Luokittelu Lykofyyttien laajimmassa rajauksessa ryhmään kuuluvat sukupuuttoon kuolleet zosterofyllit sekä nykyiset (elävät) lykofyytit ja niiden lähimmät sukupuuttoon kuolleet sukulaiset. Tästä ryhmästä käytetyt nimet ja luokitukset vaihtelevat huomattavasti. Joissakin lähteissä käytetään nimiä ”Lycopodiophyta” tai lyhyempää nimitystä ”Lycophyta” sisältäen zosterofyllit sekä elävät lykofyllit ja niiden lähimmät sukupuuttoon kuolleet sukulaiset, kun taas toiset käyttävät näitä nimiä sulkemalla zosterofyllit pois. Myös nimeä ”Lycopodiophytina” on käytetty kattavassa merkityksessä. Englanninkieliset nimet, kuten ”lycophyte”, ”lycopodiophyte” tai ”lycopod”, ovat yhtä moniselitteisiä, ja ne voivat viitata laajasti määriteltyyn ryhmään tai vain olemassa oleviin lykofyytteihin ja niiden lähimpiin sukupuuttoon kuolleisiin sukulaisiin. Pteridophyte Phylogeny Group -luokituksen vuonna 2016 tuottaman konsensusluokituksen (PPG I) mukaan kaikki olemassa olevat (elävät) lykofyytit kuuluvat luokkaan Lycopodiopsida. Tällaisia lajeja on noin 1290-11340. Lisätietoja olemassa olevien lykofyyttien luokittelusta on osoitteessa .
Fylogenia Kenrick ja Crane julkaisivat vuonna 1997 merkittävän kladistisen tutkimuksen maakasveista. Vuonna 2004 Crane et al. julkaisivat joitakin yksinkertaistettuja kladogrammeja, jotka perustuvat joihinkin Kenrickin ja Cranen (1997) kuvioihin. Heidän lykofyyttejä koskeva kladogramminsa on jäljennetty jäljempänä (joitakin haaroja on tiivistetty ”perusryhmiksi” kaavion koon pienentämiseksi). Tämän näkemyksen mukaan ”zosterofyllit” muodostavat parafyleettisen ryhmän, joka vaihtelee Hicklingian kaltaisista muodoista, joilla oli paljaat varret, Sawdonian ja Nothian kaltaisiin muotoihin, joiden varret ovat verisuonittomien piikkien tai koteloiden peitossa. Renalia-suku havainnollistaa varhaisten maakasvien luokitteluun liittyviä ongelmia. Sillä on sekä ei-lykofyyttisten rhyniofyyttien – pikemminkin terminaaliset kuin lateraaliset itiöt – että zosterofyyttien – munuaisenmuotoiset itiöt, jotka avautuvat distaalista reunaa pitkin – piirteitä. Melko erilainen näkemys esitetään Haon ja Xuen vuonna 2013 tekemässä analyysissä. Heidän suosimansa kladogrammin mukaan zosterofyllit ja niihin liittyvät suvut ovat sekä lykopodiopsidien että eufyllofyyttien alapuolella, joten muiden kirjoittajien käyttämää lykofyyttien laajasti määriteltyä ryhmää vastaavaa kladia ei ole.
Jotkut sukupuuttoon kuolleet lykofyyttien järjestykset kuuluvat samaan ryhmään kuin nykyiset järjestykset. Eri lähteissä käytetään eri lukumääriä ja nimiä sukupuuttoon kuolleista järjestyksistä. Seuraavassa fylogrammissa esitetään joidenkin ehdotettujen lycopodiopsida-luokkien todennäköinen suhde toisiinsa.
