Lyonin piirikunnan Fort Churchill perustettiin heinäkuussa 1860 intiaanien ja vastasaapuneiden uudisasukkaiden välisen konfliktin kriittisenä aikana. Kapteeni Joseph Stewart, vastikään Alcatrazin linnakkeessa toiminut kapteeni, oli johtanut joukkoja Kaliforniasta taistelemaan Pyramid-järven sodan toisessa vaiheessa. Sen jälkeen hän sai käskyn perustaa linnake suojelemaan mannertenvälisiä kauppa- ja kuljetusreittejä, kun ne ulottuivat läntisen Great Basinin läpi. Stewart perusti sittemmin Fort Churchillin Carson-joen pohjoisrannalle suojaamaan yhtä tärkeimmistä kulkureiteistä. Paikka oli helpon matkan päässä Carson Citystä, Daytonista ja vastikään kehitetystä Comstockin kaivospiiristä. Vaikka varuskunta näki vain vähän toimintaa, se tarjosi liittovaltion läsnäolon kriittisenä aikana, johon sisältyi sisällissota.
Laitos nimettiin kenraali Sylvester Churchillin, Yhdysvaltain armeijan ylitarkastajan, mukaan. Fort Churchill oli ensimmäinen liittovaltion sotilaallinen laitos alueella, josta tuli myöhemmin Nevada, ja se oli 1800-luvulla osavaltion kehittynein laatuaan. Sotilaiden määrä vaihteli koko 1860-luvun ajan, mutta yleensä heitä oli enintään kaksisataa. Kompleksi koostui yli kahdestakymmenestä rakennuksesta. Afroamerikkalainen taiteilija Grafton Brown julkaisi yhden ainoista varhaisista kuvista linnakkeesta, lintuperspektiivikuvan vuodelta 1863. Yhdysvaltain armeija hylkäsi linnakkeen vuonna 1869.
Koska Fort Churchillin rakennukset oli tehty savesta, ne olivat alttiita eroosiolle käytöstä poistamisen jälkeen. 1900-luvun alkuun mennessä kompleksi oli rappeutunut. Amerikan vallankumouksen tyttärien Sagebrush Chapter of the Daughters of the American Revolution sai linnoituksen haltuunsa vuonna 1925 ja aloitti rajoitetun restauroinnin. Civilian Conservation Corps, New Deal -ohjelma suuren laman aikana, toteutti merkittävän kunnostusohjelman vuosina 1935-1936.
Vuodesta 1957 lähtien Fort Churchill on toiminut osavaltion puistona. Pysyvien raunioiden säilyttämiseksi tarvitaan jatkuvia korjauksia. National Park Service tunnustaa kohteen kansalliseksi historialliseksi maamerkiksi.