Freddie Mercury syntyi Farrokh Bulsarana Sansibarilla (nyk. Tansania) 5. syyskuuta 1946. Hänen vanhempansa olivat kotoisin Brittiläisen Intian Bombayn maakunnasta, ja hän vietti suurimman osan lapsuudestaan Intiassa. Hän aloitti pianotunnit seitsemänvuotiaana. Kun hän oli 8-vuotias, hänet lähetettiin opiskelemaan brittiläistyyliseen poikien sisäoppilaitokseen nimeltä St. Peter’s school. Hän perusti koulubändin, The Hecticsin, 12-vuotiaana. Bändi coveroi rock and roll -kappaleita. Mercury oli lapsena suuri länsimaisen popmusiikin ystävä. St. Peterin koulussa ollessaan hän alkoi kutsua itseään Freddieksi. Vuonna 1963 hän muutti takaisin Sansibarille ja vanhempiensa asuntoon. Vuotta myöhemmin Freddie ja hänen perheensä pakenivat Sansibarilta Sansibarin vallankumouksen aikana, jonka aikana tuhansia arabeja ja intialaisia tapettiin. He päätyivät asumaan pieneen taloon Middlesexiin, Englantiin. Mercury aloitti taideopinnot Isleworth Polytechnicissa Länsi-Lontoossa. Hän suoritti taiteen ja graafisen suunnittelun tutkinnon Ealing Art Collegessa.
Fox Photos/Hulton Archive/Getty Images
Valmistuttuaan Mercury liittyi useisiin yhtyeisiin. Tienatakseen rahaa hän myi käytettyjä vaatteita Lontoon Kensingtonin markkinoilla ja työskenteli matkatavaroiden käsittelijänä Heathrow’n lentokentällä. Vuonna 1969 hän liittyi liverpoolilaiseen Ibex-yhtyeeseen. Bändi ei lähtenyt lentoon, ja hän päätyi Sour Milk Tea -nimiseen bändiin, joka myös hajosi vuoden 1970 alkuun mennessä. Huhtikuussa 1970 hän liittyi Brian Mayn ja Roger Taylorin kanssa uuteen yhtyeeseen. Vuonna 1971 John Deacon liittyi bändiin ja Mercury nimesi yhtyeen Queeniksi. Hän muutti tuolloin myös sukunimensä Mercuryksi.
Vuonna 1973 Queen julkaisi ensimmäisen samannimisen albuminsa. Kesti vielä kaksi albumia ennen kuin yhtye sai vetovoimaa fanien keskuudessa. Heidän kolmas levynsä, Sheer Heart Attack, julkaistiin vuonna 1974, ja se sisälsi yhtyeen ensimmäisen hitin ”Killer Queen”. Single nousi Ison-Britannian listakakkoseksi ja Yhdysvaltain listalla sijalle 12.
Mercury osti 1970-luvun alussa Lontoosta 28-huoneisen georgialaisen kartanon nimeltä Garden Lodge 500 000 punnalla. Se on noin 7 miljoonaa dollaria nykypäivän dollareissa. Talon arvo on nykyään ainakin 20 miljoonaa dollaria. Hän jätti talon kuollessaan entiselle tyttöystävälleen Mary Austinille. Austinilla ja Mercurylla oli pitkäaikainen suhde ja he asuivat yhdessä useita vuosia. 70-luvun puolivälissä Mercury aloitti suhteen miespuolisen levy-yhtiön johtajan kanssa. Hän kertoi Austinille seksuaalisuudestaan joulukuussa 1976 ja heidän romanttinen suhteensa päättyi, mutta heidän ystävyytensä säilyi. Mercury oli itse asiassa Austinin Richard-pojan kummisetä. Vuoden 1985 haastattelussa Mercury kommentoi suhdettaan Austiniin sanoen: