Kansainväliset tarkkailijat pitivät vuoden 1999 presidentin- ja parlamenttivaaleja vapaina ja oikeudenmukaisina. Naisten ja alkuperäiskansojen äänestäjien osallistuminen oli suurempaa kuin lähimenneisyydessä, vaikka äänestyspaikkojen saavutettavuus maaseutualueilla herätti edelleen huolta.
Alfonso Portillon murskavoitto yhdistettynä Guatemalan tasavaltalaisrintaman (FRG) enemmistöön kongressissa antoi viitteitä mahdollisuuksista nopeaan lainsäädäntötyöhön. Guatemalan vuoden 1985 perustuslain mukaan monenlaisten lakien hyväksyminen edellyttää kuitenkin kahden kolmasosan ääntä. Tällaisen lainsäädännön läpimeno ei siis ole mahdollista pelkästään FRG:n äänillä.
Poliittinen tasapaino järkkyi vuonna 2000, kun esiin nousi väitteitä, joiden mukaan FRG olisi laittomasti muuttanut lainsäädäntöä. Tutkinnan jälkeen korkein oikeus riisti asianosaisilta, myös kongressin puheenjohtajalta ja FRG:n johtajalta Ríos Monttilta, lainsäädännöllisen koskemattomuuden, jotta he joutuisivat vastaamaan syytteisiin asiassa. Suunnilleen samaan aikaan PAN-oppositio kärsi sisäisestä hajaannuksesta ja hajosi ryhmittymiin; sama tapahtui myös ANN:ssä. Tämän seurauksena rauhan täytäntöönpanon kannalta olennaiset uudistukset odottavat lainsäädäntötoimia.
Uudet ihmisoikeusrikkomustapaukset vähenivät edelleen, vaikka ihmisoikeustyöntekijöiden väkivaltainen häirintä muodosti vakavan haasteen hallituksen auktoriteetille. Toinen vakava haaste on yleinen rikollisuus, jota pahentaa väkivallan ja omankädenoikeuden perintö. Rankaisematta jättäminen on edelleen suuri ongelma pääasiassa siksi, että demokraattiset instituutiot, mukaan lukien oikeushallinnosta vastaavat instituutiot, ovat kehittäneet vain rajalliset valmiudet selviytyä tästä perinnöstä. Hallitus on ilmoittanut, että se tarvitsee vuoteen 2002 asti, jotta se voi saavuttaa tavoitteensa nostaa verorasitus (noin 10 prosenttia BKT:stä, joka on tällä hetkellä alueen alhaisin) 12 prosenttiin BKT:stä.
Presidenttikilpailun aikana FRG järjesti tapahtuman, joka myöhemmin tunnettiin nimellä Musta torstai (Jueves negro). FRG organisoi partisaanejaan maalta ja toi heidät kaupunkiin. FRG antoi heille kuljetuksen, ruokaa, yömajan ja metrin pituiset kepit. Näillä kepeillä osallistujat juoksivat kaduilla ja tuhosivat julkista infrastruktuuria. Tämän päivän aikana Prensa Libren (johtava sanomalehti) toimittaja sai surmansa.
Tiedotusvälineet, joilla on perinteisesti ollut tapana olla riippumattomia ja vapaita, ottivat asian hyvin henkilökohtaisesti, ja seuraavan kuukauden ajan jokainen otsikko käsitteli näitä tapahtumia ja hallitsevan puolueen osallistumista tähän terroripäivään. FRG protestoi TSE:n (korkeimman vaalilautakunnan) päätöstä kieltää FRG:n ehdokkaan Efrain Rios Montin osallistuminen kilpailuun. TSE väitti, että virallisena vallankaappaajana perustuslaki kielsi häntä pääsemästä koskaan presidentiksi. FRG väitti, että koska tapahtumat, joihin entinen kenraali osallistui ennen perustuslain voimaantuloa, hän oli oikeutettu presidentin virkaan. Maalaisjärki väitti, että jos tällainen lauseke ei olisi luonteeltaan taannehtiva, sillä ei olisi mitään merkitystä.
Koska vuonna 2004 Óscar Berger GANA-puolueesta (joka on pikemminkin poliittisten puolueiden koalitio kuin yksittäinen puolue) voitti vaalit, on tärkeää huomata, että kyseessä oli demokraattisen Guatemalan historian ensimmäinen hallitus, jolla ei ollut ylivoimaista enemmistöä kongressissa. Tammikuussa 2004 tapahtuneen virkaanastumisen jälkeen tuli julkisuuteen, että FRG oli penkonut hallitusta ja varastanut jopa tietokonelaitteita ja historiallisesti merkittäviä esineitä. Alfonso Portillo pakeni Meksikoon mukanaan vaikuttava määrä sotilasvaroista, kansallisesta sairaalasta ja verovirastosta varastettua rahaa. Guatemala esitti virallisen pyynnön Portillon karkottamiseksi vastaamaan syytteisiin kavalluksesta, mutta Meksiko ei ole koskaan peruuttanut diplomaattista turvapaikkaa, kun se on kerran myönnetty henkilölle.
Vaikka perustuslaissa ei sanota mitään asiasta, varapresidentti johtaa hallitusta kuin pääministeri, kun taas presidentti käsittelee ulkoisia asioita, ja tämä näkyy säännöllisesti, sillä varapresidentti toimii presidentin sijaisena monissa tilaisuuksissa, joissa perinteisesti tasavallan presidentti toimii puheenjohtajana.
Rikollisuus on saavuttanut huikeat mittasuhteet: noin 200 murhaa kuukaudessa, ja se alkaa vaikuttaa talouteen, sillä monet yritykset lähtevät mieluummin maasta kuin kohtaavat kasvavan korruption ja turvattomuuden. Yksi merkittävä ongelma on jatkuva jengisota M18:n (Mara Dieciocho) ja MS:n (Mara Salvatrucha) välillä. Kyseessä on kaksi kilpailevaa katujengiä, jotka koostuvat löyhästi toisiinsa kytköksissä olevista kansainvälisistä franchising-organisaatioista, joilla on 1930-luvun Yhdysvaltain mafian kaltaista valtaa ja jotka ovat tällä hetkellä lain ulottumattomissa. Ne pitävät hallussaan alueita ja kiristävät niiltä ”veroja” (la renta).
Ne eivät vielä osallistu korkean tason järjestäytyneeseen ihmiskauppaan. Tämä ala kuuluu Guatemalan järjestäytyneen rikollisuuden eri luokkaan, ja meksikolaiset salakuljettajat ja Guatemalan korkea-arvoiset poliisiviranomaiset nousevat säännöllisesti otsikoihin jäätyään kiinni satojen kilojen kokaiinin kanssa.
Mara-ilmiö sai alkunsa Yhdysvalloissa 1980-luvulla, erityisesti Los Angelesissa, El Salvadorin ja Guatemalan sisällissotia pakenevien pakolaisten keskuudessa. Myöhemmin monet marojen jäsenet karkotettiin Yhdysvalloista lähtömaihinsa, ja 1990-luvulla tämä on edistänyt näiden kahden jengin leviämistä Yhdysvaltoihin, Meksikoon, El Salvadoriin, Guatemalaan, Hondurasiin ja jopa Italiaan ja Espanjaan. Guatemala Cityssä on vyöhyke, ”El Gallito”, joka on tunnustetusti hallituksen valvonnan ulkopuolella, ja se kuuluu siellä asuville huumepartioille. Barrio ”El Gallito” sijaitsee vyöhykkeellä 3, kahden kilometrin päässä Kansallispalatsista, jossa hallituksen toimistot sijaitsevat.
Huumekauppa on saavuttanut Guatemalassa huikeat mittasuhteet, ja korruptio ulottuu monien hallinnonalojen korkeimpiin asemiin. Erilaiset huumemafiat kilpailevat Peténin syrjäisten pohjoisten viidakkoalueiden hallinnasta, jossa huumeet, aseet ja ihmiset ylittävät rajan Meksikoon, useimmiten Yhdysvaltoihin. Huumekauppa on epäilemättä suurin uhka poliittiselle vapaudelle Guatemalassa tällä hetkellä.
Guatemalaa vaivaavat lynkkaukset, jotka rikkovat vakavasti maan ihmisoikeusrekisteriä, koska ne rikkovat oikeudenmukaista oikeudenkäyntiä.
Bergerin hallintoa on joissakin piireissä ylistetty sen työstä hallinnon hajauttamisen hyväksi. Guatemala on aina ollut vahvasti keskitetty valtio, ja hallinto pyrki pysäyttämään pääkaupungin kasvavan ylivallan. Hallinto on esimerkiksi ottanut käyttöön liikkuvia kabinetteja, joissa presidentti ja kaikki hänen ministerinsä kiertävät maata ja vaihtavat vallan sijaintia aina silloin tällöin ollakseen ”lähempänä kansaa”.
Hallinnolla on kasvavia taloudellisia vaikeuksia, jotka saattavat osittain johtua siitä, että 60 prosenttia väestöstä katsotaan ”köyhiksi” ja siksi he eivät ole oikeutettuja verotukseen. SAT (superintendence of tributary administration), verovirasto, on siis velvollinen verottamaan keskiluokkaa, joka alkaa kärsiä taakan alla. SAT on ryhtynyt soveltamaan lakia tiukasti ja vaatii veronkierrosta täydet vankeusrangaistukset.
Syyskuussa 2006 PNC (kansallinen siviilipoliisi) valloitti yhdessä armeijan kanssa Pavonin vankilan, jossa oli 1 500 vankia ja jota ei siihen mennessä ollut takavarikoitu 10 vuoteen ja joka oli rikollisen toiminnan keskus. Jotkut vangit, vankilaa johtaneen mafioson johtajan vartija ja johtaja itse vastustivat lainvalvontaviranomaisten hyökkäystä AK-47:n ja käsiaseiden kanssa, ja heidät teurastettiin. Operaatioon osallistui noin 3 000 jalkaväkeä ja 4 panssarivaunua. Tämä oli virstanpylväs Guatemalan historiassa, ja se nousi valtakunnallisiin otsikoihin.
2006 GANA hajotettiin vuoden 2007 vaaleja silmällä pitäen. Se hajosi moniin puolueisiin, mikä vahingoitti hallituksen kykyä saada lainsäädäntöä läpi kongressissa.
Marraskuussa 2007 pidetyissä presidentinvaalien toisella kierroksella UNE:n Álvaro Colom valittiin presidentiksi kukistaen PP:n ex-kenraali Otto Perez Molinan. Ja vuonna 2011 Isänmaallisen puolueen eläkkeellä oleva kenraali Otto Pérez Molina voitti presidentinvaalit toisesta kierroksesta LIDER-puolueen populistia Manuel Baldizónia vastaan. Pérez Molina astui virkaansa 14. tammikuuta 2012, ja hänen varapresidenttinään toimii Roxana Baldetti.