Jan Baptista van Helmont syntyi aatelissukuun Brysselissä tammikuussa 1579. Hän opiskeli klassisia aineita Louvainin yliopistossa vuoteen 1594 asti, mutta ei ottanut vastaan tutkintoa, koska piti akateemisia kunnianosoituksia pelkkänä turhamaisuutena. Hän opiskeli myös magian ja mystisen filosofian näkökohtia kursseilla, joita jesuiittaopettajat pitivät hiljattain perustamassaan Louvainin koulussa, ja sitten hän kääntyi sellaisten mystisten hengellisten kirjailijoiden kuin Thomas à Kempisin opiskeluun. Tyytymättömänä kaikkiin näihin opintoihin hän kääntyi lääketieteen puoleen. Uudessa tehtävässään häntä innoitti uskonnollinen innostus ja halu palvella yhteiskuntaa.
Saatuaan toimiluvan Van Helmont kutsuttiin luennoimaan kirurgiasta Louvainin yliopistoon. Hän sairastui kuitenkin syyhyyn ja totesi ortodoksisen hoidon kovilla puhdistusaineilla heikentäväksi ja tehottomaksi. Hän parani lopulta Paracelsian mineraalilääkkeillä, mutta sillä välin Van Helmont, joka oli pettynyt silloiseen lääketieteeseen, hylkäsi lääkärinuransa ja matkusti 10 vuoden ajan halki Euroopan. Hän meni naimisiin varakkaan aatelisnaisen, Margaret van Ranstin, kanssa vuonna 1609 ja asettui Vilvorden kartanolle Brysselin lähelle omistautuakseen kemialliselle filosofialle.
Jeesuiittia vastaan suunnatun magneettista haavojen parantamista käsittelevän tutkielmansa julkaisemisen jälkeen Van Helmont joutui inkvisition tietoon. Häntä vastaan nostettiin syyte, ja tämä tapaus varjosti hänen loppuelämäänsä, joka päättyi 30. joulukuuta 1644; hänet vapautettiin vasta kaksi vuotta kuolemansa jälkeen. Tämä seikka sai hänet mahdollisesti epäröimään paljoa julkaisemista elinaikanaan. Hänen poikansa Franciscus Mercurius julkaisi hänen kirjoituksensa postuumisti vuonna 1648 otsikolla Ortus medicinae (Lääketieteen alkulähteet).
Van Helmont eli juuri sinä 1600-luvun aikakautena, jolloin havainnointiin ja kokeisiin perustuvaa modernia tieteellistä menetelmää oltiin takomassa, mutta vielä tiedettä ei tunnistettu yksiselitteisesti eikä yksinomaan tähän lähestymistapaan. Van Helmontille tieto oli Jumalan jumalallinen lahja: ei ollut olemassa yhtä ainoaa tapaa ymmärtää luomakuntaa; ihmisen oli hyödynnettävä kaikkia Jumalan hänelle antamia keinoja, mukaan lukien pyhien kirjoitusten tutkiminen, rukous, mietiskely, mystinen valaistuminen ja luonnon suora havainnointi. Useimpien parakelsialaisten tavoin Van Helmont suhtautui epäluuloisesti keskiajan skolastisten filosofien käyttämään dialektiseen päättelytapaan ja kreikkalaisten luonnonfilosofiaan. Kokemus, sekä mystinen että empiirinen, oli tie tietoon, ei verbaalinen päättely.