Manassas ja ensimmäiset erimielisyydet presidentti Davisin kanssaEdit
Kun hänen kotiosavaltionsa Virginia erosi unionista vuonna 1861, Johnston erosi prikaatikenraalin virasta vakinaisessa armeijassa, korkea-arvoisimpana Yhdysvaltain armeijan upseerina. Hän jatkoi toteamalla: ”Uskoin useimpien muiden tavoin, että maan jakautuminen olisi pysyvää ja että … aloitettu vallankumous oli oikeutettu amerikkalaisten niin usein toistamien periaatteiden perusteella, joiden mukaan vapaa hallinto perustuu hallittujen suostumukseen ja että jokaisella yhteisöllä, joka on tarpeeksi vahva vakiinnuttamaan ja säilyttämään itsenäisyytensä, on oikeus puolustaa sitä.” Johnston sanoi, että hänellä oli oikeus puolustaa itsenäisyyttään. Koska minut oli kasvatettu tällaisiin mielipiteisiin, olin luonnollisesti päättänyt palata siihen osavaltioon, josta olin kotoisin, liittyä siihen kansaan, jonka keskuudessa olin syntynyt, ja elää sukulaisteni kanssa ja tarvittaessa taistella heidän puolustuksessaan.”
Alun perin hänet nimitettiin Virginian miliisin kenraalimajuriksi 4. toukokuuta, mutta Virginian konventti päätti kaksi viikkoa myöhemmin, että osavaltion armeijaan tarvittiin vain yksi kenraalimajuri, ja heidän valintansa oli Robert E. Lee. Johnstonille tarjottiin tämän jälkeen osavaltion komennusta prikaatikenraaliksi, josta hän kieltäytyi ja otti sen sijaan vastaan komennuksen prikaatikenraaliksi Konfederaation armeijaan 14. toukokuuta. Johnston vapautti eversti Thomas J. ”Stonewall” Jacksonin komennosta Harpers Ferryssä toukokuussa ja organisoi Shenandoahin armeijan heinäkuussa.
Bull Runin ensimmäisessä taistelussa (First Manassas) 21. heinäkuuta 1861 Johnston siirsi nopeasti pienen armeijansa Shenandoahin laaksosta vahvistamaan prikaatinkenraalin armeijan. kenraali P. G. T. Beauregardia, mutta häneltä puuttui maaston tuntemus, ja hän luovutti taistelun taktisen suunnittelun ammattimaisesta kohteliaisuudesta nuoremmalle Beauregardille. Keskipäivällä, kun Beauregard oli vielä epätietoinen siitä, mihin suuntaan unionin vastustaja oli taistelun aikana menossa, Johnston päätti, että kriittinen kohta oli hänen päämajaansa (Lewisin talo, ”Portici”) pohjoispuolella, Henry House Hillillä. Hän ilmoitti äkkiä: ”Taistelu on siellä. Minä menen sinne.” Beauregard ja molempien kenraalien esikunnat seurasivat hänen esimerkkiään ja ratsastivat pois. Johnston kohtasi hajallaan olleen 4. Alabaman joukon, jonka kaikki kenttäupseerit olivat saaneet surmansa, ja keräsi henkilökohtaisesti miehet vahvistamaan konfederaation linjaa. Hän lohdutti epätoivoista prikaatikenraali Barnard Beetä ja kehotti tätä johtamaan miehensä takaisin taisteluun. (Kenraali Been kehotus miehilleen oli inspiraationa Stonewall Jacksonin lempinimelle.) Beauregard sai sitten Johnstonin vakuuttuneeksi siitä, että hän olisi arvokkaampi järjestelemällä vahvistusten saapumista taistelun loppuajaksi kuin antamalla rintamalla taktista johtajuutta. Vaikka Beauregard sai valtaosan julkisesta kunniasta, Johnstonin rooli kulissien takana oli ratkaiseva tekijä etelävaltioiden voitossa. Bull Runin jälkeen Johnston avusti Beauregardia ja William Porcher Milesia konfederaation taistelulipun suunnittelussa ja valmistuksessa. Johnstonin ideana oli tehdä lipusta neliönmuotoinen.
-Johnstonin kirje Jefferson Davisille, 12. syyskuuta 1861
Elokuussa Johnston ylennettiin täysivaltaiseksi kenraaliksi – mitä nykyaikaisessa Yhdysvaltain armeijassa kutsutaan neljän tähden kenraaliksi – mutta hän ei ollut mielissään siitä, että kolme muuta miestä, jotka olivat olleet hänen arvoasteikossaan korkeammalla ”vanhassa armeijassa”, olivat nyt hänen arvoasteikossaan korkeammalla kuin hän itse, vaikkakin Davis oli ajantasaistanut hänen ylennyksensä 4. heinäkuuta. Johnston oli sitä mieltä, että koska hän oli vanhin upseeri, joka jätti Yhdysvaltain armeijan ja liittyi Konfederaatioon, häntä ei pitäisi asettaa Samuel Cooperin, Albert Sidney Johnstonin ja Robert E. Leen taakse. Vain Beauregard sijoitettiin Johnstonin taakse viiden uuden kenraalin listalla. Tämä johti Johnstonin ja Jefferson Davisin välille paljon pahaa verta, joka kesti koko sodan ajan. Davisin vasta-argumentin ydin oli se, että Johnstonin Yhdysvaltain prikaatikenraalin arvonimi oli esikuntaupseeri ja että hänen korkein virkanimikkeensä oli everstiluutnantti; sekä Sidney Johnston että Lee olivat olleet everstejä. Johnston lähetti hillittömästi muotoillun kirjeen Davisille, joka loukkaantui sen verran, että keskusteli sen sävystä kabinettinsa kanssa.
Johnston asetettiin Potomacin osaston ja Potomacin konfederaation armeijan komentajaksi 21. heinäkuuta 1861 ja Pohjois-Virginian osaston komentajaksi 22. lokakuuta. Heinäkuusta marraskuuhun 1861 hänen päämajanaan oli Conner House Manassasissa. Talvi 1861-62 oli suhteellisen hiljainen Johnstonille Centrevillen päämajassaan, jossa hän oli huolissaan lähinnä organisaatioon ja varusteisiin liittyvistä kysymyksistä, sillä pohjoisen pääarmeijaa, jota myös nimitettiin Potomacin armeijaksi (Army of the Potomac), oli järjestämässä George B. McClellan. McClellan piti Johnstonin armeijaa ylivoimaisen vahvana linnoituksissaan, mikä sai unionin kenraalin suunnittelemaan amfibioliikettä Johnstonin sivustan ympärille. Maaliskuun alussa, kun Johnston sai tietää unionin hyökkäysvalmisteluista, hän veti armeijansa Culpeper Court Houseen. Tällä liikkeellä oli vaikutuksia molemmille osapuolille. Presidentti Davis oli yllättynyt ja pettynyt ilmoittamattomaan siirtoon, jota hän piti ”hätiköitynä perääntymisenä”. Samoihin aikoihin Davis ryhtyi rajoittamaan Johnstonin valtaa tuomalla Robert E. Leen Richmondiin sotilasneuvonantajakseen ja alkoi antaa suoria käskyjä joillekin Johnstonin näennäisen komennon alaisille joukoille. Pohjoisen puolella McClellan joutui julkisesti nolatuksi, kun kävi ilmi, että konfederaation asema ei ollut ollut läheskään niin vahva kuin hän oli esittänyt. Vielä tärkeämpää oli kuitenkin se, että hän joutui suunnittelemaan keväthyökkäyksensä uudelleen, ja sen sijaan, että hän olisi tehnyt maihinnousun haluamaansa kohteeseen Urbannaan, hän valitsi Virginian niemimaan, James- ja York-jokien välissä sijaitsevan väylän, jota pitkin hän lähestyi Richmondia.
Peninsula CampaignEdit
Kartta Peninsula Campaignista Seven Pinesin taisteluun asti
Huhtikuun alussa 1862, McClellan, joka oli laskenut joukkonsa Fort Monroeen Virginian niemimaan kärjessä, alkoi siirtyä hitaasti kohti Yorktownia. Johnstonin suunnitelma konfederaation pääkaupungin puolustamiseksi oli kiistanalainen. Koska Johnston tiesi, että hänen armeijansa oli puolet McClellanin armeijaa pienempi ja että unionin laivasto voisi antaa McClellanille suoraa tukea kummaltakin joelta, hän pyrki vakuuttamaan Davisin ja Leen siitä, että paras keino olisi keskittää linnoitukset Richmondin ympärille. Hän ei onnistunut vakuuttamaan heitä ja sijoitti suurimman osan joukoistaan niemimaalle. McClellanin Yorktownissa tekemien pitkällisten piiritysvalmistelujen jälkeen Johnston vetäytyi ja kävi jyrkän puolustustaistelun Williamsburgissa (5. toukokuuta) ja torjui amfibisen kääntöyrityksen Eltham’s Landingissa (7. toukokuuta). Toukokuun loppuun mennessä unionin armeija oli kuuden mailin päässä Richmondista.
Toteuttaessaan, ettei hän voinut ikuisesti puolustaa Richmondia unionin ylivoimaiselta joukolta ja raskaalta piiritystykistöltä ja että McClellanin armeijaa jakoi sateiden paisuttama Chickahominy-joki, Johnston hyökkäsi joen eteläpuolella 31. toukokuuta Seitsemän männyn taistelussa eli Seven Pinesin tai Fair Oaksin taistelussa. Hänen suunnitelmansa oli aggressiivinen, mutta liian monimutkainen, jotta hänen alaisensa pystyisivät toteuttamaan sen oikein, eikä hän onnistunut varmistamaan, että alaiset ymmärsivät hänen käskynsä yksityiskohtaisesti tai valvoivat niitä tarkasti. Taistelu oli taktisesti tulokseton, mutta se pysäytti McClellanin etenemisen kaupunkiin, ja siitä tulisi hänen maihinnousunsa kohokohta. Merkittävämpää oli kuitenkin se, että Johnston haavoittui olkapäähänsä ja rintaansa tykistön kranaatin sirpaleesta lähellä taistelun ensimmäisen päivän loppua. G.W. Smith komensi armeijaa taistelun toisen päivän ajan, ennen kuin Davis luovutti komennon nopeasti aggressiivisemmalle Robert E. Leelle, joka johti Pohjois-Virginian armeijaa koko loppusodan ajan. Lee aloitti ajamalla McClellanin pois niemimaalta kesäkuun lopun Seitsemän päivän taisteluissa ja lyömällä unionin armeijan toisen kerran Bull Runin lähellä elokuussa.
Nimitys läntisen teatterin ja Vicksburgin komentajaksiMuutos
Johnston kotiutettiin ennenaikaisesti sairaalasta 24. marraskuuta 1862, ja hänet nimitettiin läntisen teatterin tärkeimmäksi komentajaksi läntisen teatterin länsiosaston komentajaksi, jolloin hän sai nimellisesti komentoonsa kenraali Braxton Braggin Tennesseen armeijakunnan ja kenraaliluutnantti John C. Pembertonin Mississippin ja itä-Louisianan departementin. (Toinen merkittävä joukko tällä alueella oli Trans-Mississippin osasto, jota komensi kenraaliluutnantti Theophilus H. Holmes ja joka oli sijoitettu pääasiassa Arkansasiin. Johnston esitti koko toimikautensa ajan, että Holmesin komentokunta olisi yhdistettävä Pembertonin komentokuntaan Johnstonin alaisuudessa tai ainakin vahvistettava Pembertonia Holmesin komentokunnasta peräisin olevilla joukoilla, mutta hän ei kyennyt vakuuttamaan hallitusta ryhtymään kumpaankaan näistä toimista.)
Ensimmäinen asia, joka Johnstonilla oli edessään lännessä, oli Braxton Braggin kohtalo. Konfederaation hallitus oli tyytymätön Braggin suoritukseen Stones Riverin taistelussa, samoin kuin monet Braggin vanhemmista alaisista. Jefferson Davis määräsi Johnstonin vierailemaan Braggin luona ja selvittämään, pitäisikö hänet korvata. Johnston ymmärsi, että jos hän suosittelisi Braggin korvaamista, hän olisi looginen valinta Braggin seuraajaksi, ja hän katsoi, että kenttäarmeijan komentopaikka oli hänen nykyistä, lähinnä hallinnollista virkaansa suotavampi, mutta hänen kunniantuntonsa esti häntä saavuttamasta tätä henkilökohtaista hyötyä Braggin kustannuksella. Haastateltuaan Braggia ja useita tämän alaisia hän laati yleisesti ottaen myönteisen raportin ja kieltäytyi erottamasta armeijan komentajaa. Davis määräsi Braggin Richmondissa pidettävään kokoukseen ja määräsi Johnstonin ottamaan komennon kentällä, mutta Braggin vaimo oli sairas eikä hän voinut matkustaa. Lisäksi huhtikuun alussa Johnston joutui vuoteeseen Peninsulan haavasta johtuvien pitkittyneiden ongelmien vuoksi, ja konfederaation huomio siirtyi Tennesseestä Mississippiin, jolloin Bragg jäi paikalleen.
Suurimpana kriisinä Johnston joutui puolustamaan konfederaation määräysvaltaa Mississippin osavaltiossa sijaitsevassa Vicksburgissa, jota uhkasi unionin maj. kenraali Ulysses S. Grant ensin talven 1862-63 aikana epäonnistuneiden manööverien sarjassa linnoituskaupungin pohjoispuolella, mutta huhtikuussa 1863 seurasi kunnianhimoinen kampanja, joka alkoi Grantin unionin armeijan ylitettyä Mississippi-joen Vicksburgin lounaispuolella. Unionin armeija yllätti kenraaliluutnantti Pembertonin ja kävi useita menestyksekkäitä taisteluita edetessään koilliseen kohti osavaltion pääkaupunkia Jacksonia. Toukokuun 9. päivänä konfederaation sotaministeri määräsi Johnstonin ”siirtymään välittömästi Mississippiin ja ottamaan kentällä olevien joukkojen pääjohdon”. Johnston ilmoitti Richmondille, että hän oli edelleen lääketieteellisesti kykenemätön, mutta noudattaisi käskyä. Kun hän saapui 13. toukokuuta Middle Tennesseestä Jacksoniin, hän sai tietää, että kaksi unionin armeijakuntaa oli etenemässä kaupunkiin ja että sen puolustamiseen oli käytettävissä vain noin 6 000 sotilasta. Johnston määräsi taisteluevakuoinnin (Jacksonin taistelu 14. toukokuuta) ja vetäytyi joukkoineen pohjoiseen. Grant valtasi kaupungin ja kääntyi sitten länteen lähestyäkseen Vicksburgia.
Johnston alkoi siirtää joukkojaan länteen liittyäkseen Pembertonin seuraan, kun hän kuuli tämän kenraalin tappiosta Champion Hillillä (16. toukokuuta) ja Big Black River Bridgellä (17. toukokuuta). Eloonjääneet vetäytyivät Vicksburgin linnoituksiin. Johnston kehotti Pembertonia välttämään saartamisen hylkäämällä kaupungin ja yhdistämään voimansa Johnstonin joukkojen kanssa, jotka olivat Grantin alakynnessä, mutta Davis oli määrännyt Pembertonin puolustamaan kaupunkia ensisijaisena tavoitteenaan. Grant aloitti kaksi epäonnistunutta hyökkäystä linnoituksia vastaan ja asettui sitten piiritykseen. Piiritetyn kaupungin sotilaat ja siviilit odottivat turhaan, että Johnstonin pienet joukot saapuisivat pelastamaan heidät. Toukokuun loppuun mennessä Johnstonilla oli kasassa noin 24 000 miestä, mutta hän halusi lisää vahvistuksia ennen etenemistä. Hän harkitsi Braggin määräämistä lähettämään nämä vahvistukset, mutta pelkäsi, että tämä voisi johtaa Tennesseen menettämiseen. Hän myös kiisteli presidentti Davisin kanssa siitä, voitiinko hänen Mississippiin lähettämistään käskyistä tulkita, että hänet oli poistettu teatterin komennosta; historioitsija Steven E. Woodworth arvioi, että Johnston ”tarkoituksellisesti tulkitsi käskynsä väärin” paheksuessaan Davisin puuttumista asiaan. Pembertonin armeija antautui 4. heinäkuuta 1863. Yhdessä Port Hudsonin valtauksen kanssa viikkoa myöhemmin Vicksburgin menetys antoi unionille täydellisen määräysvallan Mississippi-joella ja katkaisi Konfederaation kahtia. Presidentti Davis syytti ironisesti strategista tappiota siitä, että ”sisäpuolella ei ollut riittävästi muonaa ja ulkopuolella oli kenraali, joka ei halunnut taistella.”
Johnstonin ja Davisin välit, jotka olivat olleet vaikeat sodan alkupäivistä lähtien, katkeroituivat, kun julkisesti vaihdettiin syytöksiä siitä, kuka oli syyllinen Vicksburgiin. Se, että Johnston ei alun alkaenkaan halunnut tätä teatterin komentopaikkaa, vaikeudet siirtää joukkoja tehokkaasti suorien rautatieyhteyksien puuttumisen ja valtavien etäisyyksien vuoksi, alipäälliköiden avun puute, Pembertonin kieltäytyminen hylkäämästä Vicksburgia, kuten ehdotettiin, ja presidentti Davisin tapa viestiä suoraan Johnstonin alaisille (mikä tarkoitti, ettei Johnston useinkaan ollut tietoinen siitä, mitä oli tekeillä) vaikuttivat osaltaan tähän tappioon. Davis harkitsi Johnstonin erottamista, mutta hän pysyi suosittuna upseerina, ja hänellä oli Richmondissa monia poliittisia liittolaisia, erityisesti senaattori Louis Wigfall. Sen sijaan Braggin armeija irrotettiin Johnstonin komennosta, jolloin hänelle jäivät vain Alabama ja Mississippi.
-Diaristi Mary Chesnut
Vicksburgin kaatuessa unionin kenraalimajuri William S. Rosecrans eteni Tennesseessä Braggia vastaan ja pakotti tämän evakuoimaan Chattanoogan. Bragg saavutti merkittävän voiton Rosecransia vastaan Chickamaugan taistelussa (19.-20. syyskuuta), mutta Ulysses S. Grant kukisti hänet Chattanoogan taisteluissa marraskuussa. Bragg erosi Tennesseen armeijan komennosta ja palasi Richmondiin presidentin sotilasneuvonantajaksi. Davis tarjosi virkaa ylemmälle korpuskomentajalle William J. Hardeelle, joka kieltäytyi siitä. Hän harkitsi P.G.T. Beauregardin, toisen kenraalin, jonka kanssa hänellä oli huonot henkilökohtaiset suhteet, sekä Robert E. Leen. Lee, joka ei halunnut lähteä Virginiasta, suositteli ensin Beauregardia, mutta aisti Davisin epämukavuuden ja vaihtoi suosituksensa Johnstoniin. Pitkän tuskastelun jälkeen Davis nimitti Johnstonin Tennesseen armeijan komentajaksi Daltoniin, Georgian osavaltioon, 27. joulukuuta 1863.
Atlantan kampanja Muokkaa
Antlanan kampanja Daltonista Kennesaw Mountainiin
Kohtaamaan maj. Kenraali William T. Shermanin eteneminen Chattanoogasta Atlantaan keväällä 1864, Johnston suoritti sarjan vetäytymisiä, jotka näyttivät muistuttavan hänen Peninsula-kampanjansa strategiaa. Hän valmisteli toistuvasti vahvoja puolustusasemia vain nähdäkseen Shermanin kiertävän ne asiantuntevilla kääntöliikkeillä, jolloin hän joutui vetäytymään Atlantan suuntaan. Johnston piti armeijansa säilyttämistä tärkeimpänä näkökohtana, ja siksi hän johti hyvin varovaista kampanjaa. Hän käsitteli armeijaansa hyvin, hidasti unionin etenemistä ja aiheutti suurempia tappioita kuin itse kärsi.
Sherman aloitti Atlantan kampanjansa 4. toukokuuta. Johnstonin Tennesseen armeija kävi puolustustaisteluita liittovaltioita vastaan Daltonin lähestymispaikoilla, joka evakuoitiin 13. toukokuuta, vetäytyi sitten 12 mailia etelään Resacaan ja rakensi puolustusasemia. Lyhyen taistelun jälkeen Johnston kuitenkin taipui jälleen Shermanille ja vetäytyi Resacasta 15. toukokuuta. Johnston kokosi konfederaation joukot hyökkäystä varten Cassvilleen. Kun hänen joukkonsa etenivät, hänen oikealle sivustalleen ilmestyi yllättäen tuntemattoman vahvuinen vihollisjoukko. Syntyi kahakka, joka pakotti armeijakunnan komentajan, kenraaliluutnantti John Bell Hoodin, pysäyttämään etenemisen ja sijoittamaan joukkonsa uudelleen uhkaa vastaan. Tämän odottamattoman uhan edessä Johnston hylkäsi hyökkäyksensä ja jatkoi perääntymistään. Toukokuun 20. päivänä he vetäytyivät jälleen kahdeksan mailia etelään Cartersvilleen. Toukokuu 1864 päättyi siihen, että Shermanin joukot yrittivät siirtyä pois rautateiden huoltolinjalta uudella kääntöliikkeellä, mutta juuttuivat konfederaation kiivaaseen puolustukseen New Hope Churchin taistelussa 25. toukokuuta, Pickett’s Millin taistelussa 27. toukokuuta ja Dallasin taistelussa 28. toukokuuta.
Kesäkuussa Shermanin joukot jatkoivat manöövereitä Atlantan pohjoisten lähestymistapojen ympärillä, ja Kolb’s Farmilla käytiin taistelu 22. kesäkuuta, jota seurasi Shermanin ensimmäinen (ja ainoa) yritys massiiviseen rintamahyökkäykseen Kennesaw Mountainin taistelussa 27. kesäkuuta, jonka Johnston torjui voimakkaasti. Liittovaltion joukot olivat kuitenkin tuolloin 17 mailin päässä Atlantasta ja uhkasivat kaupunkia lännestä ja pohjoisesta. Johnston oli luovuttanut kahdessa kuukaudessa yli 110 mailia vuoristoista ja siten helpommin puolustettavaa aluetta, ja liittovaltion hallitus turhautui ja huolestui yhä enemmän. Kun Johnston vetäytyi Chattahoochee-joen yli, joka oli viimeinen merkittävä este ennen Atlantaa, presidentti Davis menetti kärsivällisyytensä.
Heinäkuun alussa Davis lähetti kenraali Braxton Braggin Atlantaan arvioimaan tilannetta. Useiden tapaamisten jälkeen paikallisten siviilijohtajien ja Johnstonin alaisten kanssa Bragg palasi Richmondiin ja kehotti presidentti Davisia korvaamaan Johnstonin. Davis erotti Johnstonin komennostaan 17. heinäkuuta 1864 aivan Atlantan ulkopuolella. ”Atlantan kohtalon konfederaation näkökulmasta Johnston oli lähes ratkaissut.” Hänen seuraajansa, kenraaliluutnantti Hood, joutui ”lähes mahdottomaan tilanteeseen” puolustamaan Atlantaa, josta hän joutui luopumaan syyskuussa. Davisin päätös Johnstonin erottamisesta oli yksi sodan kiistanalaisimmista.
Pohjois-Carolina ja antautuminen Bennett PlacessaEdit
Johnston matkusti Columbiaan, Etelä-Carolinaan, aloittaakseen käytännössä eläkkeelle jäämisen. Kun liittovaltio kuitenkin huolestui yhä enemmän Shermanin marssista merelle Georgian halki ja sitten pohjoiseen Carolinan läpi, yleisö huusi Johnstonin paluuta. Läntistä teatteria johtanut kenraali P.G.T. Beauregard ei edistynyt juurikaan unionin eteneviä joukkoja vastaan. Jefferson Davisin poliittiset vastustajat, kuten senaattori Louis Wigfall, lisäsivät painostusta kongressissa. Päiväkirjailija Mary Chesnut kirjoitti: ”Luulimme, että tämä oli taistelu itsenäisyyden puolesta. Nyt näyttää siltä, että kyseessä on vain Joe Johnstonin ja Jeff Davisin välinen taistelu.” Tammikuussa 1865 kongressi hyväksyi lain, jolla Robert E. Leelle annettiin ylipäällikön valtuudet ja jossa suositeltiin Johnstonin palauttamista Tennesseen armeijan komentajaksi. Davis nimitti Leen välittömästi tehtävään, mutta kieltäytyi palauttamasta Johnstonia. Pitkässä julkaisemattomassa muistiossa Davis kirjoitti: ”Mielipiteeni kenraali Johnstonin soveltumattomuudesta komentajaksi on kypsynyt hitaasti ja vastoin taipumuksiani niin vakiintuneeksi vakaumukseksi, että minun olisi mahdotonta enää luottaa häneen kenttäarmeijan komentajana.” Varapresidentti Alexander H. Stephens ja 17 senaattoria pyysivät Leetä käyttämään uusia valtuuksiaan Johnstonin nimittämiseksi Davisin ohi, mutta ylipäällikkö kieltäytyi. Sen sijaan hän suositteli nimitystä Davisille.
Vakavista epäilyksistään huolimatta Davis palautti Johnstonin aktiivipalvelukseen 25. helmikuuta 1865. Hänen uuteen komentoonsa kuului kaksi sotilasosastoa: Etelä-Carolinan, Georgian ja Floridan osasto sekä Pohjois-Carolinan ja Etelä-Virginian osasto; jälkimmäisen osaston komentoon hän astui 6. maaliskuuta. Näihin komentokuntiin kuului kolme konfederaation kenttäarmeijaa, mukaan lukien aikoinaan mahtavan Tennesseen armeijan jäänteet, mutta ne olivat armeijoita vain nimellisesti. Tennesseen armeija oli tyhjentynyt pahasti Franklinissa ja Nashvillessä, sillä ei ollut riittävästi tarvikkeita ja ammuksia, eikä miehille ollut maksettu palkkaa kuukausiin; vain noin 6 600 miestä matkusti Etelä-Carolinaan. Johnstonilla oli käytettävissään myös 12 000 miestä William J. Hardeen alaisuudessa, joka oli epäonnistuneesti yrittänyt vastustaa Shermanin etenemistä, Braxton Braggin joukot Wilmingtonissa Pohjois-Carolinassa ja 6 000 ratsuväen miestä Wade Hamptonin alaisuudessa.
Johnston, joka oli pahasti alakynnessä, toivoi yhdistävänsä joukkonsa Robert E. Leen Virginian armeijan osaston kanssa, voittavansa yhdessä Shermanin ja palaavansa sitten Virginiaan hyökätäkseen Ulysses S. Grantia vastaan. Lee kieltäytyi aluksi yhteistyöstä tämän suunnitelman kanssa. (Richmondin kukistuttua huhtikuussa Lee yritti paeta Pohjois-Carolinaan liittyäkseen Johnstonin seuraan, mutta se oli liian myöhäistä). Tunnistaessaan, että Sherman eteni nopeasti, Johnston suunnitteli sitten yhdistävänsä omat pienet armeijansa, jotta hän voisi iskeä kahdessa erillisessä kolonnassa etenevää Shermanin armeijan erillistä osaa vastaan. Maaliskuun 19. päivänä 1865 Johnston onnistui yllättämään Shermanin armeijan vasemman siiven Bentonvillen taistelussa ja saavutti hetken aikaa taktista menestystä, ennen kuin ylivoimainen ylivoima pakotti hänet vetäytymään Raleighiin, Pohjois-Carolinaan. Koska Johnstonin armeija ei kyennyt turvaamaan pääkaupunkia, se vetäytyi Greensboroon.
Genr. Joe Johnston – Currier & Ivesin litografia
Kuultuaan Leen antautumisesta Appomattox Court Housessa 9. huhtikuuta Johnston suostui tapaamaan kenraali Shermanin linjojen välissä Bennett Place -nimisellä pienellä maatilalla lähellä nykyistä Durhamia Pohjois-Carolinassa. Kolmen erillisen neuvottelupäivän (17., 18. ja 26. huhtikuuta 1865) jälkeen (17., 18. ja 26. huhtikuuta 1865) Johnston antautui Tennesseen armeijalle ja kaikille jäljellä oleville konfederaation joukoille, jotka vielä toimivat Pohjois-Carolinassa, Etelä-Carolinassa, Georgiassa ja Floridassa. Kyseessä oli sodan suurin antautuminen, yhteensä 89 270 sotilasta. Presidentti Davis katsoi, että Johnston oli syyllistynyt petokseen luovuttaessaan niin paljon joukkoja, joita ei ollut nimenomaisesti voitettu taistelussa. Johnston päästettiin ehdonalaiseen vapauteen 2. toukokuuta Greensborossa.
Kaiken antautumisen jälkeen Sherman jakoi nälkäisille konfederaatiosotilaille kymmenen päivän ruoka-annokset sekä hevosia ja muuleja ”sadon turvaamiseksi”. Hän määräsi myös jakamaan maissijauhoja ja jauhoja siviileille kaikkialla etelässä. Tämä oli anteliaisuuden teko, jota Johnston ei koskaan unohtaisi; hän kirjoitti Shermanille, että hänen asenteensa ”sovittaa minut siihen, mitä olen aiemmin pitänyt elämäni onnettomuutena, nimittäin siihen, että jouduin kohtaamaan sinut kentällä.”