Nykyaikainen Montour Fallsin kylä on syntynyt entisen seneca-intiaanikylän, Queanettquagan, paikalle, joka tunnettiin epävirallisesti nimellä Catherine’s Town merkittävän seneca-intiaanien asukkaan ja johtajan, kuningatar Catharine Montourin mukaan. Kuningatar Catharine Montourin isä (Peter Quebec) oli mohawk-päällikkö ja hänen äitinsä (Margaret Montour Hunter) oli oneida-päällikön tytär. Hän avioitui seneca-intiaanipäällikkö Thomas Htitsonin kanssa. Kuningatar Catharine Montourin seneca-heimo kuului irokeesien konfederaatioon. Amerikan itsenäisyyssodan aikana Irokeesien konfederaatioon kuuluvia heimoja vastaan, jotka olivat liittoutuneet Ison-Britannian kanssa, määrättiin kostotoimia. Newtownin, New Yorkin lähellä käyty surullisenkuuluisa taistelu (elokuu 1779) ja Queanettquagan (ja neljänkymmenen muun Finger Lakesin alueen intiaanikylän) tuhonnut marssi tunnetaan nimellä Sullivan-Clintonin retkikunta. Kuningatar Catharine Montourin hirsirakenteisen palatsin polttamisen lisäksi hedelmätarhoja kaadettiin, koteja tuhottiin, karjaa murhattiin ja peltomaata suolattiin. Catharine’s Townin asukkaat hajaantuivat Niagaraan ja Kanadaan asti. Kuningatar Catharine Montourin (s. 1710, kuoli 20. helmikuuta 1804) muistomerkkinä on hautakumpu, joka sijaitsee hänen nimensä mukaisella Catharine Trail -polulla Montour Fallsin kylän rajojen sisäpuolella.
Vuoteen 1788 mennessä alueelle alkoi tulla eurooppalaisia amerikkalaisia asukkaita. Vuonna 1805 alue tunnettiin nimellä Mill’s Landing paikallisen asukkaan George Millsin mukaan. (Läheinen Millportin kylä on nykyään myös nimetty George Millsin mukaan). Vuosi 1802 on varhaisin päivämäärä, jota yleisesti käytetään merkitsemään Montour Fallsin yhteisön alkua – se on vuosi, jolloin George Mills nimitettiin postimestariksi. Arvioiden mukaan vuoden 1802 yhteisössä oli parikymmentä asukasta – eikä kauppoja.
Mills Landingin kautta rakennettiin vuonna 1827 alkanut ja vuonna 1833 valmistunut Chemungin kanava, joka yhdisti Chemung-joen ja sen valuma-alueen Seneca-järveen. Mills Landingista, myöhemmin Havannasta, tulisi kaupallisesti merkittävä, koska se sijaitsi Seneca-järven sisääntuloväylän laivaväylän päässä. Järven pohjoispäässä toinen kanava yhdistettiin Erie-kanavaan, joka johti sekä Suurille järville että Hudson-joelle ja New Yorkin satamaan, mikä lisäsi alueen kauppaa ja kaupankäyntiä. Kylä pysyi itsenäisenä 13. toukokuuta 1836 asti, jolloin se otti virallisesti käyttöön uuden nimen, josta tuli Havana, New York. Havannan kylästä tuli vastaperustetun Schuylerin piirikunnan ensimmäinen piirikuntakeskus vuonna 1854. Vuoteen 1861 mennessä piirikunnan pääkaupunki siirrettiin Watkins Gleniin.
Kylän nykyinen nimi Montour Falls hyväksyttiin 20. maaliskuuta 1895. Montourin kaupunki on myös nimetty 1800-luvulla eläneen alkuperäisamerikkalaisen seneca-heimon matriarkan Catharine Montourin mukaan.
Vuosina 1850-1888 alueen Havana-keramiikan kivitavaranvalmistusyhteisöön kuului kuusi yritystä: Savage, Parsons & Co.., Savage & Rogers, Brewer & Halm, S. T. Brewer, H. M. Whitman, J. M. Whitman ja A. O. Whittemore.
Charles Cookin, liikemiehen, poliitikon (kanavan komissaari ja osavaltion senaattori), hyväntekeväisyysmiehen ja visionäärin ansiota on Schuylerin kreivikunnan perustaminen (vuonna 1854) ja New Yorkin Havana ensimmäisenä kreivikunnan istuntopaikkakuntana; Cookin akatemiaa (alunperin Kansanopisto) alettiin rakentaa vuonna 1858. Nykyään samassa rakennuksessa toimii New Yorkin osavaltion palotiedeakatemia. Cook toimi myös Chemung Canal Trust Bankin – alueen vanhimman yhtäjaksoisesti toimivan pankin vuodelta 1835 – puheenjohtajana. Marraskuun 20. päivänä 1886 Cookin akatemiassa pidettyyn muistotilaisuuteen osallistui kuvernööri David Hill ja yli 1 000 kansalaista, työtoveria ja Cookin ihailijaa. Juhlallisuuksissa vihittiin Charles Cookin rintakuva. Charles Cook ei koskaan mennyt naimisiin.
Vuonna 1872 kaksi New Yorkin Havannasta kotoisin olevaa insinööriä perusti materiaalinkäsittelyalan yrityksen, jota he kutsuivat Shepard Nilesiksi. Vuonna 1902 he rakensivat ensimmäisen raskaan nosturinsa ja myivät sitä ympäri maailmaa. Yritys on edelleen toiminnassa. Heidän kotisivultaan: ”Työkykyisiä nostureita ja nostimia, jotka kestävät lähes ikuisesti – tätä teollisuus odottaa Shepard Nilesilta. Räätälöidyt, käsin rakennetut, raskaat D- ja E-luokan nosturit ja nostimet auttoivat Amerikkaa nousemaan maailman johtavaksi teollisuusmaaksi ja antoivat maalle voimaa kahden maailmansodan aikana.” Vaikka yritys jatkaa toimintaansa, sen vuonna 1989 tapahtuneen oston jälkeen sen pääasiallinen toiminta ei enää sijaitse Montour Fallsissa.
Vuonna 1934 Montour Fallsin kansallispankki mainitaan Federal Reserve Bankin toisen piirin luettelossa. National Bank of Montour Falls (myös 1934) on liikkeeseenlaskijapankki Yhdysvaltain 10,00 dollarin (kymmenen dollarin) Federal Reserve -setelissä.
Montour Falls on tunnettu kylän länsipuolella sijaitsevan 165-metrisen vesiputouksen luonnollisesta vetonaulasta. Putouksen juurella on kyltti, jossa lukee ”She-qua-ga”, joka on sen seneca-nimen translitteraatio. Vesiputouksen yläpuolella olevalla sillalla nimi kirjoitetaan ”Che-qua-ga”. Monet historialliset nimet on kirjattu monin eri kirjoitusasuin, varsinkin kun eri kansat ovat yrittäneet translitteroida niitä kielestä toiseen. Tämä nähtävyys tunnetaan myös nimellä ”Montour Falls”.
The Brick Tavern Stand, Montour Falls Historic District, and Montour Falls Union Grammar School are listed on the National Register of Historic Places.