GENOMI-ILMOITUS
Staphylococcus hominis -bakteeri kuuluu koagulaasinegatiivisiin staflylokokkeihin (CoNS). CoNS:n joukossa S. hominis on yleinen kliinisissä näytteissä tavattava laji, joka eristetään tavallisesti ihmisten kainaloista ja käsivarsien, jalkojen ja vartalon kaljuuntuneesta ihosta (3, 7). Muiden CoNS:ien tavoin S. hominis ei yleensä aiheuta ihmiselle tautia, mutta se tunnustetaan yhä useammin potentiaaliseksi opportunistiseksi ja nosokomiaaliseksi patogeeniksi, ja se voi toisinaan aiheuttaa infektion potilaille, joiden immuunijärjestelmä on poikkeuksellisen heikko (12). Sen on raportoitu aiheuttavan joitakin mahdollisesti hengenvaarallisia infektioita, kuten infektiivistä endokardiittia (6). On myös raportoitu tapaus S. hominis -endoftalmiitista, johon liittyi kapselihypopyoni (4). S. hominis -bakteerin kasvava merkitys ihmisten terveydelle sai meidät määrittämään S. hominis ZBW5:n, sairaalassamme normaalista ihmisen ihonäytteestä eristetyn moniresistentin kannan, genomisen sekvenssin.
Koko genomin haulikkosekvensointi suoritettiin suuritehoisella Illumina Hiseq 2000 -järjestelmällä (Illumina Inc.), ja sen tuloksena saatiin 3279 Mb:n kokoinen korkealaatuinen raakasekvenssi, joka vastaa yli 1400-kertaista genomipeitettä. Yhteensä 47 kontigia (500-375 603 emästä) koottiin de novo Velvetin (14) avulla, ja N50-arvo oli 211 593 bp. Koottu genomisekvenssi analysoitiin BLASTin avulla sekvenssin identiteetin määrittämiseksi. Annotaatio tehtiin käyttämällä Glimmerin versiota 3.02 (2), tRNA-geenit tunnistettiin tRNAscan-SE:llä (9), rRNA-geenit ennustettiin RNAmmerillä (8) ja Tandem Repeats Finder 4.04:llä (1) 78 tandemtoiston löytämiseksi kaikista kontigeista. Lisäksi kontigeja etsittiin KEGG- (5), COG- (13) ja NCBI NR -proteiinitietokannoista annotointia varten.
ZBW5:n kromosomi oli 2 335 704 emäksen pituinen, ja sen G+C-pitoisuus oli 31,4 %. Genomi sisältää 2 304 ennustettua proteiineja koodaavaa avointa lukukehystä (ORF), jotka muodostavat 86 % genomista ja joiden keskimääräinen pituus on 872 bp. Genomi koodaa 39 tRNA-geeniä, yhden rRNA-lokuksen ja neljä kopiota 16S-23S-5S-operoneista. Noin 71,5 % kaikista koodaavista sekvensseistä (CDS) (yhteensä 1 894) luokiteltiin ortologisten ryhmien klustereihin (COG), ja 1 282 CDS:ää voidaan merkitä 1109 KEGG-ortologiajärjestelmään käyttämällä KAAS-järjestelmää (10).
S. hominis ZBW5 kantoi joitakin ennustettuja proteiineja koodaavia geenejä, jotka osallistuvat antibioottiresistenssiin (kuten metisilliini-, erytromysiini- ja tetrasykliiniresistenssiin) ja monilääkepumppuihin, jotka todennäköisesti kykenevät muokkaamaan virulenssipotentiaalia, mikä on yhdenmukaista muiden CoNS:ien kanssa (11). Löytyi laaja valikoima geenejä, jotka liittyvät oletettuihin virulenssitekijöihin, adheesioon ja invaasioon, mikä on sopusoinnussa sen kanssa, että S. hominis on opportunistinen patogeeni. S. hominis -organismin genomisekvenssin syvempi ja syvällisempi tutkiminen on nyt käynnissä, mikä tarjoaa perustan isännän kolonisaation molekulaaristen periaatteiden selvittämiselle ja näkemyksen tämän organismin patogeneesin geneettisestä taustasta.
Nukleotidisekvenssien liittymisnumerot: Tämä Whole Genome Shotgun -projekti on talletettu DDBJ/EMBL/GenBankiin liittymisnumerolla. AKGC00000000. Tässä artikkelissa kuvattu versio on ensimmäinen versio, AKGC01000000.
Hyväksytty.