasionen av Kanada. Nyheten om explosionen i Clerkenwell var ett starkt incitament till en kraftfull politik. Henri Le Caron, som samtidigt som han agerade som hemlig agent för den brittiska regeringen innehade posten som ”generalinspektör för den irländska republikanska armén”, hävdar att han delade ut femton tusen vapenställningar och nästan tre miljoner patroner till de många betrodda män som var stationerade mellan Ogdensburg, New York och St Albans, Vermont, som förberedelse för den planerade razzian. Den ägde rum i april 1870 och visade sig vara ett lika snabbt och fullständigt misslyckande som försöket 1866. Fenierna under O’Neills befäl korsade den kanadensiska gränsen nära Franklin, Vermont, men skingrades av en enda salva från kanadensiska frivilliga. O’Neill själv arresterades omedelbart av de amerikanska myndigheterna som agerade på order av president Ulysses S. Grant.
Efter att ha avgått som ordförande för Fenian Brotherhood försökte John O’Neill utan framgång genomföra en icke-sanktionerad razzia 1871, där han förenade styrkorna från sina kvarvarande fenianska anhängare med exilerade medlemmar av Red River Rebellion. Räddningsgruppen korsade gränsen till Manitoba vid Pembina, Dakota Territory, och tog i besittning av Hudson’s Bay Companys handelspost på den kanadensiska sidan. Amerikanska soldater från fortet i Pembina, med tillstånd av den kanadensiske tjänstemannen Gilbert McMicken, passerade gränsen till Kanada och arresterade de fenianska plundrarna utan motstånd.
Det fenianska hotet föranledde krav på en kanadensisk konfederation. Konfederationen hade varit på gång i flera år men genomfördes först 1867, året efter de första raiderna. År 1868 mördade en feniansympatisör den irländsk-kanadensiske politikern Thomas D’Arcy McGee i Ottawa för att han fördömt raiderna.
Rädslan för fenianska attacker plågade Lower Mainland i British Columbia under 1880-talet, eftersom Fenian Brotherhood aktivt organiserade sig i Washington och Oregon, men raiderna blev aldrig verkliga. Vid invigningen av huvudlinjen av Canadian Pacific Railway 1885 visar foton som togs vid tillfället tre stora brittiska krigsfartyg som ligger i hamnen strax utanför järnvägsstationen och dess kajer. Deras närvaro berodde uttryckligen på hotet om fenianska attacker eller terrorism, liksom det stora antalet trupper på det första tåget.