Kauan ennen kuin britit hyökkäsivät ja ottivat haltuunsa mantereen, muslimiarmeijat olivat valloittaneet asuttuja väestöjä kumpuilevalla tasaisella maalla, joka ulottui Hindukushin juurelta Delhin kaupunkiin ja Indo-Gangetian tasangolle ja itään Bengaliin. Viimeinen ja menestyksekkäin muslimivalloittajista oli mogulien dynastia (1526-1857), joka lopulta levitti valtansa lähes koko mantereelle. Brittiläinen ylivoima osui samaan aikaan mogulien rappion kanssa, ja sen jälkeen, kun eurooppalaiset olivat menestyneet ja mogulien taistelukentällä epäonnistuneet, britit lopettivat mogulien vallan. Viimeinen mogulien keisari karkotettiin maanpakoon vuosien 1857-58 epäonnistuneen Intian kapinan jälkeen.
Vajaat kolme vuosikymmentä tuon kapinan jälkeen perustettiin Intian kansalliskongressi, jonka tarkoituksena oli antaa poliittinen edustus Britannian Intian alkuperäiskansoille. Vaikka kongressin jäsenyys oli avoin kaikille, hindulaiset osallistujat olivat muslimijäsenten ylivoimaisia. Vuonna 1906 järjestetty Intian muslimiliitto (All India Muslim League) pyrki antamaan muslimeille äänen vastapainoksi sille, mitä tuolloin pidettiin hindujen kasvavana vaikutusvaltana Britannian vallan alla. Mohammed Ali Jinnah, joka oli aiemmin ollut merkittävä kongressin muslimijäsen, otti liigan johtoonsa erottuaan kongressijohtaja Mohandas K. Gandhista. Jinnah, joka uskoi vakaasti anglosaksiseen oikeusvaltion periaatteeseen ja oli Iqbalin läheinen työtoveri, kyseenalaisti muslimivähemmistön turvallisuuden Intiassa, jota hallitsivat pääasiassa hindut. Jinnah ja liitto julistivat islamin olevan vaarassa, kun hindujen itsevaltaisuus heräsi henkiin, ja esittivät ”kahden valtion teorian”, jonka mukaan Intian muslimit olivat oikeutettuja – ja siksi tarvitsivat – erillisen, itsehallinnollisen valtion uudelleen muodostetulla mantereella.
Britannian aikomus myöntää Intialle itsehallinto brittiläisen parlamenttidemokratian mukaisesti käy ilmi vuoden 1935 Intian hallintolaissa. Siihen asti kysymys hindujen ja muslimien osallistumisesta Intian hallintoon oli yleisesti ottaen hyväksytty, vaikka myönnettiinkin, että hindut olivat muslimeja enemmän sopeutuneet brittiläisiin tapoihin ja siirtomaahallinnon hallintotapaan. Lisäksi epäonnistuneen Intian kapinan jälkeen hindut olivat innokkaampia omaksumaan brittiläisiä käyttäytymismalleja ja ajatuksia, kun taas Intian muslimit joutuivat kärsimään brittien vihan päähänpistosta. Mogulien valtakunta hajotettiin virallisesti vuonna 1858, ja sen viimeinen hallitsija karkotettiin mantereelta. Intian muslimiväestö uskoi, että heidät oli valittu rangaistavaksi, ja se oli haluton omaksumaan brittiläisiä tapoja tai hyödyntämään englantilaisia koulutusmahdollisuuksia. Näiden erilaisten asemien seurauksena hindut etenivät Britannian vallan aikana muslimikollegojensa kustannuksella, ja kun Britannia avasi virkamieskunnan alkuperäisväestölle, hindut käytännössä monopolisoivat virat. Vaikka vaikutusvaltaiset muslimit, kuten Sayyid Ahmad Khan, tunnistivat kasvavan vallan epätasapainon ja rohkaisivat muslimeja hakeutumaan eurooppalaiseen koulutukseen ja siirtomaavirkamiesten palvelukseen, he myös ymmärsivät, että edistyksellisempien ja etuoikeutetumpien hindujen kiinniottaminen oli mahdoton tehtävä.
Juuri tähän vastakkainasetteluun, joka syntyi hindujen ylivoimaisuuden tunteen kehittymisestä ja muslimien keskuudessa vallinneen alemmuudentunteen jatkuvasta säilymisestä, Kaikkien Intian muslimien liitto puuttui väittäessään edustavansa Intian muslimeita. Toisin kuin muut aikakauden muslimiliikkeet, Muslimiliitto ilmaisi Intian muslimiväestön tarkkaavaisen ja samalla maltillisemman osan tunteita. Muslimiliitto, jonka puolestapuhujana oli Jinnah, oli myös brittivallan kannalta ensisijainen järjestö. Toisin kuin Gandhi, joka harjoitti kansalaistottelemattomuutta, lakimies Jinnah (joka oli kutsuttu asianajajaksi Lincoln’s Inniin Lontoossa) oli taipuvaisempi edistämään oikeusvaltion periaatteita pyrkiessään eroon keisarillisesta hallinnosta. Jinnah oli siis avoimempi neuvotteluratkaisulle, ja hänen ensisijainen pyrkimyksensä olikin Intian yhtenäisyyden säilyttäminen, vaikkakin muslimiyhteisöä koskevin riittävin suojatoimin. Jinnahille Lahoren (myöhemmin Pakistanin) päätöslauselma vuodelta 1940, jossa vaadittiin itsenäistä muslimivaltiota tai -valtioita Intiaan, ei aluksi merkinnyt Intian liiton hajoamista.
Toinen maailmansota (1939-45) osoittautui katalysaattoriksi odottamattomalle poliittisen vallan muutokselle. Erilaisten kansallisten kansanliikkeiden – erityisesti kongressin organisoimien ja Gandhin johtamien liikkeiden – painostuksesta sodan heikentämät britit joutuivat harkitsemaan Intiasta luopumista. Vastauksena kongressin kampanjaan, jonka mukaan Britannia luopuisi Intiasta, Lontoo lähetti alkuvuodesta 1942 New Delhiin Sir Richard Stafford Crippsin johtaman valtuuskunnan (Crippsin valtuuskunta), joka lupasi, että kongressin yhteistyö sotatoimissa palkittaisiin laajemmalla itsehallinnolla ja mahdollisesti jopa itsenäisyydellä sodan päätyttyä. Gandhia ja muita kongressin johtajia ei kuitenkaan voitu lepyttää, ja heidän vaatimuksensa siitä, että Britannia sallisi vallansiirron sodan jatkuessa, johti umpikujaan ja operaation epäonnistumiseen.
Tänä aikana Jinnahin johtama Muslimiliitto ei ollut yhtä aggressiivinen Britannian välittömän vetäytymisen suhteen. Näiden kahden ryhmän väliset erimielisyydet eivät jääneet Britannialta huomaamatta, ja Saksan ja Japanin lopullinen tappio loi pohjan draamalle, joka johti Britti-Intian jakamiseen ja Pakistanin itsenäistymiseen. Konservatiivisen Winston Churchillin hallituksen seuraaja Clement Attleen uusi sodanjälkeinen työväenpuolueen hallitus aikoi päättäväisesti lopettaa valtansa Intiassa. William Pethick-Lawrencen johtama kabinettivaltuuskunta lähetettiin vuonna 1946 keskustelemaan ja mahdollisesti järjestämään mekanismeja vallan siirtämiseksi alkuperäisväestön käsiin. Koko neuvottelujen ajan britit joutuivat kamppailemaan kahden merkittävän toimijan kanssa: Gandhi ja kongressi sekä Jinnah ja Muslimiliitto. Jinnah ponnisteli löytääkseen sopivan kaavan, joka vastaisi mantereen kahden suurimman yhteisön keskinäisiin ja erilaisiin tarpeisiin. Kun Pethick-Lawrencen operaatio osoittautui kyvyttömäksi sovittamaan osapuolet yhteen, viimeinen mahdollisuus kompromissiratkaisuun menetettiin. Kumpikin tärkeimmistä toimijoista syytti toista neuvottelujen kariutumisesta, ja Jinnah vaati ”kahden kansakunnan teorian” toteuttamista. Tavoitteena ei nyt ollut muuta kuin suvereenin ja itsenäisen Pakistanin luominen.