Merkkiteoria asetetaan usein vastakkain prototyyppiteorian kanssa, jossa ehdotetaan toista luokittelumenetelmää. Käytämme sekä malli- että prototyyppimenetelmää tehdessämme kategoriapäätelmiä, ja ne toimivat usein yhdessä tuottaakseen mahdollisimman tarkan johtopäätöksen. Viime aikoina sekä prototyyppeihin että esimerkkeihin perustuvien esitysten ja kategorisoinnin omaksuminen on toteutettu kognitiivisesti inspiroituneessa keinotekoisessa järjestelmässä nimeltä DUAL PECCS (Dual Prototypes and Exemplars based Conceptual Categorization System), joka tämän integraation ansiosta on laajentanut klassisten kategorisointimallien kategorisointikykyä. Nämä kaksi teoriaa ovat samankaltaisia siinä, että ne korostavat samankaltaisuuden merkitystä kategorisoinnissa: vain muistuttamalla prototyyppiä tai esimerkkiä voidaan uusi ärsyke sijoittaa kategoriaan. Molemmat perustuvat myös samaan yleiseen kognitiiviseen prosessiin: koemme uuden ärsykkeen, muistissa oleva käsite käynnistyy, teemme samankaltaisuusarvion ja teemme kategorisointipäätelmän. Näiden kahden teorian erityispiirteet ovat kuitenkin erilaiset. Prototyyppiteorian mukaan uutta ärsykettä verrataan kategorian yhteen prototyyppiin, kun taas esimerkkiteorian mukaan uutta ärsykettä verrataan kategorian useisiin tunnettuihin esimerkkeihin. Prototyyppi on abstrakti keskiarvo kategorian jäsenistä, kun taas esimerkki on muistista poimittu todellinen kategorian jäsen. Vaikka prototyypit ovat taloudellisia – eli ne edistävät nopeaa arviointia – esimerkit eivät ole yhtä taloudellisia. Toisaalta prototyypit eivät ole yhtä joustavia kuin esikuvat: esikuvat voivat helpommin selittää epätyypilliset kategorian jäsenet, kuten pingviinin kuulumisen ”lintu”-kategoriaan, koska esikuvassa ei keskiarvoisteta kategorian ominaisuuksia kuten prototyypissä. Esimerkit pystyvät ymmärtämään vaihtelevia kategorioita – kategorioita, joilla on vähemmän erottuvia ominaisuuksia, kuten ”pelit” – paljon paremmin kuin prototyypit, jotka perustuvat tyypillisiin ominaisuuksiin jäsenyyden määrittämiseksi. Toinen ero, johon tutkimukset viittaavat, on se, että esimerkkejä käytetään todennäköisemmin kuin prototyyppejä sen jälkeen, kun käsitteestä on saatu pitkä kokemus.
Kategorisointiprosessia, jossa tunnistetaan, minkä tyyppinen eläin koira on, voidaan käyttää esimerkkinä esimerkkiteorian käytöstä. Kaikki koiran piirteet otettaisiin huomioon ja niitä verrattaisiin erikseen muihin eläimiin, joita yksilö on kohdannut aiemmin. Yksilö päättelisi lopulta, että eläin on koira, koska sillä on kaikki koiran esimerkkiin aiemmin liitetyt piirteet. Yksilö voisi päätyä tähän johtopäätökseen prototyyppiteorian avulla, jos koira olisi keskivertokoira, mutta mitä tapahtuu, jos koiralla on vain kolme jalkaa eikä se hauku? Tällöin prototyyppiteoria ei ehkä antaisi yksilön päätellä, että eläin on koira, koska sillä ei ole prototyyppisiä piirteitä, mutta esimerkkiteoria ottaisi huomioon aiemmat esimerkit koirista, jotka eivät hauku, tai koirista, joilla on vammoja ja joista siksi puuttuu raajoja. Esimerkkipohjaiset kategorisointimenetelmät käyvät huolellisesti läpi kaikki kohdatut esimerkit tietyssä kategoriassa, jotta kategorisointi olisi tarkkaa.
Esimerkkiteorian tarkkuudesta kategorisoinnissa on esitetty ristiriitaisia väitteitä, kun sitä verrataan prototyyppiteoriaan. Esimerkiksi eräässä Arizonan valtionyliopistossa tehdyssä tutkimuksessa päädyttiin siihen, että esimerkkiteoria on tarkin minimaalisella kategoriakokemuksella ja kokemuksen kehittyessä prototyyppiteoria on tarkempi. Eräässä toisessa tutkimuksessa on kuitenkin saatu näyttöä siitä, että esimerkkipohjainen lähestymistapa on tarkempi, kun kategoria tulee tutummaksi, koska kategorian jäsenten tietämys on suurempi kuin mitä yksi prototyyppi voi edustaa. On selvää, että joissakin tilanteissa esimerkkipohjainen lähestymistapa on kaikkein tarkin ja toisissa tilanteissa se ei välttämättä ole kaikkein tarkin. Tästä huolimatta on ilmeistä, että aivot käyttävät jokapäiväisessä elämässä luonnollisesti kategorisointitapojen yhdistelmää.
Oregonin yliopistossa tehdyssä tutkimuksessa havaittiin, että prototyyppiset keskiarvot unohtuvat todennäköisemmin kuin monet erityiset esimerkit. Pelkkiin prototyyppeihin tukeutuminen ei mahdollista riittävää harkintaa, kun taas pelkkiin esimerkkeihin tukeutuminen voi olla tehotonta. Esimerkkiteoria on joustavampi kuin prototyyppiteoria mutta vähemmän taloudellinen, näiden kahden yhdistelmä tasapainottaa joustavuuden ja tehokkuuden. Kokemus erilaisista esimerkeistä keskiarvoistuu jatkuvasti muuttuvaksi, tarkemmaksi prototyypiksi – kyse ei ole siitä, että esimerkkiteoria ja prototyyppiteoria kilpailisivat toisiaan vastaan, vaan siitä, että ne toimivat yhdessä, rinnakkain.