Vuoden 1977 vaaleissa hänestä tuli New Orleansin ensimmäinen afroamerikkalainen pormestari kukistamalla entisen pormestarin Victor Schiron kanssa liittoutuneen demokraattien kaupunginvaltuutetun Joseph V. DiRosan äänin 90 500 äänellä 84 300 vastaan. Morial voitti 95 prosenttia mustien äänistä ja 20 prosenttia valkoisten äänistä, jotka tulivat pääasiassa Uptownin keski- ja yläluokan vaalipiireistä. Hän voitti vaalit ilman tärkeimpien paikallisten mustien poliittisten järjestöjen, kuten SOULin ja COUPin, tukea. Suurimman osan vaalikampanjasta useimmat kommentaattorit pitivät Morialia pilaajakandidaattina, jolla ei ollut juurikaan mahdollisuuksia voittoon. Morial oli New Orleansin pormestarina polarisoiva hahmo.
Morial kävi pitkäaikaisia poliittisia taisteluita arkkivihollisensa Sidney Barthelemyn johtaman kaupunginvaltuuston ja Barthelemyn poliittisen järjestön COUPin kanssa. Hän käytti suuren osan pormestarina viettämästään ajasta yrittäessään lisätä pormestarin viran vahvuutta ja vaikutusvaltaa itsenäisiin, osavaltion valtuuttamiin hallintoelimiin, kuten viemäröinti- ja vesilaitokseen ja telakkaneuvostoon (New Orleansin sataman valvontaelin), pyrkimystä, jota hän kuvasi kaupungin hallinnon demokratisoimiseksi. Hän rakensi tehokkaan holhouskoneiston, johon hän käytti luokittelemattomia kaupungin työntekijöitä, ja voitti sen avulla vastustajiaan osavaltion lainsäätäjissä – kuten Hank Braden, Louis Charbonnet ja Nick Connor – sponsoroimalla henkilökohtaisesti vähän tunnettuja haastajia. Vuonna 1978 Braden ja Charbonnet kilpailivat osavaltion senaatin vapautuneesta paikasta, jonka Braden vei 14 äänen erolla.
Ensimmäisellä kaudellaan Morial joutui kohtaamaan puhtaanapitotyöntekijöiden lakon ja poliisien lakon, jonka vuoksi hän joutui perumaan Mardi Gras -paraatikauden 1979. Poliisien ammattiliitto löi jäsenistönsä keskuudessa vetoa, että lakko samaan aikaan Mardi Gras’n kanssa pakottaisi kaupungin myöntymään moniin heidän vaatimuksiinsa, mutta Morial kieltäytyi antamasta periksi, ja häntä tukivat monien kaupungin karnevaaliryhmien johtajat. New Orleansin krewesit joko peruuttivat paraatinsa tuona vuonna tai siirsivät ne muiden seurakuntien esikaupunkeihin. Tunnusomaista Morialin kovan linjan asenteelle poliisien lakkoilijoita kohtaan oli napoleonmainen ele, jonka hän teki laittamalla kätensä takkinsa sisään ja ottamalla luonteenomaisen nyrkkeilevän poseerauksen ilmoittaessaan peruuttavansa Mardi Gras’n.
Suurin osa Morialin saavutuksista tapahtui hänen ensimmäisellä pormestaruuskaudellaan. Edeltäjänsä Moon Landrieun ponnistelujen pohjalta Morial kaksinkertaisti kaupungin sitoutumisen positiivisiin toimiin kaupungin työntekijöiden palkkaamisessa ja otti käyttöön vähemmistöjen palkkauskiintiöt kaupungin urakoitsijoille. Morialin aikana mustien työntekijöiden osuus kaupungin työvoimasta kasvoi 40 prosentista vuonna 1977 53 prosenttiin vuonna 1985. Morialin hallinnon aikana NOPD:n mustien poliisien määrää lisättiin niin, että he muodostivat kolmanneksen poliisivoimista. Jatkuvat poliisiväkivaltaisuudet – erityisesti neljän mustan surmaaminen Algiersissa vuonna 1980 – vahingoittivat kuitenkin Morialin mainetta mustien keskuudessa.
Morial oli vastuussa liittovaltion Urban Development Action Grant (UDAG) -rahoituksen saamisesta useille suurille hankkeille, mukaan lukien Canal Place ja Jax Brewery -rakennuskohde French Quarterissa. Hän jatkoi edellisen pormestarin Moon Landrieun matkailupainotuksen tukemista ja yritti monipuolistaa taloutta kehittämällä Almonaster-Michoudin teollisuusaluetta New Orleansin itäosassa, jota nykyään kutsutaan New Orleans Regional Business Parkiksi. New Orleansin keskusta koki vaikuttavan rakennusbuumin, ja sinne rakennettiin useita toimistotorneja, joihin sijoitettiin Freeport-McMoRanin, Pan American Life Insurance -yhtiön, Exxonin, Chevronin, Gulf Oilin, Amocon, Mobilin, Murphy Oilin ja Texacon kaltaisten yhtiöiden pääkonttorit tai suuret aluetoimistot. 1980-luvun puoliväliin mennessä nämä yritykset ja muut suuret työnantajat, kuten Royal Dutch Shell, Louisiana Land and Exploration ja McDermott International, työllistivät keskustassa tuhansia valkokaulustyöläisiä ja tuhansia muita, jotka tarjosivat niille palveluja. Monien eri tekijöiden, kuten öljykatastrofin (1986), yritysten vääjäämättömien fuusioiden ja supistusten sekä myöhempien hallitusten talouskehitysosastojen vähemmän tehokkaan tuen vuoksi yksikään näistä yrityksistä tai niiden seuraajista ei ole nykyään laajalti läsnä New Orleansissa – Shellin ja Pan American Life Insurance -yhtiön lisäksi.
Morial voitti toisen kautensa maaliskuussa 1982 järjestetyissä toissijaisissa vaaleissa kollegansa, demokraattien kollegansa Ron Faucheux’n kanssa.Ron Faucheux’n oli nuori, valkoinen demokraattinen edustajainhuoneen jäsen, joka asuu New Orleans Eastistä. Morial voitti 100 703 ääntä (53,2 prosenttia) Faucheux’n 88 583 ääntä (46,8 prosenttia) vastaan. Faucheux’sta tuli myöhemmin kansallisesti tunnettu poliittinen konsultti ja asiantuntija.
Morialin toisella kaudella kaupungin talous oli hidastumassa, ja lisääntyneet ristiriidat kaupunginvaltuuston kanssa johtivat siihen, että Morialin hallinnon kyky hallita tehokkaasti heikkeni. Vuoden 1984 maailmannäyttely, joka järjestettiin Morialin toisen kauden puolivälissä, oli nolo taloudellinen möhläys, johon suhtauduttiin kielteisesti kansallisesti. Maailmannäyttely teki konkurssin, kun se oli vielä toiminnassa, eikä maksanut monille urakoitsijoille, mikä haavoitti kuolettavasti useita New Orleansissa toimivia suunnittelu- ja rakennusyrityksiä. Yleisemmin maailmannäyttelyn taloudellinen epäonnistuminen horjutti vakavasti yhteisön moraalia ja ennakoi pahaenteisesti vuoden 1986 öljykatastrofin vaikeita aikoja.
Kahden pormestaruuskauden jälkeen Morialia esti kaupungin peruskirja pyrkimästä kolmannelle kaudelle. Hän yritti kahdesti saada äänestäjät muuttamaan peruskirjaa, jotta hän voisi asettua uudelleen ehdolle, mutta molemmat ehdotukset hävisivät selvästi. Morialin poliittinen voima ei päättynyt hänen lähdettyään kaupungintalolta vuonna 1986. Hän harkitsi asettuvansa uudelleen ehdolle pormestariksi vuoden 1990 vaaleissa, ja hänen äkillinen kuolemansa vuonna 1989 vaalikampanjan aikana vaikutti pormestari Barthelemyn uudelleenvalintaan, sillä Morial kuoli ennen kuin hän ehti tukea vastustajaansa.